一、青海本地黄牛的遗传变异性及基因分化（论文文献综述）
杨秋蕾[1]（2021）在《柴达木黄牛分子遗传多样性及群体遗传结构研究》文中研究说明柴达木黄牛是我国优良的地方黄牛品种之一,主产于青海省海西蒙古族藏族自治州柴达木盆地及其边缘的高海拔地区。柴达木盆地及其周边地区特殊的生态环境、植被状况和地理位置,造就了柴达木黄牛具有较强的抗逆性、耐粗饲和高海拔适应性等特点。当前,柴达木黄牛面临种质资源保护薄弱,选育进展缓慢,且又缺乏相应的遗传学基础数据这一现状。鉴于此,本研究在格尔木市、都兰县、乌兰县、茫崖市和大柴旦行政区共随机采集268头柴达木黄牛个体（106♂、162♀）样品,利用PCR产物直接测序技术对其Y染色体SRY、ZFY基因和线粒体（mt DNA）cyt-b基因进行测序和序列比对分析,基于较大样本量从父系和母系遗传角度对柴达木黄牛的分子遗传多样性、群体遗传结构及系统发育进行综合分析,以期准确地评估柴达木黄牛的分子遗传多样性水平,揭示其种群遗传结构组成和遗传背景,为其遗传资源的保护和开发利用奠定基础。获得主要研究结果如下:（1）柴达木黄牛具有丰富的母系遗传多样性,但其父系遗传多样性水平较低。柴达木黄牛的母系单倍型多样度为0.5882±0.0300,父系单倍型多样度为0.3430±0.0456。在柴达木黄牛品种内,都兰、茫崖2个群体具有较高的父系和母系遗传多样性,提示茫崖和都兰2个群体遗传变异相对丰富。（2）柴达木黄牛品种内5个群体间存在不同程度的遗传分化,群体间分化水平较高。父系遗传分析表明格尔木和都兰群体间分化程度最大,大柴旦和乌兰群体间的分化程度最小;母系遗传分析显示格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大,大柴旦和茫崖群体间的分化程度最小。（3）柴达木黄牛品种内5个群体（即大柴旦、乌兰、格尔木、茫崖和都兰）可聚为2类,但基于父系和母系遗传分析的群体间聚类结果稍有差异。（4）柴达木黄牛由普通牛和瘤牛2个母系支系组成,有2个母系起源。同时,还存在少量牦牛基因的渗入,占总头数的1.12%。（5）柴达木黄牛由Y1和Y2两个普通牛父系支系（单倍型组）组成,以Y2支系（单倍型组）为主（占78.3%）,Y1支系（单倍型组）为辅（占21.7%）,拥有普通牛父系起源。上述研究为全面了解柴达木黄牛的分子遗传多样性、群体遗传结构及遗传背景提供了基础数据,有助于今后开展其本品种选育、杂交改良和种质资源的合理保护和开发利用。
张桂民,黄永震,扎西卓玛,布仁朝格图,曹修凯,马玉林,许显庆,张贵林,雷初朝,陈宏[2]（2017）在《青海海西州肉牛种质资源现状及产业发展分析》文中进行了进一步梳理本文从青海柴达木黄牛、青海高原牦牛、犏牛、柴达木福牛的基本情况、群体情况、生活环境、种质基本特征描述、体尺测量、饲养管理等方面对青海四个牛品种进行种质资源个性描述。在对青海四种牛种质资源进行评估的基础上提出其各自研究开发及主要利用方向,在保持其种质资源优势的基础上提高饲料报酬,加快生长速度,提高产奶量,增加产肉量等经济性能。
张莺莺[3]（2010）在《中国主要牛种肌肉组织基因表达谱特征比较分析》文中指出牛肉的食用品质尤其是嫩度目前仍存在较大的变异程度,如何向消费者提供质量稳定的优质牛肉,是当前肉牛业主要考虑的问题之一。从肉质的分子基础或者生物构成的角度去考虑如何改善牛肉品质是最根本的解决办法。因此,深入了解肉类质量的分子基础和肌肉生物学过程的分子调控机制将有助于我们改善牛肉品质。肌肉组织肉质性状的表达是一个由复杂基因调控、多种代谢途径参与和不同生长发育阶段不断积累的一个过程,研究其分子遗传机理非常复杂,需要一种高效、高通量、高精确性的研究技术。