一、芝麻种质资源RAPD分析及其遗传多样性(论文文献综述)
王郅琪,孙建,梁俊超,赵云燕,颜廷献,颜小文,危文亮,乐美旺[1](2021)在《基于分子标记的江西省芝麻地方种质遗传多样性分析》文中认为为进一步评价"第三次全国农作物种质资源普查与收集行动"中江西收集的132份芝麻地方种质资源的遗传多样性,明确其遗传基础和群体分类特点。利用筛选获得的28对简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)引物和26对相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism, SRAP)引物组合对132份江西芝麻地方种质进行遗传多样性研究。结果显示,28对SSR引物共扩增DNA条带265条,其中,多态性条带221条,比例为83.40%,平均每对引物扩增的DNA条带和多态性条带分别为9.46条和7.89条。26对SRAP引物组合扩增得到DNA条带和多态性条带分别为601条和268条,多态性比例为44.59%,每对引物可扩增9~36条DNA条带和2~23条多态性条带,平均每对引物扩增的多态性条带为10.31条。132份种质的遗传相似系数为0.598 2~0.960 7,平均为0.813 5,可见总体的遗传多样性不丰富。6个不同地理区域的芝麻遗传相似系数从北至南呈逐渐下降趋势,赣南区域的地方种质遗传多样性较赣北区域丰富;不同粒色类型比较结果显示,其他粒色芝麻类型(黄色、褐色、黄褐色、红褐色等)的遗传多样性最丰富,其次是白芝麻类型和黑芝麻类型。聚类分析结果表明,来源不同的芝麻种质呈区域性聚集特点,种质间的遗传相似性与地理分布距离有一定的关联,来自赣北和赣东的芝麻种质资源因在亲缘关系上更近而被聚为一类,其余区域聚为一类,这与总体聚类结果基本一致。不同粒色类型中,区域来源不同的种质均相互交错,其聚类结果与地理来源无直接关联。在今后芝麻种质收集工作中,应注重赣南与其他粒色种质的利用,扩展江西乃至我国芝麻品种遗传基础。
闫国跃[2](2020)在《基于转录组SSR、SNP标记的苦玄参遗传多样性及有效成分关联位点分析》文中提出目的:苦玄参(Picria felterrae Lour.)为广西道地药材,也是重要的壮药,壮族称之为“棵兜”,也属“桂药”、“南药”,为广西“十三五”期间重点扶持的十大中药材之一。由于苦玄参生长环境恶化,野生资源日益匮乏,苦玄参市场供应主要来源于人工种植。人工种植品种未经选育,种质混杂,且长期的种植使品种不断退化,出现药用活性成分含量降低等质量问题,迫切需要选育出高质量的苦玄参新品种。随着生物技术和信息学的快速发展,基因组学理论和方法不断深入到种质资源研究的多个层次和方面,使人们能够客观准确地检测出种质基因组水平上的差异。本研究以不同地理来源的苦玄参居群和形态差异较显着的株系为研究材料,以苦玄参主要药用活性成分苦玄参苷的组成和含量为优质种质标准,基于转录组SSR、SNP分子标记,对收集的苦玄参种质资源进行系统的遗传多样性和群体结构分析,并挖掘苦玄参苷关联基因,其结果可为苦玄参优良种质的筛选、鉴定及品种改良等提供科学依据和技术支持。方法:(1)采集广西、云南两省野生居群种质13份,广西龙州、梧州两地栽培种质50份,在南宁扩繁后,参照《中国药典》2015版高效液相色谱法(附录VID),按照《高效液相色谱法检验标准操作程序》测定所有样品的主要药用活性物质苦玄参苷IA和IB含量,比较分析不同地理来源及不同株系的苦玄参样本其苦玄参苷IA和IB含量的差异,初步筛选高苦玄参苷含量的优势居群和优良种质。(2)采用转录组高通测序技术经过RNA样品检测、文库构建及文库质控等程序,完成来源于广西、云南两地63份苦玄参鲜叶平行样本转录组测序,经拼接组装后,获取苦玄参转录组遗传数据;使用BLAST软件将Unigene序列与 NR、SwissProt、GO、COG、KOG、Pfam、KEGG 数据库比对,获得 Unigene的注释信息,经过数据库比对及利用Getorf软件进行编码蛋白框(CDS)的核苷酸和氨基酸序列分析预测。(3)获得苦玄参转录组遗传信息数据后,利用针对转录组测序的比对软件STAR与参考基因组序列进行比对,并通过GATK挖掘苦玄参单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点;基于 SNP 分子标记,通过进化分析、群体结构分析、主元成分分析及亲缘关系分析对13个居群样本及50个栽培单株样本进行遗传结构分析,分析样本间遗传进化关系;并以苦玄参有效成分含量为目标性状,基于转录组SNP及GEM进行关联分析,筛选苦玄参有效成分关联位点,通过与已知数据库比对预测候选基因功能。(4)基于苦玄参鲜叶转录组序列,利用鉴定简单重复序列软件MISA挖掘苦玄参微卫星(Simple Sequence Repea,SSR)分子标记,基于SSR标记两端保守序列开发苦玄参EST-SSR引物,随机选择4份材料对引物进行多态性检验,并利用选择出的20对多态性引物对供试样本进行PCR扩增,根据扩增结果分析18个群体及69个单株的遗传结构,并利用SPSS软件的一元线性回归分析方法(GLM)及多元逐步回归分析方法,筛选与苦玄参苷含量相关联的SSR分子标记。结果:(1)苦玄参苷IA含量在广西、云南两省13个野生群体间存在显着差异(p<0.05);苦玄参苷IB和总苷含量水平在两省间存在极显着性差异(p<0.01);综合整体,云南居群苦玄参优于广西,其中优势居群为云南景洪市曼沙区,其次为云南澜沧县勐朗镇。50份栽培品种单株样本苦玄参苷含量差异比较,苦玄参苷IA和总苷含量水平在广西和梧州两地间差异不显着(p>0.05);苦玄参苷IB含量水平龙州显着高于梧州(p<0.05),根据总苷含量,梧州、龙州两地种质水平相当。各株系间含量存在显着差异,其中编号为HZP04、ZGB0、WZHZP21、ZGB08、WZHJX03的单株整体水平较优。(2)63份苦玄参平行样品进行转录组测序并经过测序质量控制后,共得到323.55Gb Clean Data,Q30碱基比例超过86.28%。利用测序数据进行拼接组装后,初步建立苦玄参转录组数据库,共得到519,730条Transcript和203,606条 Unigene,Transcript 与 Unigene 的 N50 分别为 3,365 和 751。通过苦玄参Unigene 序列与 NR、Swissprot、GO、COG、KOG、Pfam、KEGG 等七大数据库比对,203606条转录本中131183条Unigene被注释,注释比例达到64.42%。将Unigene与已知蛋白数据库进行比对后,得到与已知蛋白基因序列相同或相似Unigene,共获得153100个CDS核苷酸序列和CDS氨基酸序列。对未知与已知蛋白库比对上的Unigene,利用Getorf软件平台,有65536个CDS核酸序列和65536个CDS氨基酸序列被预测。(3)63个苦玄参平行样本SNP分子标记跨度在57355~107932个之间,其中野生种质样本T01~T13中SNP数量在61430-81517个之间,栽培单株T14~T63中SNP数量57355~107932个,栽培种数量跨度大于野生种。纯合型SNP数量变化范围为41852~74564个,杂合型SNP数目变化在4094~47084个之间,纯合型数量大于杂合型。遗传结构分析中,13个居群可分为2个亚群,云南的8个居群被归为同一亚群,2个云南居群与广西3个居群归为另一亚群。50个栽培单株样本可分为两群,梧州有4个单株被归为一个亚群,其余归为另一亚群。利用转录组关联技术对SNP及GEM与苦玄参苷目标性状进行关联分析,基于SNP分析,在阈值p<1.00E-06时,苦玄参苷IA关联位点有5个,苦玄参苷IB关联位点4个;基于GEM分析,阈值p<1.00E-06 下,苦玄参苷IA关联位点184个,苦玄参苷IB相关关联的位点2421个,与两种成分同时关联的位点45个;SNP和GEM联合关联分析在阈值p<1.00E-03,筛选苦玄参苷IA关联位点5个,苦玄参苷IB关联位点6个,位点功能基因主要涉及信号转录、甲基化、基因修饰等功能作用。(4)通过对总碱基数为47,941,629bp Unigene序列评估,挖掘13768个苦玄参SSR分子标记,鉴定出6种不同SSR类型,基于两端序列开发相关引物,对随机抽取的100对引物进行多态性分析,获得多态性引物48对。