基因芯片技术的研制成功为我们开辟了一条在复杂的基因网络中研究基因功能和基因相互关系的新途径。我国典型的地方牛种主要有黄牛（Bos taurus）、牦牛（Bos grunniens）和水牛（Bubalus bubalus）,它们在长期的进化过程中形成了自身独特的体貌特征和生理特性,而且肉用潜力突出,有很大的开发价值,以我国的主要牛种为研究对象,深入了解其肌肉组织表达谱特征和肉类质量的分子基础,对我国肉牛育种改良具有重要意义。因此,本研究以我国地方良种黄牛的代表性品种秦川牛、青海牦牛和广西水牛为研究对象,利用牛全基因组芯片构建其肌肉组织表达谱并分析其特征,筛选影响肌肉组织代谢和肉质性状表达的重要基因和调控通路,并利用实时定量PCR对结果进行了验证。结果如下:（1）性别显着影响秦川牛牛肉的理化特性。公牛肌肉中水分、羟脯氨酸含量、剪切力值和pH值显着高于阉牛和母牛（p < 0.05）,其中水分含量差异达到极显着水平（p < 0.01）;而粗脂肪含量显着低于母牛和阉牛（p < 0.01）;公牛和阉牛与母牛相比,具有较高的滴水损失和和蒸煮损失（p < 0.05）。公牛和阉牛两组的粗蛋白含量显着高于母牛组（p < 0.05）;公牛组与阉牛组相比,C14:0, C14:1, C18:1,饱和脂肪酸（Saturated fatty acids, SFA）,单不饱和脂肪酸（Mono-unsaturated fatty acids, MUFA）和不饱和脂肪酸（Unsaturated fatty acids, UFA）差异显着（p < 0.05）;公牛与母牛相比,C14:0, C18:1, MUFA和UFA也存在明显差异（p < 0.05）.除了蛋白质含量,阉牛与母牛肉的化学物理性状及脂肪酸组成差异不明显。（2） 36月龄秦川牛肌肉组织中共检测到1096011631个表达探针,主要涉及蛋白质生物合成、ATP合成、糖酵解、转录和翻译调控及加工等生物学过程;秦川牛公牛和阉牛、公牛与母牛两个比较组之间共筛选确定了107条共同差异表达基因,GO分析结果共得到包括细胞粘附、蛋白聚合、低氧应答在内的44条显着的有意义的生物学过程功能分类;调控通路分析结果共得到到包括细胞外基质受体反应、细胞通讯、焦点粘连在内的17条显着的调控通路;秦川牛母牛和阉牛之间共筛选出包括X （inactive）-specifictranscript （XIST）在内的2个差异表达基因。（3）牦牛与秦川牛在蛋白质、粗脂肪、灰分及羟脯氨酸含量及嫩度、肉色、滴水损失和蒸煮损失等肌肉组织理化特性上存在显着差异。36月龄牦牛肌肉组织中共检测到10631条表达探针,主要涉及蛋白质生物合成、ATP合成、糖酵解、细胞内运输等生物学过程;牦牛与秦川牛肌肉组织差异表达的探针共筛选到1922条,其中633条在牦牛肌肉组织中表达上调,1259条在牦牛肌肉组织中表达下调;主要涉及泛素-依赖蛋白分解代谢、细胞物质运输、糖代谢、转录和翻译调控和免疫应答等生物学过程。（4）水牛与秦川牛在蛋白质、粗脂肪含量及嫩度、肉色等肌肉组织理化特性上存在显着差异。36月龄水牛肌肉组织中共检测到8883条表达探针,主要涉及蛋白质生物合成、ATP合成、糖酵解、转录和翻译调控及加工等生物学过程。水牛与秦川牛肌肉组织差异表达的探针共筛选到2340条,其中650条在水牛肌肉组织中表达上调,1690条在水牛肌肉组织中表达下调。差异表达基因主要涉及胆固醇自动平衡、转录调控、糖酵解、氧化还原等生物学过程。（5）通过比较分析不同性别条件下秦川牛肌肉组织表达谱,结合相关文献报道,初步确定了细胞外基质受体反应、细胞通讯、焦点粘连、紧密接头和多糖结构降解等调控途径与秦川牛肉质性状密切相关,同时包括包括COL1A2、COL1A1、SPP1、MMP2、MYH3、MYH8、CFD等在内的12个基因可能是影响牛肉质性状的重要候选基因,值得进行后续深入研究。