随机抽取20对多态性的引物对18个种群样本进行扩增,扩增出等位基因71个,平均每对引物3.55个。引物间P变化范围为0~40.7%;PIC范围0~0.7941;I范围 0~1.8143。ObsHet 范围 0~0.4423;ExpHe 范围 0~0.8269。Fis 值为0.0953~0.6639;亚群间Fit值范围0.0626~0.8587;遗传分化系数Fst范围0~0.6866。基因流(Nm)范围0.1144~0.7594。各种群Nei范围0~0.4016;I范围0~0.6209,群体相似系数0.3814~0.9686,遗传距离0.0319~0.9638。18个种群在遗传距离0.3213处分成4个亚群,云南样本可分为3亚群,广西3个种群归入同一亚群。69个单株利用20对SSR多态性引物共扩增出76个等位基因,平均每个位点观测等位基因3.8个。等位基因多态率范围为0~59%。各位点多态信息含量(PIC)范围0~0.6211;Shannon多态性信息指数变化范围0~1.2401;Nei’s基因多样性指数(Nei)范围0~0.6823。各位点平均观测杂合度为0.3824;平均遗传分化系数Fst 0.3659;基因流Nm平均值0.4332。样本间相似系数范围0.5856~0.9506,遗传距离范围0.0506~0.5325,在遗传距离0.24处,69单株样本分成13个亚群。通过一元线性回归和多元逐步回归分析,各有5个位点与苦玄参苷IA、IB相关联,其中,同时与两种成分关联的位点仅1个。结论:根据国家药典对苦玄参质量评价标准,云南和广西13个野生种群样本中,云南野生种质明显优于广西,具有更大的筛选优良苦玄参种质资源的潜力。广西主产区苦玄参栽培品种质量良莠不齐,广西梧州的栽培品种中可能出现品种退化现象。利用转录组测序技术,初步建立苦玄参转录组公共数据库,填补了苦玄参遗传信息的空白。利用转录组数据开发苦玄参SSR、SNP分子标记,从不同层次分析苦玄参遗传进化关系,不同产地间均出现不同程度分化,广西、云南两地野生种质间分化明显,分析结果与供试苦玄参种质地理分布差异基本吻合,但也存在区域间遗传交叉现象,该结果为研究苦玄参药材优势居群提供依据;广西栽培品种间整体遗传分化水平较低,但存在个别单株分化明显的现象,可为筛选优良株系提供资源。以苦玄参有效成分含量为目标性状,采用不同分子标记及关联策略,筛选出大量与苦玄参苷关联的分子标记位点,关联位点基因功能主要涉及信号转录、甲基化、基因修饰等功能作用,结果将为苦玄参优良种质选育提供最直接的遗传信息,加快苦玄参优良种质选育。
郭艳春[3](2020)在《黄麻炭疽菌代表性菌株分离鉴定及应用核心种质的构建》文中研究说明黄麻,为锦葵科(Malvaceae)黄麻属(Corchorus)一年生草本植物,是世界上最重要的韧皮部纤维作物之一。炭疽病会严重影响黄麻纤维的产量和品质,明确炭疽病病原菌致病力并构建一批优异的应用核心种质是促进黄麻遗传育种、挖掘优异基因和提高生产利用的必要途径。本研究对中国黄麻主产区采集得到的黄麻炭疽病病原菌样本进行分离鉴定和致病力测定;对黄麻抗病种质资源进行了抗性评价,并构建了一批黄麻应用核心种质;最后通过SSR荧光标记毛细管电泳技术构建了黄麻应用核心种质的DNA分子身份证。主要结果如下:1.在实验室前期分离鉴定我国黄麻主产区炭疽病病原菌92个菌株的基础上,进一步分离纯化,结合形态学特征鉴定,从中选取11个代表性病原菌菌株,对r DNA-ITS和LSU区域进行基因序列分析。系统进化树显示,菌株ZZ4、GX19等10个菌株为胶胞炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides),菌株CS3为黑线炭疽菌(Colletotrichum dematium)。从分子水平上证实中国黄麻主产区近年炭疽病发生的病原菌类型主要有胶孢炭疽菌和黑线炭疽菌。2.为了明确这11个代表性炭疽病病原菌的致病力,以福黄麻3号和福农5号为材料,分别在福州市和三明市两地进行人工接种的致病力测定。根据病斑大小,可将炭疽菌11个代表性菌株的致病力划分为强、中、弱3个类型。其中,菌株GX19的致病力较强,在福州地区病斑大小分别为11.70±2.79 mm、16.40±5.82 mm,在三明地区病斑大小分别为13.00±1.56 mm、13.40±2.32 mm。而黑线炭疽菌菌株CS3在福州和三明两地的病斑较小,说明胶孢炭疽菌和黑线炭疽菌间致病力也存在差异,黑线炭疽菌的致病力可能比胶孢炭疽菌弱。3.利用强致病力菌株GX19对300份黄麻种质资源进行抗性鉴定,可划分为高抗、抗、中抗、中感、感和高感6个类型。其中爱店野生种、巴麻72-1、广巴矮等40份种质表现为高抗,占总数的13.33%。在300份黄麻种质资源的2016-2018年农艺性状统计基础上,结合2019年对农艺性状进一步鉴定和抗性种质的筛选,本研究筛选出纤维产量高、纤维品质好、抗逆、生育期适宜、适宜机械化等优异的应用核心种质,加上4份骨干亲本,按特性可分为16个应用型,剔除不同组内同一种质,共58份品种。构建的黄麻应用核心种质可促进黄麻遗传育种和挖掘优异基因。4.为了便于黄麻应用核心种质的鉴定、保护和智能化管理,本研究采用SSR荧光标记毛细管电泳技术分析了12对荧光核心引物的多态性,共检测出140个多态性位点。将毛细管电泳得到的分子量数据以数字+英文字母方式编码,选取12对荧光核心引物的组合,成功构建出58份应用核心种质的字符串、条形码和二维码等三种形式的DNA分子身份证。以上结果可为促进黄麻种质资源的高效利用及快速分子鉴定提供科学依据。
江漫华[4](2020)在《基于表型和遗传多样性的野牛草核心种质构建策略初探》文中提出野牛草(Buchloe dactyloides)是原产于美国大草原的一种暖季型草坪草。由于野牛草资源规模较为庞大,遗传多样性的重复性高给遗传研究和育种工作带来了困难。核心种质的构建能克服和缓解庞大的资源规模所带来的相应困难和压力,使对种质资源进行更加深入的研究成为可能。但是,仅利用表型和分子标记数据构建核心种质极有可能遗漏重要目标性状信息,从而影响了核心种质构建及评价的准确性。国内在野牛草的遗传多样性分析以及基于表型和分子数据构建核心种质等方面鲜有研究。本研究基于不同的总体取样规模、遗传距离、系统聚类方法和取样方法研究探索构建野牛草表型核心种质的最佳方法;结合SRAP分子标记数据基于不同的遗传距离和遗传相似系数比较逐步聚类优先取样法和最小距离逐步聚类法的评价参数值,探索构建野牛草分子核心种质的最佳策略;最后整合表型和分子数据,建立了包含68份种质材料的核心群体,研究的主要结论如下:1.以34份雌性野牛草种质资源为试验材料,依据10个表型特征数据,结果表明在25%的总体取样比例下采用欧式距离结合多次聚类偏离度取样法是构建野牛草雌性资源表型核心种质的最佳方式,聚类方法采用最短距离法或中间距离法或重心法构建效果都较好,最终建立了包含8份种质的野牛草雌性核心种质。2.以41份野牛草种质资源为试验材料,依据11个表型特征数据,结果表明本研究在20%的总体取样比例下,基于欧式距离结合多次聚类偏离度取样法,采用最短距离法是构建野牛草雄性资源表型核心种质的最佳方法,建立了8份种质的野牛草雄性核心种质。3.对143份遗传材料进行SRAP分子标记分析,10对引物组合中筛选出1033个条带,多态性达99.8%。对聚类方法进行评估的结果显示,Ward’s聚类方法中使用对称距离(如DMATCH、SM)的效果最好,全部遗传材料可分为五类。4.基于SRAP分子标记数据依据评价参数,发现通过SM相似系数并基于LDSS法进行选取是构建野牛草核心种质较适合的方法。40%的比例下既能够尽可能保留野牛草全部遗传材料的遗传信息,建立了包含57份野牛草种质材料的核心种质。通过建立三维样品分布图,和二维散点分布图进行检验,确认所构建的包含68份种质材料的核心群体能在一定程度上代表全部的原始资源,对于后续野牛草种质资源的开发和利用颇有助益。
张宗瑜[5](2020)在《老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位》文中指出老芒麦(Elymus sibiricus L.)是禾本科披碱草属多年生优良牧草,具有草产量高、品质好、耐寒、耐旱等优良特性,广泛应用于我国高山草原的放牧、人工草地建植、生态环境恢复等。但老芒麦较高的落粒性大大降低了牧草种子产量,对新品种选育、推广利用带来不利影响。有关牧草落粒的遗传学基础,是国内外研究不多且亟待加强的研究领域。为此,本研究在开发老芒麦特异性EST-SSR标记、分析不同落粒种质材料的遗传多样性基础上,构建了老芒麦的遗传作图群体,并利用SLAF(specific length amplified fragment)技术构建了老芒麦首张遗传连锁图谱,相继结合QTL和GWAS(genome-wide association study)分析方法定位了落粒候选基因。旨在为解析老芒麦落粒遗传机制、加快老芒麦落粒分子遗传改良和培育低落粒老芒麦新品种提供基础科学依据。获得主要研究结果如下。1、进行了老芒麦特异性EST-SSR分子标记开发及通用性研究。从老芒麦转录组测序获得的6,685个unigene中,分析识别了8,871个潜在EST-SSR位点,进一步开发了200对EST-SSR分子标记。PCR扩增产物测序验证显示,等位基因的测序结果与原始引物SSR位点同源,有43.5%的标记在17个披碱草属物种间通用性良好。利用30对多态性标记对17个披碱草属95份种质的480个单株进行的遗传多样性和进化分析显示,基于基因组构成和地理起源将参试披碱草属种质聚为三大类。本研究结果为披碱草属物种遗传多样性评价提供了引物来源。2、采用40对EST-SSR标记对36份老芒麦种质进行遗传多样性评价,并且在田间测定了老芒麦的落粒性。结果显示老芒麦分子遗传多样性和落粒性变异均较为丰富。筛选出落粒性状差异较大、遗传背景较远的高落粒基因型Y1005和低落粒基因型ZhN06作为亲本杂交构建F1群体。对F1群体的7份材料进行遗传多样性和表型变异分析,发现了落粒、叶片、茎节、穗长及芒长等性状表现出超亲杂种优势。遗传多样性分析显示母本(ZhN06)与子代群体的共有条带多于父本(Y1005),显示其遗传力水平较高。通过分子标记鉴定和低落粒子代选择,将F1-7单株自交构建了包含200份单株的F2作图群体。3、利用SLAF简化基因组测序技术对F2群体测序,构建了首张老芒麦高密度遗传图谱,图谱总长1,866.35cM,14个连锁群含1,971个标记。连锁群长度范围在87.67cM(LG7)和183.45cM(LG1)之间,标记平均距离为1.66cM。比较基因组发现老芒麦与小麦和大麦分别有79%(1,556)和70%(1,380)的同源标记。连续三年观测了穗长、小花数、落粒率、芒长、种子宽、千粒重等种子相关性状,并进行了QTL鉴定,在14个连锁群上共检测到29个QTL位点,在第2、3、6和11号连锁群上共检测到6个落粒性QTL。通过与小麦和大麦基因组比对注释发现了30个落粒候选基因,这些基因分别与植物激素信号调控(15个)、转录因子(7个)、水解酶活性(6个)及木质素合成(2个)等相关。4、采用SLAF技术对包含213份种质的老芒麦关联群体进行了测序,结合落粒等15个表型性状进行全基因组关联分析。SNP连锁不平衡分析结果显示,老芒麦LD(linkage disequilibrium)衰减较快,衰减距离为0.291kb,供试材料亲缘关系较弱,适用于全基因组关联分析。连续两年在田间对落粒率等关键表型性状观测表明,不同性状间存在较大的遗传变异,平均变异系数为30.49%,其中落粒率遗传力为85.13%。关联分析共检测到41个与落粒相关的显着性位点,平均解释26.3%的表型变异。在这些位点上注释到14个落粒相关候选基因,主要与半乳糖醛酸酶、水解酶、细胞分裂素葡萄糖基转移酶等调控相关。此外,在种子和产量相关性状中分别检测到66个和1,715个显着性位点,分别注释到与种子性状相关的候选基因31个,与产量性状相关的候选基因110个。
孙建,颜廷献,叶艳英,梁俊超,乐美旺,饶月亮,颜小文,周红英[6](2020)在《利用SRAP标记研究繁殖群体量对芝麻种质资源遗传完整性的影响》文中提出研究繁殖群体量对芝麻种质资源遗传完整性的影响,以确定适宜的繁殖群体量,为种质资源更新繁殖提供理论参考。利用SRAP分子标记技术对育成品种和地方种质2种不同类型的芝麻种质资源的不同群体量的遗传参数进行分析。结果显示:(1)育成品种:随机抽取了10、15、20、25、30、35和40株的7个群体量梯度,24对引物共扩增到DNA位点525个,平均每对引物扩增21.88个,多态性位点24个,占总位点数的4.57%。随着群体量的不断增加,扩增总位点数和遗传相似系数均表现为不断增加,多态性位点比率和遗传距离均呈现先升后降趋势。当群体量达到35~40株时,遗传相似系数达到一定高值(0.998 73和1.000 00),遗传距离降低到一定程度(0.000 64和0.000 00)。聚类结果显示群体量为35和40株的群体被紧密聚在一起,因此可认为育成品种的繁殖群体量达到35~40株时可以保持其遗传完整性;(2)地方种质:随机抽取10、15、20、25、30、35、40、45、50、55和60株的11个群体量梯度,24对引物共扩增到DNA位点552个,平均每对引物扩增23.00个,多态性位点44个,占总位点数的7.97%。随着群体量的不断增加,扩增总位点数波动上升,多态性位点比率和遗传距离呈先升后降然后再轻度变化的趋势。遗传相似系数则随群体量的增大表现为先下降后上升然后轻度下降后再次回升的趋势,并于群体量为40和60株时达到最大值0.99758。聚类结果显示群体量为50、55和60株的群体被紧密聚在一起,因此可认为地方种质的繁殖群体量达到50~55株时可保持其遗传完整性;(3)在芝麻种质资源繁育中,不同类型的种质资源由于其遗传背景的纯度存在差异,应选择不同的繁殖群体量以保持其遗传完整性。
邹梁峰[7](2019)在《毛花猕猴桃雄株核心种质构建及遗传多样性分析》文中提出毛花猕猴桃(Actinidia eriantha)是猕猴桃属(Actinidia Lindl.)的重要种类之一,是中国广泛分布的特有的种质资源。本研究以收集的207份毛花猕猴桃雄株为试验材料,基于“表型性状+SSR分子标记”进行核心种质构建并对其遗传多样性进行研究,构建了核心种质的DNA指纹图谱。主要研究结果如下:(1)在表型水平上构建了毛花猕猴桃雄株初级核心种质。从207份供试毛花猕猴桃雄株种质中最终得到31份初级核心种质,取样比例为14.95%。最佳取样策略为:“欧氏距离+多次聚类优先取样法+类平均法+15%的取样比例”,极差符合率(CR)、变异系数变化率(VR)、表型保留比例(RPR)和Shannon多样性指数(H)分别为97.98%、130.54%、100.00%和1.78。对11个性状遗传多样性指数进行t检验,除了花粉活力存在显着差异外,其他性状均差异不显着,主成分分析也发现初级核心种质能很好的代表原始种质。基于遗传多样性t检验中花粉活力存在显着差异,于是对初级核心种质进行补充,使初始核心种质变为44份。(2)在分子水平上构建了毛花猕猴桃雄株核心种质。44份毛花猕猴桃雄株种质基于稀有等位基因优先取样法达到26份核心种质,取样比例为59.09%。44份初始核心种质在23个SSR位点扩增的等位基因数(n)、平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、平均Shannon多样性指数(I)、平均期望杂合度(He)、平均Nei’s遗传多样性指数(H)和平均多态信息含量(PIC)分别为:241、10.4348、5.7512、1.8647、0.7814、0.7716和0.778。26份核心种质对应的以上参数分别为234、10.087、6.104、1.916、0.810、0.792和0.796。核心种质等位基因保留比例和表型保留比例为97.10%和97.92%,剔除了原始种质中的遗传冗余,使部分遗传多样性参数有所提高,构建的核心种质代表性较好。(3)利用SSR分子标记对26份毛花猕猴桃雄株核心种质进行遗传多样性分析及聚类分析,并构建其DNA指纹图谱,以期为猕猴桃分子辅助育种奠定基础。进行毛花猕猴桃雄性资源核心种质的遗传多样性分析及分子指纹图谱的构建。对23条引物的扩增结果进行多态性分析,结果表明26份核心种质共扩增出234条DNA条带,其中多态性条带为234条,多态性条带比率100%。扩增条带数最多的引物是UDK99-143,达21条,扩增条带数最少的引物是22,仅6条。SSR引物多态信息含量PIC值为0.480-0.935,平均多态信息含量为0.796。从23条引物中最少需要2对多态性引物(UDK99-143和A055)可以完全区分供试种质,同时构建了分子指纹图谱,使每份种质均得到唯一的DNA分子指纹。构建的核心种质树状图可将核心种质分为八大类。