冀德君[4]（2008）在《中国牛亚科家畜4个结构基因的遗传分化研究》文中研究说明牛亚科是一个巨大的分类学群体,动物学上分类有不同观点。属的划分影响我国牛亚科家畜遗传资源评价、保护和利用实践的问题之一。一种观点认为牛亚科家畜包括家牛属（Bos）、牦牛属（Poephagus）、野牛属（Bison）、准野牛属（Bibos）、水牛属（Bubalus）、非洲野水牛属（Syncerina）。牛属主要包括普通牛（Bos taurus）和瘤牛（Bos indicus）,牦牛属仅包含牦牛（Poephagus grunniens）一个种,准野牛属（Bibos）主要包括大额牛（Bibos frontalis）、爪哇牛（Bibos javanicus）和印度野牛（Bibos gaurus）。野牛属（Bison）包括美洲野牛（Bison bison）和欧洲野牛（Bison bonasus）。水牛属包括亚洲水牛（Bubalus bulalus）、菲律宾水牛（Bubalus mindorensis）和印尼水牛（Bubalus depressicornis）等,亚洲水牛又包括沼泽型（Swamp）和河流型（River）两种。非洲野水牛属（Syncerus）包括克鲁斯水牛（Syncerus caffer）和非洲野水牛（Syncerus nanus）两个种。另一种观点认为牦牛、大额牛列为牛属（Bos）。众多专家学者对牛亚科内不同物种的起源及分化也存在各种观点。一般认为中国水牛品种完全属于沼泽型,有专家学者认为沼泽型水牛应划分为两个支系,另有专家学者认为沼泽型水牛和江河型水牛相互独立地分别在中国和印度次大陆进化和驯化,两者在驯化后分别传播至东南亚地区;一般认为雷琼牛可能起源于与印度瘤牛（Bos indicus）,另有专家学者认为雷琼牛可能起源于与印度瘤牛不同的其他肩峰牛的祖先,同时混有一定的爪哇牛（Bos javanicus）血缘,并推断海南可能是世界的一个牛属的发源地之一;还有专家学者认为中国牦牛在母缘遗传上分为两大支系;等等。这些不同观点反映了国内学术界对牛亚科内家畜物种的起源及分化问题认识不够透彻,因此在牛亚科物种的遗传资源保护工作中缺乏足够理论指导,不利于遗传资源保护工作的及时有效的开展。为了解牛亚科家畜的遗传变异信息,进一步解决我国牛亚科家畜的宏观进化与分类问题,开展了本项研究工作。本研究以中心产区典型群内随机抽样方法,采集6个中国牛亚科物种的代表性群体,蒙古牛（MG, Bos taurus）,雷琼牛（LQ, Bos indicus）,巴音郭楞州牦牛（MN, Bos grunniens）,独龙牛（DL, Bos frontalis）,海子水牛（HZ, Swamp Bubalus bubalis）和尼里-拉菲水牛（NR, River Bubalus bubalis）,的血液样本共计103份,提取各样本基因组DNA;以各样本基因组DNA为模板,采用PCR分段扩增和测序方法,测定该6个牛种群体的4个结构基因（MSTN、GH、ADH和Cyt b）的编码基因序列,采用相关软件比较分析了6个牛亚科物种的代表性群体的4个结构基因的碱基组成上的差异以及核苷酸序列上的差异,并分别以4个结构基因座上核苷酸序列差异为基础,进行群体间基因分化和基因流分析,并重建中国牛亚科种群的系统发生树,以探讨中国牛亚科种群的遗传分化和系统起源。结果显示:1.各基因碱基组成上,Cyt b基因的G含量远低于其它3个基因（低约8.3%-13.6%）;GH基因的G+C含量约为60%,远远高于其它3个基因;6个牛种群体内核基因的核苷酸歧异度较小,表示多样性水平低;6个牛种群体内Cyt b基因分化水平不一,以独龙大额牛最高（0.03807）,蒙古牛最低（0-0.00019）,蒙古牛和雷琼牛群体各自具有比较单一的母缘血统。从基因多样性上看,综合6个牛种群体,以Cyt b基因多样性水平最高,其它3个核基因的多样性水平均较低。研究结果符合公认的关于核基因和线粒体基因进化速率的认识。2.水牛属和传统的牛属各物种群体间基因分化水平普遍较高,基因流水平很低,或无基因交流,例外的是,独龙大额牛和水牛群体间存在中等水平的基因分化和微弱的基因流,总体研究结果符合两者传统的属分类地位;蒙古牛群体未受其它母缘血统的混杂;独龙大额牛和雷琼牛群体间在Cyt b、GH和ADH基因上的基因流水平较高;独龙大额牛和蒙古牛群体间仅在Cyt b基因上有较高的基因流水平;独龙大额牛和巴音郭楞州牦牛在MSTN基因上有较高的基因流水平;牦牛和其它牛属物种群体间存在中等水平的基因分化和微弱的基因流;本研究中基因流对不同基因的影响力存在差异,其中MSTN基因可能对基因流的影响不敏感。3.牦牛在母缘遗传上分为野生牦牛与家养牦牛两大支;牦牛在母缘遗传上与美洲野牛的关系近于欧洲野牛;传统的牛属各物种与欧洲野牛亲缘关系近于水牛属或其它牛亚科属分类群体;单一的瘤牛母缘血统不支持雷琼牛群体中含有爪哇牛或者巴厘牛血缘的观点,支持雷琼牛与印度瘤牛亲缘关系较近的观点;独龙大额牛群体与普通牛或瘤牛群体在母系血缘上关系很近;海子水牛分为两支的结果支持了沼泽型水牛划分为两个支系的论点,也同时支持了沼泽型水牛独立驯化的观点;所有海子水牛与菲律宾水牛亲源关系近于印尼水牛的结果部分支持了沼泽型水牛通过两条路线传播的推测。4.依据进化速率适中的基因座位上分离位点在群体间的差异,可以采用PCR技术对不同牛种产品进行鉴别,且所采用的基因座位无特别要求。研究结果一方面获得了所检测群体的遗传多样性水平,为认识种间分化提供有价值的信息,为保护及其开发利用牛种资源提供了部分遗传学依据;另一方面探讨了所检6个牛种群体以及与近缘物种之间的遗传分化关系,为中国牛亚科家畜的起源和进化的宏观研究提供了客观的参考资料。
郭军[5]（2007）在《中国绵羊主要类群进化关系分析》文中指出人类何时，为何以及如何驯化绵羊的?探寻这些问题的答案不仅仅是为了满足人类的好奇，这些问题的解决对于绵羊遗传资源的保护、利用以及了解人类的历史有着重要的参考价值。根据线粒体DNA研究，绵羊由A、B、C三大类群组成（最近发现的D、E两类群由于数量过少有待进一步证实）。目前，GenBank上只收录了绵羊B型线粒体完整序列，A型线粒体DNA只有部分编码区和控制区序列，C型线粒体DNA只有控制区序列。本试验目标之一是获取绵羊A、B、C三类群完整线粒体DNA序列。为此，我们采集了绵羊A、B、C三大类群12份样品，提取线粒体DNA，设计11对引物分段扩增绵羊线粒体DNA，克隆测序。然后利用生物信息学软件对线粒体编码的RNA及蛋白质进行了结构预测，分析类群间碱基替换是否影响线粒体编码基因的功能。之后，利用PALM以及DNA SP软件包检测了线粒体DNA蛋白质编码区是否受达尔文正选择作用。最后，利用线粒体DNA编码区序列计算了各类群的分化时间。为了分析中国绵羊的群体遗传结构以及历史变化规律，我们以实验室积累的线粒体DNA控制区序列为主体，结合从GenBank挖掘的序列，构建了数据集。