王晓丽[8](2019)在《材用云南松种质保存库构建及保存策略研究》文中提出本研究以云南松种源区划为主,结合云南松的地理分布情况,在云南松全分布区内选取干形通直圆满,具有材用代表性的天然居群26个,每个居群选取30棵样株,共计780棵样株进行群体试验。以样株的18个数量性状测定值作为表现型值数据,以样株的SRAP标记信息作为分子标记数据,在分析材用云南松遗传多样性和遗传结构的基础上,探讨其原地保存和异地保存的样本策略,以期解决云南松种质资源保存中样本选取地确定、样本数量等关键技术问题,为云南松优良种质资源的保护和利用提供样本抽取策略的方法依据和种质材料来源。主要研究结果如下:(1)材用云南松遗传多样性和遗传结构根据18个数量性状的表现型值和SRAP标记数据,对材用云南松居群的遗传多样性和遗传结构的研究结果,揭示出云南松表型性状在居群内的方差分量百分比(54.23%)大于居群间的方差分量百分比(21.46%),居群间表型方差分化系数为29.02%、表型频率分化系数为0.0855;SRAP标记分析居群间遗传分化系数为0.1013、基因流为4.4357,居群内的方差分量百分比(87%)大于居群间的方差分量百分比(13%)。认为材用云南松在居群间和居群内均表现出多态性,且其遗传多样性主要存在于居群内。18个表型性状在居群间存在显着差异,多重比较表明,云南双江(1)、云南龙陵、云南马关、云南曲靖、云南永仁、贵州册亨、贵州水城、云南丽江和西藏察隅9个居群的表型遗传多样性更为丰富;SRAP标记遗传多样性研究表明,四川米易、西藏察隅和云南新平3个居群的遗传多样性更为丰富。研究结果阐明了材用云南松的遗传变异主要存在于居群内,并得出遗传多样性相对丰富的具体居群,为材用云南松种质保存库构建中组内抽样比例的确定和原地保存策略研究中优先保存群体的确定提供理论依据和数据支撑。(2)材用云南松种质保存库构建策略分别构建表现型值、SRAP标记信息、整合表现型值和SRAP标记信息三种数据类型各自不同抽样比例的种质子集,研究材用云南松种质保存库构建(异地保存)策略。结果表明以表现型值为基础数据、基于欧氏距离构建的种质子集中,20%抽样比例种质子集的表型遗传多样性指数平均值极显着大于原种质集,且20%抽样比例时,变异系数变化率和方差差异百分率最大、极差符合率和表型保留比例较大、均值差异百分率较小,优于其他3种抽样比例;以SRAP标记信息为基础数据、基于Nei’s距离构建的种质子集中,评价参数的均值t检验和方差F检验以及相关系数比较,40%和30%抽样比例优于其他2种抽样比例,考虑种质资源保存的工作量及成本,30%为适宜抽样比例。以整合表现型值和SRAP标记信息为基础数据、基于混合遗传距离构建的种质子集,数量性状评价综合分析,30%抽样比例优于其他3种抽样比例;质量性状评价综合分析,40%和30%抽样比例优于其他2种抽样比例;综合两类性状参数评价结果,30%抽样比例优于其他3种抽样比例。对比三种数据类型及其相应的适宜构建策略所获得的种质保存库的效果,表明整合表现型值和SRAP标记信息采用混合遗传距离的构建策略,优于单独使用表现型值或SRAP标记数据采用其各自适宜遗传距离的构建策略,体现在其种质子集内样株间的变异更大、差异性和频率分布检验更灵敏及种质子集与原种质集的相关性更好。据此提出按地理来源分组、采用混合遗传距离和不加权类平均法聚类、30%抽样比例、改进的最小距离逐步取样法组内取样的策略,是材用云南松种质保存库构建的适宜抽样策略,并构建出包含234株样株的种质保存库,作为材用云南松种质资源异地保存的总体样本。(3)材用云南松原地保存策略根据SRAP标记信息,采用多项式回归统计分析技术,建立遗传标记捕获曲线和模型,开展材用云南松原地保存策略研究。结合曲线和模型分析,表明对于多态位点百分率,抽样10-12个群体、每群体抽样20-24株,其代表性可达95%以上。据此,确定原地保存时的样本量策略为,群体样本量12个,群体内个体样本量24株,每群体适宜保存面积5.0hm2。采用Shannon多样性指数混合评价参数Mmix(I)和混合遗传距离Dmix,对26个居群的遗传多样性进行分析、评价和排序,同时结合26个居群的地理分布和云南松的种源区划,最终确定云南新平、四川米易、西藏察隅、云南香格里拉、云南福贡、云南龙陵、云南丽江、广西乐业(2)、云南双江(1)、贵州水城、云南永仁和贵州册亨12个居群为原地保存群体。综上,本研究提出了既包含群体和群体内个体的样本量,又包含需优先保存的群体信息的原地保存策略,在保证群体样本量的前提下,使得保存群体更具针对性和实用性,以利于实现材用云南松优良种质资源永久保存的目的和要求。
黄雨芹[9](2019)在《基于SSR分子标记的闽楠遗传多样性分析及核心种质的构建》文中研究表明闽楠(Phoebe bournei)是樟科(Lauraceae)楠属(Phoebe Nees)常绿大乔木,为中国特有的珍稀用材与观赏树种。21世纪以来南方多个省区已建立了闽楠种质资源保存圃,对其生长表型做了较多研究,但针对闽楠种质资源遗传多样性及遗传结构的研究相对匮乏,闽楠核心种质的构建也鲜见报道。本研究利用简单序列重复(SSR)标记对福建和江西两省共16个闽楠群体进行遗传多样性和群体遗传结构分析,从分子水平揭示了闽楠种质资源的遗传多样性特点,分析参试闽楠种质材料的遗传变异规律,初步构建闽楠核心种质,为闽楠种质资源的收集、研究及合理利用提供参考。主要研究结果如下:(1)筛选得到10个高多态性的SSR位点。10个SSR位点共扩增出61个条带,每个位点检测到的等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)的范围分别为3~10和1.02~3.07,位点多态性(PIC)在0.46~0.83。各位点等位基因数、有效等位基因数、Shannon多样性指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态性指数(PIC)、固定化指数(F)等遗传参数的平均值分别为6.1、1.96、0.72、0.35、0.43、0.59、0.28。(2)利用筛选出的10个SSR位点对16个闽楠天然群体进行遗传多样性分析。各群体平均等位基因数的范围为1.91~3.64。平均有效等位基因(Ne)的范围为1.11~2.42。观测杂合度(Ho)的范围为0.13~0.47。期望杂合度(He)的范围为0.25~0.51。Shannon指数(I)的范围为0.42~0.91。固定化指数(F)的范围为-0.24~0.59。总体来看,江西崇义(CY)群体的遗传多样性最高,江西井冈山(JGS)与福建政和(ZH)的遗传多样性相对较低。结果表明,闽楠群体遗传多样性与其他树种相比处于较低水平,但是略高于其他濒危树种的遗传多样性水平,且不同闽楠群体之间遗传多样性存在较大差异。(3)基于10个SSR位点对闽楠天然群体的分化系数以及基因流进行分析,闽楠群体间基因流(N m)为0.835,该基因流程度相较于其他濒危树种,仍属于较低水平;群体间分化系数Fst仅为0.287。群体内近交系数Fis为0.198。分子方差分析(AMOVA)显示,闽楠群体内近交系数Fis为0.206,群体间分化系数Fst为0.289,群体间变异方差分量比占29%,群体内变异方差分量比占15%。群体间分化水平较高,这可能与闽楠天然种群数量少,生境片段化,地理隔离等有关。(4)对16个闽楠天然群体进行遗传结构分析。闽楠的16个群体在Nei’s遗传一致度为0.60时可以被分为3大群。第一类只有福建大田(DT)1个群体,第二大类包括群体江西泰和(TH)、福建沙县(SHX)、福建松溪(SX)、福建政和(ZH)、福建漳平(ZP)。第三大类包括江西崇义(CY)、江西分宜(FY)、江西上犹(SY)、福建顺昌(SC)、福建尤溪(YX)、福建建瓯(JO)、福建将乐(JL)、江西井冈山(JGS)、福建明溪(MX)、福建建阳(JY)10个群体,其中JGS、MX、JY三个群体在Nei’s遗传一致度约为0.65时可与其他7个群体区分开来划分为两个亚群。PCo A主坐标分析结果基本一致,但是将JO群体划分到了第二大类。(5)对比四种取样方法构建闽楠核心种质,并将各遗传多样性指标进行分析。进行t检验后,选择以基于逐步聚类位点优先取样策略在25%的取样比例下选取的种质为核心种质,其Na、Ne、PPB、I的保留率分别为初始种质的98%、104.92%、90.09%、97.94%。筛选出的59份核心种质材料能够较好地代表闽楠种质资源的遗传多样性,为闽楠的种质资源保存提供科学依据。
王丹丹[10](2018)在《基于SRAP和TRAP标记的新疆10种野生葱蒜的遗传多样性》文中研究指明葱蒜是世界范围内重要的食用、药用、蔬菜、饲料和观赏植物资源,其中洋葱、葱及大蒜等是重要的经济作物在我国广泛栽培。新疆是我国及中亚地区野生葱蒜重要的分布地,其特殊的地理环境为葱属植物的抗逆育种提供了宝贵的基因材料。本研究以新疆10种野生葱蒜为研究材料,通过不同器官基因组DNA提取,比较基因组DNA对扩增结果影响,同时利用SRAP和TRAP分子标记对新疆10种野生葱蒜的遗传多样性进行分析,以期为开展新疆野生葱蒜种类鉴定、亲缘关系分析提供方法,为生产上葱蒜类蔬菜品种鉴定提供技术指导。主要研究结果如下:(1)利用改良SDS法对不同时期不同器官进行基因组DNA的提取,研究发现获得的基因组DNA纯度(OD260/OD280)在1.714~1.968之间,变化不大,基因组DNA的浓度在150~305μg/m L之间,变化较大。对于同一器官不同时期而言,新鲜叶片基因组DNA浓度最高,枯黄叶片的最低;花药散落前的花基因组DNA浓度最高,花蕾的最低;果实完熟期的种子基因组DNA浓度最高,绿熟期种子的最低。经基因组DNA检测及PCR产物检测表明,以上不同器官均可获得高质量的基因组DNA,且PCR产物条带清晰。(2)选用SRAP标记通用的正向和反向引物各15条,正向引物和反向引物随机组合成225对引物组合,筛选出15对引物组合,用于后期新疆10种野生葱蒜的遗传多样性研究。(3)利用筛选出的15对引物,通过程序和温度筛选最终确定SRAP的反应程序为:35℃退火温度下进行前5个循环,52℃退火条件下35个循环。2μL 10×PCR Buffer,d NTPs浓度0.225 mmol/L,引物浓度0.250μmol/L,Taq酶用量1.000 U,模板DNA用量75.000 ng为最佳SRAP-PCR反应体系。通过SRAP-PCR扩增共检测出263个位点,多态性位点为259个,多态性位点比率(PPB)为98.45%,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.4106,香农遗传多样性指数(I)为0.5937,说明新疆10种野生葱蒜的遗传多样性较丰富。10个种群内基因多样度(Hs)和总群体遗传多样度(Ht)分别为0.2099和0.4101,基因分化系数(Gst)为0.4882,基因流(Nm)为0.5241,表明其遗传变异主要存在于种群内,种群间的基因流动性较小。基于SM系数法,其遗传相似系数为0.59~0.95,将供试材料分为六大类群,表明其亲缘关系较近。(4)选用2条固定引物和7条随机引物,以及依据NCBI数据库搜索的葱属植物EST序列设计的3条固定引物及3条随机引物,随机组合50对TRAP引物组合进行引物筛选,结果表明筛选出的11对TRAP引物组合在不同种群及其近缘种间有一定的通用性。(5)采用筛选出的11对引物组合,进行退火温度筛选,确定TRAP-PCR的第一步退火温度为37℃,第二步退火温度为53.2℃。经优化,最终确定TRAP-PCR最佳反应体系为2μL 10×PCR Buffer,0.250 mmol/L d NTPs,0.250μmol/L引物,0.750 U Taq酶,75.000 ng模板DNA。TRAP标记共检测到202个位点,多态性位点为188个,多态性位点比率(PPB)为93.11%,种群间的Nei’s遗传多样性指数(H)为0.1704,香农信息指数(I)为0.2449,种群内基因遗传多样度(Hs)为0.1894;总种群遗传多样度(Ht)为0.3939,种群间基因分化系数(Gst)为0.5192,而种群间的基因流(Nm)为0.4630,说明新疆10种野生葱蒜的遗传多样性较丰富,且遗传变异主要存在于种群间,种群间的基因流动性较小。基于SM系数法,其相似系数为0.60~0.95,将供试材料分为4大类群,表明其亲缘关系较近。(6)通过对SRAP和TRAP标记的比较研究,新疆10种野生葱蒜遗传多样性丰富、且遗传距离与地理距离没有相关性。
二、芝麻种质资源RAPD分析及其遗传多样性(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、芝麻种质资源RAPD分析及其遗传多样性(论文提纲范文)
(1)基于分子标记的江西省芝麻地方种质遗传多样性分析(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.2 方法 |
1.2.1 DNA提取与质量检测 |
1.2.2 SSR引物与PCR扩增 |
1.2.3 SRAP引物与PCR扩增 |
1.3 数据统计与分析 |
2 结果与分析 |
2.1 多态性分析 |
2.2 总体遗传多样性和聚类分析 |
2.3 不同区域种质的遗传多样性分析和聚类分析 |
2.4 不同粒色种质的遗传多样性分析和聚类分析 |
3 结论与讨论 |
(2)基于转录组SSR、SNP标记的苦玄参遗传多样性及有效成分关联位点分析(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
中英文对照及英文缩写词表 |
引言 |
第一章 综述 |
第一节 药用植物种质资源研究动态 |
一、药用植物种质资源及保护现状 |
二、药用植物遗传多样性研究 |
三、药用植物分子育种研究 |
第二节 壮药药用资源研究动态 |
一、壮药药用资源概况 |
二、壮药资源利用历史及现状 |
三、壮药药用资源保护现状 |
第三节 苦玄参研究动态 |
一、苦玄参药用资源地理分布及资源利用现状 |
二、苦玄参生物学特性 |
三、苦玄参人工繁育及栽培 |
四、苦玄参化学成分及主要活性成分含置测定 |
第四节 分子标记技术研究动态 |
一、RFLP标记发展及应用 |
二、RAPD标记发展及应用 |
三、ISSR标记发展及应用 |
四、SSR标记发展及应用 |
五、SNP标记发展及应用 |
第二章 苦玄参有效成分含量分析 |
一、材料与方法 |
二、结果与分析 |
1. 不同省份群体样含量差异分析 |
2. 群体苦玄参苷含量差异 |
3. 单株样苦玄参苷含量差异比较 |
三、讨论 |
四、小结 |
第三章 苦玄参转录组测序及功能注释 |
第一节 苦玄参转录组测序 |
一、材料与方法 |
二、结果与分析 |
1. 测序数据量统计 |
2. 转录组文库质量评估 |
2.1 mRNA片段化随机性检验 |
2.2 插入片段长度检验 |
2.3 转录组测序数据饱和度检验 |
3. 组装结果统计 |
4. 不同样品总体表达量比对 |
三、讨论 |
四、小结 |
第二节 苦玄参转录组功能注释及CDS预测 |
一、材料与方法 |
二、结果与分析 |
1. 组装结果Unigene功能注释 |
1.1 苦玄参同源序列的物种分析 |
1.2 Unigene的GO功能分类分析 |
1.3 Unigene的COG功能分类 |
1.4 Unigene的KOG统计分析 |
2. 编码蛋白框(CDS)的核苷酸和氨基酸序列分析 |
三、讨论 |
四、小结 |
第四章 转录组SNP遗传结构分析及有效成分关联基因挖掘 |
第一节 苦玄参转录组SNP位点挖掘 |
一、材料与方法 |
二、结果与分析 |
1. SNP位点统计 |
2. 基因的SNP密度分布 |
三、讨论 |
四、小结 |
第二节 基于转录组SNP标记的苦玄参遗传结构分析 |
一、材料与方法 |
二、结果与分析 |
1. 苦玄参群体遗传结构分析 |
1.1 进化分析 |
1.2 群体结构分析 |
1.3 PCA分析 |
2. 单株遗传亲缘关系分析 |
2.1 进化分析 |
2.2 群体结构分析 |
2.3 PCA分析 |
三、讨论 |
四、小结 |
第三节 苦玄参有效成分关联转录组SNP基因位点分析 |
一、材料与方法 |
二、结果与分析 |
1. 基因表达量分析 |
2. 关联分析 |
2.1 SNP关联分析结果 |
2.2 GEM关联分析结果 |
2.3 联合分析结果 |
三、讨论 |
四、小结 |
第五章 苦玄参EST-SSR遗传多样性及品质基因关联分析 |
第一节 苦玄参转录组SSR位点挖掘 |
一、材料与方法 |
二、结果与分析 |
三、讨论 |
四、小结 |