利用MEGA以邻接法重建了系统进化树：通过PAUP*和ModelTest软件获得最优碱基替代模型，用TREE-PUZZLE软件构建最大似然树；利用Network构建了网络图；利用Arliquin软件包分析了群体扩张情况。通过分析绵羊线粒体DNA，我们得出以下结论：1)绵羊A、B、C型线粒体DNA编码区共有144处碱基变异。在RNA编码区共发现24处碱基变异，RNA二级结构预测表明这些碱基变异不会改变RNA的构象。13个线粒体蛋白质编码基因共检测到8处氨基酸替换。经过多重比对及结构分析，非同义替换不会影响蛋白质功能。2)绵羊mtDNA蛋白质编码区没有受到正选择作用。3)计算了分化时间。A类群为0.21百万年：B类群为0.32百万年；C类群为0.32百万年。绵羊分化时间正好处于更新世大型食草动物物种爆发期。4)发现绵羊三个类群经历过群体扩张，扩张次序依次为B类群、A类群、C类群。核苷酸不配对分析表明绵羊三个类群从很小的群体扩张，三次驯化事件形成了绵羊母系群体。5)发现野生盘羊入侵绵羊。6)证实绵羊存在D类群7)获得绵羊A、C类群mtDNA全序列，重新校正B类群mtDNA序列。结合研究结果，我们从线粒体DNA角度探讨了绵羊品种引进、改良工作，并预测了绵羊外来品种所携带的线粒体DNA不会在改良群体中固定。在第二章我们讨论了绵羊物种形成过程以及类群C的来源。最后，我们对未来的研究工作提出一些建议。
李梅[6]（2005）在《延边黄牛细胞遗传与血液蛋白多态性的研究》文中研究指明本文对延边黄牛及其与利木赞的杂交后代——利延杂交牛分别进行了细胞遗传学和血液蛋白多态性的研究。通过染色体核型和显带分析,为研究延边黄牛的起源进化、品种形成和基因定位提供细胞遗传学方面的基础数据;利用血液蛋白多态性分析延边黄牛的遗传多样性,评价延边黄牛内的遗传变异程度以及延边黄牛和利延杂交牛的遗传关系。同时,为畜禽遗传资源的合理保护和利用提供了细胞遗传学和血液蛋白多态性方面的客观依据和背景资料。 采用外周血淋巴细胞培养技术、常规染色体制片技术和染色体C-分带技术,对延边黄牛（10♀,10♂）和利延杂交牛（14♀,15♂）两品种的染色体核型和C-带进行了研究。结果表明,延边黄牛和利延杂交牛二倍体染色体数目2n=60,公牛核型为2n=60,XY,母牛为2n=60,XX,其中29对常染色体均为端着丝粒染色体,X染色体为较大的亚中着丝粒染色体,Y染色体为较小的中着丝粒染色体。 采用AutoCAD计算机设计软件测量染色体的相对长度,延边黄牛和利延杂交牛的常染色体变化范围分别是1.545%～4.921%和1.637%～5.855%。X染色体的相对长度分别是5.001%和5.640%,Y染色体分别是1.928%和2.045%。经t检验,延边黄牛和利延杂交牛的常染色体相对长度,性染色体相对长度、着丝粒指数和臂比的差异显着（p<0.05）。 C-带分析表明,延边黄牛和利延杂交牛的带型基本相似。延边黄牛和利延杂交牛的所有常染色体的着丝粒部位为深染,臂为浅染;X染色体不出现C带阳性区,整个被浅染;Y染色体为半深染,着色程度介于常染色体着丝粒部位深染区与长臂及X染色体浅染区之间。C-带分布的部位虽然相似,但其形状和大小具有多态性。 采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术分别对延边黄牛和利延杂交牛血液中的血红蛋白（Hb）、白蛋白（Alb）和转铁蛋白（Tf）三个蛋白位点进行了测定,结果表明:延边黄牛和利延杂交牛的Hb、Alb和Tf三个蛋白位点均存在多态性。Hb是由两个共显性等位基因A和B控制,其基因型分别为AA和AB;Alb是由常染色体同一个基因座位上的两个共显性等位基因A和B控制,有AA、AB和BB三种基因型;控制Tf的基因有A、D和E,其基因型为AA、AD、AE、DE和EE。