第二节 EST-SSR引物开发及群体遗传多样性分析 |
一、材料与方法 |
二、结果与分析 |
1. 引物开发和检测 |
1.1 转录组引物设计 |
1.2 引物筛选和多态性验证 |
2. PCR扩增结果 |
3. 遗传多样性分析 |
3.1 各位点PIC值 |
3.2 群体遗传多样性分析 |
3.3 F统计值和基因流 |
3.4 遗传距离和聚类分析 |
三、讨论 |
四、小结 |
第三节 栽培单株苦玄参SSR遗传多样性及品质性状相关标记分析 |
一、材料与方法 |
二、结果与分析 |
1. 各位点PIC值及群体遗传多样性 |
2. F统计检验结果及基因流 |
3. 遗传距离和聚类分析 |
4. 苦玄参苷含量关联标记相关分析 |
三、讨论 |
四、小结 |
第六章 总结与展望 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
攻读学位期间发表的学术论文目录 |
(3)黄麻炭疽菌代表性菌株分离鉴定及应用核心种质的构建(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
1 文献综述 |
1.1 黄麻概述 |
1.2 黄麻炭疽病研究概况 |
1.2.1 黄麻的主要病害 |
1.2.2 黄麻炭疽病的发病特征 |
1.2.3 黄麻炭疽病病原菌分类及其鉴定 |
1.2.4 黄麻炭疽病的防治方法 |
1.3 黄麻种质资源研究进展 |
1.4 分子标记及其在指纹图谱中的应用 |
1.4.1 分子标记类型 |
1.4.2 利用SSR分子标记构建作物DNA分子身份证 |
1.5 本研究目的与意义 |
2 黄麻炭疽病病原菌分离鉴定及代表性菌株致病力测定 |
2.1 前言 |
2.2 试验材料 |
2.2.1 供试菌株 |
2.2.2 实验试剂及设备 |
2.2.3 培养基 |
2.3 方法 |
2.3.1 黄麻炭疽病的田间病害症状观察与病斑采集 |
2.3.2 黄麻炭疽病病原菌的分离与纯化 |
2.3.3 黄麻炭疽病病原菌的分子生物学鉴定 |
2.3.4 代表性炭疽病病原菌的柯赫氏法则 |
2.3.5 代表性炭疽病病原菌的致病力测定 |
2.4 结果与分析 |
2.4.1 黄麻炭疽病的田间病害症状 |
2.4.2 黄麻炭疽病病原菌r DNA-ITS、LSU序列分析 |
2.4.3 黄麻炭疽病病原菌11个代表性菌株的柯赫氏法则 |
2.4.4 黄麻炭疽菌11个代表性菌株致病力测定 |
2.5 讨论 |
3 黄麻种质抗性鉴定及应用核心种质的构建 |
3.1 前言 |
3.2 试验材料 |
3.3 方法 |
3.3.1 强致病力菌株GX19田间接种黄麻种质资源 |
3.3.2 黄麻应用核心种质的性状考察 |
3.4 结果与分析 |
3.4.1 黄麻种质资源性状基本统计分析 |
3.4.2 黄麻抗炭疽病种质筛选 |
3.4.3 黄麻应用核心种质的构建 |
3.5 讨论 |
4 黄麻应用核心种质SSR荧光标记分子身份证 |
4.1 前言 |
4.2 试验材料 |
4.2.1 供试材料 |
4.2.2 实验试剂及设备 |
4.3 方法 |
4.3.1 DNA的提取 |
4.3.2 SSR荧光标记 |
4.3.3 荧光核心引物筛选及数据处理 |
4.3.4 DNA分子身份证构建 |
4.4 结果与分析 |
4.4.1 黄麻SSR荧光核心引物的确定 |
4.4.2 基于荧光SSR的应用核心种质遗传多样性 |
4.4.3 应用核心种质DNA分子身份证编码及构建 |
4.5 讨论 |
5 研究结论与展望 |
5.1 研究结论 |
5.2 展望 |
参考文献 |
附录 |
攻读学位期间的学术论文与研究成果 |
致谢 |
(4)基于表型和遗传多样性的野牛草核心种质构建策略初探(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
1 绪论 |
1.1 引言 |
1.2 野牛草种质资源概述及研究现状 |
1.2.1 野牛草概述 |
1.2.2 野牛草种质资源研究现状 |
1.2.3 当前存在的问题 |
1.3 核心种质的研究现状 |
1.3.1 核心种质的概况与构建意义 |
1.3.2 核心种质的构建方法 |
1.3.3 核心种质的利用现状 |
1.3.4 核心种质研究存在的问题与发展 |
1.4 核心种质的研究目的和意义 |
2 基于表型数据构建野牛草雌性初级核心种质 |
2.1 材料与方法 |
2.1.1 试验材料 |
2.1.2 数据测量及标准化 |
2.1.3 数据处理 |
2.1.4 核心种质构建策略 |
2.1.5 核心种质验证 |
2.2 结果与分析 |
2.2.1 表型性状遗传多样性分析 |
2.2.2 雌性核心种质构建结果 |
2.2.3 雌性野牛草初级核心种质构建结果 |
2.3 雌性野牛草初级核心种质的验证 |
2.3.1 符合率检验 |
2.3.2 主成分分析 |
2.3.3 样品分布图 |
2.4 小结 |
3 基于表型数据构建野牛草雄性初级核心种质 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 试验材料 |
3.1.2 数据测量及标准化 |
3.1.3 数据处理 |
3.1.4 核心种质构建策略 |
3.1.5 核心种质验证 |
3.2 结果与分析 |
3.2.1 表型性状遗传多样性分析 |
3.2.2 野牛草雄性核心种质的构建结果 |
3.2.3 野牛草初级核心种质 |
3.3 雄性野牛草初级核心种质的验证 |
3.3.1 符合率检验 |
3.3.2 主成分分析 |
3.3.3 样品分布图 |
3.4 小结 |
4 野牛草的遗传多样性和遗传结构分析 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 试验材料 |
4.1.2 DNA提取和SRAP-PCR |
4.1.3 数据分析 |
4.1.4 聚类分析 |
4.2 结果与分析 |
4.2.1 遗传多样性分析 |
4.2.2 聚类分析 |
4.2.3 遗传结构分析 |
4.3 小结 |
5 基于SRAP分子标记的野牛草核心种质初步构建 |
5.1 材料与方法 |
5.2 核心种质构建方法 |
5.2.1 遗传距离 |
5.2.2 取样策略 |
5.2.3 核心种质的代表性检验 |
5.3 核心种质构建结果 |
5.3.1 核心取样策略的确定 |
5.3.2 遗传相似系数的确定 |
5.3.3 取样比例的确定 |
5.4 核心种质代表性确认 |
5.5 小结 |
6 整合基于表型性状和SRAP标记构建的野牛草核心种质 |
6.1 材料与方法 |
6.2 结果与分析 |
6.3 讨论与结论 |
6.3.1 表型数据与分子标记构建核心种质的差异性 |
6.3.2 表型与分子数据构建核心种质的结合方式 |
6.3.3 小结 |
7 结论与讨论 |
7.1 结论 |
7.2 讨论 |
7.2.1 核心种质的数据来源 |
7.2.2 种质分组 |
7.2.3 核心种质的取样方法 |
7.2.4 总体取样规模 |
7.2.5 核心种质检验 |
7.3 展望 |
参考文献 |
在读期间的学术研究 |
致谢 |
(5)老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
第一章 引言 |
第二章 国内外研究进展 |
2.1 遗传多样性及DNA分子标记研究进展 |
2.1.1 遗传多样性概述及研究方法 |
2.1.2 DNA分子标记的类型 |
2.1.3 DNA分子标记的应用 |
2.1.4 披碱草属植物遗传进化研究 |
2.1.5 老芒麦遗传多样性研究 |
2.2 DNA测序技术原理及研究进展 |
2.3 遗传图谱构建及QLT定位 |
2.3.1 遗传作图原理与方法 |
2.3.2 QTL作图原理与方法 |
2.3.3 牧草遗传连锁图谱构建及重要农艺性状QTL定位研究进展 |
2.4 全基因组关联分析 |
2.4.1 关联分析的基础、优势和策略 |
2.4.2 牧草重要农艺性状全基因组关联分析研究进展 |
2.5 落粒性状及禾本科牧草落粒研究进展 |
2.5.1 植物器官脱落的解剖学基础 |
2.5.2 植物器官脱落的生理基础 |
2.5.3 落粒基因研究进展 |
2.5.4 禾本科牧草落粒研究进展 |
2.6 老芒麦育种研究概况 |
2.7 本研究的目的意义及技术路线 |
2.7.1 目的及意义 |
2.7.2 技术路线 |
第三章 老芒麦EST-SSR分子标记开发与应用 |
3.1 前言 |
3.2 材料与方法 |
3.2.1 供试材料 |
3.2.2 EST-SSR分子标记识别 |
3.2.3 DNA提取及浓度检测 |
3.2.4 PCR扩增及凝胶电泳 |
3.2.5 PCR扩增产物序列验证 |
3.2.6 数据处理 |
3.3 结果 |
3.3.1 EST-SSR的频率及分布 |
3.3.2 引物通用性及多态性分析 |
3.3.3 PCR产物验证 |
3.3.4 披碱草属遗传多样性分析 |
3.3.5 披碱草属遗传结构和遗传进化分析 |
3.4 讨论 |
3.4.1 基于转录组测序的老芒麦EST-SSR分子标记开发 |
3.4.2 披碱草属不同基因组材料的遗传进化关系 |
3.4.3 种质资源保存策略 |
第四章 老芒麦种质资源遗传多样性评价与作图群体构建 |
4.1 前言 |
4.2 材料与方法 |
4.2.1 供试材料 |
4.2.2 试验地概况 |
4.2.3 表型观测项目及方法 |
4.2.4 DNA提取及PCR扩增 |
4.2.5 数据处理 |
4.3 结果 |
4.3.1 老芒麦种质资源落粒性评价 |
4.3.2 EST-SSR标记多态性及老芒麦遗传多样性分析 |
4.3.3 遗传图谱作图亲本选择 |
4.3.4 F_1群体构建及其遗传和表型变异评价 |
4.4 讨论 |
4.4.1 老芒麦遗传多样性 |
4.4.2 老芒麦落粒性遗传改良 |
第五章 老芒麦高密度遗传图谱构建与落粒QTL定位 |
5.1 前言 |
5.2 材料与方法 |
5.2.1 供试材料 |
5.2.2 试验地概况 |
5.2.3 表型观测项目及方法 |
5.2.4 基因组DNA提取、SLAF文库构建及高通量测序 |
5.2.5 高密度遗传图谱构建 |
5.2.6 落粒相关性状QTL分析 |
5.2.7 候选基因挖掘 |
5.3 结果 |
5.3.1 测序数据统计与评价 |
5.3.2 SLAF标签开发 |
5.3.3 遗传图谱构建 |
5.3.4 图谱质量评价 |
5.3.5 F_2群体表型变异 |
5.3.6 QTL作图及比较基因组分析 |
5.4 讨论 |
5.4.1 基于新一代基因组测序技术构建首张老芒麦高密度遗传图谱 |
5.4.2 老芒麦落粒性QLT位点检测 |
5.4.3 老芒麦落粒候选基因挖掘 |
第六章 老芒麦落粒性全基因组关联分析 |
6.1 前言 |
6.2 材料与方法 |
6.2.1 供试材料 |
6.2.2 试验地概况 |
6.2.3 表型观测项目及方法 |
6.2.4 基因组DNA提取、酶切建库、测序及SLAF标签开发 |
6.2.5 遗传进化、亲缘关系及连锁不平衡分析 |
6.2.6 全基因组关联分析 |
6.2.7 候选基因 |
6.3 结果 |
6.3.1 实验建库评估及测序数据统计 |
6.3.2 SLAF标签开发及SNP信息统计 |
6.3.3 连锁不平衡和亲缘关系分析 |
6.3.4 遗传进化分析 |
6.3.5 表型性状评价及相关性分析 |
6.3.6 关联分析 |
6.3.6.1 老芒麦落粒性关联分析及候选基因挖掘 |
6.3.6.2 老芒麦种子相关性状关联分析及候选基因挖掘 |
6.3.6.3 老芒麦产量相关性状关联分析及候选基因挖掘 |
6.4 讨论 |
6.4.1 连锁不平衡与群体结构 |
6.4.2 表型多样性与关联分析 |
6.4.3 落粒候选基因挖掘 |
第七章 结论与创新点 |
7.1 结论 |
7.2 主要创新点 |
7.3 展望 |
参考文献 |
附表 |
附图 |
缩略词表 |
在学期间参与的科研项目 |
在学期间的研究成果 |
在学期间获得的荣誉 |
致谢 |
(7)毛花猕猴桃雄株核心种质构建及遗传多样性分析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
缩略词表 |
前言 |
第一章 文献综述 |
1.1 毛花猕猴桃概述 |
1.2 毛花猕猴桃种质资源研究 |
1.3 核心种质研究 |
1.3.1 核心种质概念 |
1.3.2 核心种质的研究进展 |
1.4 分子标记及SSR在猕猴桃上的应用 |
1.4.1 分子标记 |
1.4.2 SSR分子标记在猕猴桃上的应用 |
1.5 研究的目的与意义 |
第二章 利用表型性状构建毛花猕猴桃雄株初级核心种质 |
2.1 材料 |
2.2 方法 |
2.2.1 样品处理 |
2.2.2 表型性状观测与记录 |
2.2.3 花粉量测定 |
2.2.4 花粉活力测定 |
2.2.5 取样策略 |
2.2.5.1 聚类方法的筛选 |
2.2.5.2 取样方法的筛选 |
2.2.5.3 取样比例的筛选 |
2.2.6 数据统计分析 |
2.3 结果与分析 |
2.3.1 野生毛花猕猴桃雄株性状变异分析 |
2.3.2 初级核心种质构建 |
2.3.2.1 取样策略的筛选 |
2.3.2.2 取样比例的筛选 |
2.4 毛花猕猴桃雄株初级核心种质代表性检验 |
2.4.1 多样性指数及其t检验 |
2.4.2 主成分分析 |
2.4.3 对初级核心种质的补充和完善 |
2.5 讨论 |
2.5.1 毛花猕猴桃雄株种质的表型多样性 |
2.5.2 核心种质构建方法 |
2.5.3 初级核心种质的的评价参数及补充完善 |
第三章 基于SSR分子标记构建核心种质 |
3.1 材料 |
3.1.1 毛花猕猴桃雄株核心种质的构建及其评价 |
3.1.1.1 毛花猕猴桃雄株种质的聚类分析 |
3.1.1.2 核心种质构建的取样策略 |
3.1.1.3 核心种质的评价参数及标准 |
3.2 结果与分析 |
3.2.1 DNA纯度检测、SSR引物的筛选及多态性分析 |
3.2.2 基于分子数据的核心种质取样方案的选择 |
3.2.2.1 不同压缩比例下的毛花猕猴桃雄株核心种质的保留比例分析.. |
3.2.2.2 不同压缩比例下的毛花猕猴桃雄株核心种质的多样性分析 |
3.2.3 基于分子数据构建的毛花猕猴桃雄株核心种质的代表性评价 |
3.3 讨论 |
第四章 核心种质的遗传多样性分析及DNA指纹图谱的构建 |
4.1 材料 |
4.2 实验方法 |
4.2.1 DNA提取及纯度检测 |
4.2.2 SSR引物筛选及PCR扩增 |
4.2.3 数据分析 |
4.3 结果与分析 |
4.3.1 SSR引物的筛选及多态性分析 |
4.3.2 毛花猕猴桃雄株核心种质的遗传多样性分析 |
4.3.3 SSR的数字指纹图谱 |
4.3.4 聚类分析 |
4.4 讨论 |
第五章 结论与展望 |
5.1 结论 |
5.2 创新点 |
5.3 展望 |
附表 |
参考文献 |
致谢 |
(8)材用云南松种质保存库构建及保存策略研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 绪论 |
1.1 引言 |
1.1.1 研究背景 |
1.1.2 目的与意义 |
1.1.3 项目来源与经费支持 |
1.2 国内外研究进展 |
1.2.1 林木种质资源异地保存策略(种质保存库或核心种质库构建策略)研究进展 |
1.2.2 林木种质资源原地保存策略研究进展 |
1.2.3 云南松遗传多样性研究进展 |
1.3 主要研究内容与技术路线 |
1.3.1 主要研究内容 |
1.3.2 技术路线 |
第二章 材用云南松表型性状遗传多样性和遗传结构 |
2.1 研究材料 |
2.2 研究方法 |
2.2.1 表型性状测定 |
2.2.2 数据处理与分析 |
2.3 结果与分析 |
2.3.1 材用云南松各居群18个表型性状的变异分析 |
2.3.2 材用云南松居群间的表型分化估算和Shannon-weaver多样性指数分析 |
2.3.3 依据表型性状的材用云南松居群间的聚类分析 |
2.4 小结 |
第三章 材用云南松SRAP标记遗传多样性和遗传结构 |
3.1 研究材料 |
3.2 研究方法 |
3.2.1 材用云南松干叶DNA提取和检测 |
3.2.2 材用云南松SRAP-PCR反应体系和扩增程序 |
3.2.3 材用云南松SRAP标记的引物筛选 |
3.2.4 材用云南松SRAP-PCR扩增产物检测 |
3.2.5 材用云南松SRAP标记数据分析 |
3.3 结果与分析 |
3.3.1 材用云南松干叶DNA的提取和检测 |
3.3.2 材用云南松SRAP标记的引物筛选 |
3.3.3 材用云南松SRAP-PCR扩增产物荧光标记毛细管电泳检测 |
3.3.4 基于SRAP分子标记的材用云南松遗传多样性参数评价 |
3.3.5 基于SRAP分子标记的材用云南松居群间亲缘关系的聚类分析 |
3.3.6 基于SRAP分子标记的材用云南松遗传多样性的分子方差分析 |
3.4 小结 |
第四章 基于表现型值构建材用云南松种质保存库 |
4.1 研究材料 |
4.2 研究方法 |
4.2.1 表型性状测定 |
4.2.2 表型性状数据标准化 |
4.2.3 种质保存库的构建 |
4.2.4 种质保存库的检测评价 |
4.2.5 种质保存库的确认 |
4.3 结果与分析 |
4.3.1 原种质集与不同抽样比例种质子集性状指标的均值t检验和方差F检验 |
4.3.2 原种质集与不同抽样比例种质子集性状指标的频率分布X~2检验 |
4.3.3 原种质集与不同抽样比例种质子集性状指标的表型相关分析 |
4.3.4 原种质集与不同抽样比例种质子集性状指标的表型遗传多样性指数分析 |
4.3.5 不同抽样比例种质子集表型保留比例、均值差异百分率、变异系数变化率、极差符合率、方差差异百分率对比分析 |
4.3.6 种质保存库的确认 |
4.4 小结 |
第五章 基于SRAP分子标记构建材用云南松种质保存库 |
5.1 研究材料 |
5.2 研究方法 |
5.2.1 SRAP分子标记 |
5.2.2 种质保存库的构建 |
5.2.3 种质保存库的检测评价 |
5.2.4 种质保存库的确认 |
5.3 结果与分析 |
5.3.1 原种质集与不同抽样比例种质子集遗传多样性比较 |
5.3.2 原种质集与不同抽样比例种质子集遗传多样性指标的均值t检验和方差F检验 |
5.3.3 原种质集与不同抽样比例种质子集的相关系数比较 |
5.3.4 种质保存库的确认 |
5.4 小结 |
第六章 整合表型性状和分子标记数据构建材用云南松种质保存库 |
6.1 研究材料 |
6.2 研究方法 |
6.2.1 表型性状测定和表型性状数据标准化 |
6.2.2 SRAP分子标记 |
6.2.3 种质保存库的构建 |
6.2.4 种质保存库的检测评价 |
6.2.5 种质保存库的确认 |
6.3 结果与分析 |
6.3.1 原种质集与不同抽样比例种质子集数量性状检测评价 |
6.3.2 原种质集与不同抽样比例种质子集分子标记信息检测评价 |
6.3.3 种质保存库的确认 |
6.4 小结 |
第七章 材用云南松原地保存策略 |
7.1 研究材料 |
7.2 研究方法 |
7.2.1 表型性状测定和SRAP分子标记 |
7.2.2 遗传标记捕获曲线的建立 |
7.2.3 Shannon多样性指数的混合评价参数 |
7.2.4 居群间混合遗传距离 |
7.3 结果与分析 |
7.3.1 材用云南松遗传标记捕获曲线分析 |
7.3.2 材用云南松Shannon多样性指数的混合评价参数分析 |
7.3.3 材用云南松居群间混合遗传距离分析 |
7.4 小结 |
第八章 结论与讨论 |
8.1 结论 |
8.2 讨论 |
8.2.1 材用云南松遗传多样性和遗传结构 |
8.2.2 材用云南松种质保存库构建(异地保存)策略 |
8.2.3 材用云南松原地保存策略 |
8.3 展望 |
8.4 论文创新点 |
8.4.1 选取具材用特性的优良云南松种质资源群体探讨其保存策略 |
8.4.2 利用整合表型性状和分子标记数据探讨材用云南松保存策略 |
参考文献 |
在读期间的学术研究 |
致谢 |
(9)基于SSR分子标记的闽楠遗传多样性分析及核心种质的构建(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 绪论 |
1.1 闽楠的研究现状 |
1.2 遗传多样性概述 |
1.3 遗传结构概述 |
1.4 核心种质概述 |
1.5 研究的技术路线 |
1.6 研究内容 |
第二章 闽楠的遗传多样性研究 |
2.1 材料与方法 |
2.1.1 试验材料及试验地概况 |
2.1.2 试验方法 |
2.2 结果与分析 |
2.2.1 DNA的提取及SSR引物的筛选 |
2.2.2 SSR位点的多态性 |
2.2.3 遗传多样性分析 |
2.3 小结 |
第三章 闽楠群体的遗传结构分析 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 试验材料与方法 |
3.1.2 数据处理与分析 |
3.2 闽楠群体间的遗传分化 |
3.3 闽楠群体间遗传一致度和遗传距离 |
3.4 闽楠群体间聚类分析与主坐标分析 |
3.5 小结 |
第四章 闽楠核心种质的构建 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 试验材料与研究方法 |
4.1.2 数据分析 |
4.1.3 核心种质的构建方法 |
4.2 四种取样方法的比较 |
4.3 核心种质的构建 |
4.4 核心种质的评价 |
4.5 小结 |
第五章 结论与讨论 |
5.1 结论 |
5.1.1 DNA的提取与SSR引物的筛选 |
5.1.2 闽楠群体的遗传多样性分析 |
5.1.3 闽楠群体的遗传分化与遗传结构 |
5.1.4 闽楠群体的核心种质的构建 |
5.2 讨论 |
5.2.1 DNA的提取与SSR引物的筛选 |
5.2.2 闽楠群体的遗传多样性 |
5.2.3 闽楠群体的遗传分化与遗传结构 |
5.2.4 闽楠群体的核心种质的构建 |
参考文献 |
在读期间的学术研究 |
致谢 |
(10)基于SRAP和TRAP标记的新疆10种野生葱蒜的遗传多样性(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
中英文缩写词对照表 |
第1章 绪论 |
1.1 植物遗传多样性的研究 |
1.2 DNA分子标记在植物遗传多样性研究中的应用 |
1.3 存在的问题 |
1.4 本研究的目的和意义 |
1.5 研究内容及技术路线 |
第2章 实葶葱不同器官基因组DNA的提取 |
2.1 材料与方法 |
2.2 结果与分析 |
2.3 讨论 |
2.4 小结 |
第3章 基于SRAP标记的新疆野生葱蒜遗传多样性分析 |
3.1 材料与方法 |
3.2 结果与分析 |
3.3 讨论 |
3.4 小结 |
第4章 基于TRAP标记的新疆野生葱蒜遗传多样性分析 |
4.1 材料与方法 |
4.2 结果与分析 |
4.3 讨论 |
4.4 小结 |
第5章 SRAP与 TRAP在新疆野生葱蒜遗传多样性上的对比分析 |
5.1 数据分析 |
5.2 结果与分析 |
5.3 讨论 |
5.4 小结 |
第6章 结论与展望 |
6.1 结论 |
6.2 展望 |
参考文献 |
致谢 |
作者简介 |
四、芝麻种质资源RAPD分析及其遗传多样性(论文参考文献)
- [1]基于分子标记的江西省芝麻地方种质遗传多样性分析[J]. 王郅琪,孙建,梁俊超,赵云燕,颜廷献,颜小文,危文亮,乐美旺. 浙江农业学报, 2021(09)
- [2]基于转录组SSR、SNP标记的苦玄参遗传多样性及有效成分关联位点分析[D]. 闫国跃. 中央民族大学, 2020
- [3]黄麻炭疽菌代表性菌株分离鉴定及应用核心种质的构建[D]. 郭艳春. 福建农林大学, 2020
- [4]基于表型和遗传多样性的野牛草核心种质构建策略初探[D]. 江漫华. 中国林业科学研究院, 2020(01)
- [5]老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位[D]. 张宗瑜. 兰州大学, 2020
- [6]利用SRAP标记研究繁殖群体量对芝麻种质资源遗传完整性的影响[J]. 孙建,颜廷献,叶艳英,梁俊超,乐美旺,饶月亮,颜小文,周红英. 热带作物学报, 2020(03)
- [7]毛花猕猴桃雄株核心种质构建及遗传多样性分析[D]. 邹梁峰. 江西农业大学, 2019(03)
- [8]材用云南松种质保存库构建及保存策略研究[D]. 王晓丽. 中国林业科学研究院, 2019
- [9]基于SSR分子标记的闽楠遗传多样性分析及核心种质的构建[D]. 黄雨芹. 中国林业科学研究院, 2019
- [10]基于SRAP和TRAP标记的新疆10种野生葱蒜的遗传多样性[D]. 王丹丹. 新疆农业大学, 2018