卢福山,张才骏,董永森[7]（2003）在《青海牦牛乳中αS1-酪蛋白的电泳研究》文中认为对 2 0 1头青海牦牛乳中αS1 酪蛋白 （αS1 CN）进行了电泳分析。结果发现 :（1 ）αS1 CN有αS1 CNBB ,αS1 CNBC ,αS1 CNBE ,αS1 CNCC ,αS1 CNCE和αS1 CNEE 6种基因型 ;（2 ）αS1 CN基因座受αS1 CNB,αS1 CNC 和αS1 CNE3个复等位基因控制 ,其基因频率分别为 0 0 896 ,0 631 8和 0 2 786 ;（3）青海牦牛αS1 CN有效等位基因数为 2 0 62 6个 ,基因杂合度为 0 51 5 1 8,基因纯合度指数为 0 393 9;（4）环湖型牦牛与高原型牦牛αS1 CN的多态性特征相似 ,两者之间的遗传距离很小 （3 34× 1 0 - 3） ,基因分化程度低 （0 70 % ）。
赖松家[8]（2004）在《中国三个牛种遗传多样性和分子系统进化研究》文中进行了进一步梳理本研究采用PCR产物，Sanger双脱氧链终止法自动测序技术，测定了我国饲养的14个黄牛品种（其中两个引进品种）84个个体和5个牦牛品种（类群）33个个体的线粒体DNA控制区（D-loop）全序列，分析结果表明： 我国饲养的黄牛D—loop全序列长度为910bp、911bp和912bp，检测到83个多态位点，占分析位点总数的9.10％，其中单一多态位点19个，简约信息位点64个；核苷酸位点突变类型有五种，即转换、颠换、插入／缺失及转换与颠换共存。确定了45种单倍型，其中单倍型H10和H6为中国黄牛的主体单倍型，中国本地黄牛品种38种单倍型，其中32种单倍型为相应品种所特有。各单倍型在品种间和品种内的分布和频率均不平衡，所测定的14个黄牛品种单倍型平均多样度为0.9593±0.0126，各单倍型间的平均遗传距离为0.016（0.000—0.055），说明我国黄牛D-loop单倍型类型丰富。黄牛品种内各序列平均核苷酸差异数19.675，核苷酸多样度2.164％，黄牛品种间核苷酸分歧度（Dxy）从0.292％—4.571％；品种间双参数距离范围较大（0.000—0.053）。结果表明我国黄牛具有非常丰富的遗传多样性。群体核苷酸不配对分布曲线是一条不规则的多峰波浪型曲线，所有序列Tajima’s D中性检验结果不显着（p＞0.01），表明中国黄牛在过去没有出现群体扩张。分子方差分析表明，品种间的方差组分占总变异的26.5％，品种内的方差组分为73.50％，经检验差异极显着（p＜0.01），进一步分析各品种间的Fst P值，大部分品种间差异不显着，部分品种间差异显着或极显着。表明我国黄牛品种间出现了显着的遗传分化。 本研究在国际上首次测定了牦牛线粒体DNA控制区（D-loop）全序列，并采用了克隆测序，反向测序进行验证，表明结果是准确可靠的。牦牛线粒体DNA控制区全序列长度为891 bp至895 bp。T、C、A、G四种核苷酸的含量分别为28.5％、25.3％、32.5％、13.7％。检测到47个变异位点，约占分析位点总数的5.23％，其中简约信息位点36个，单一多态位点11个；核甘酸变异类型有转换、颠换、插入／缺失四种。确定了24种单倍型，单倍型H6和H4为中国牦牛的主体单倍型，各单倍型在品种间分布不平衡，所测定的5个牦牛品种（类群）单倍型平均多样度为0.9697±0.0180，各单倍型间的平均遗传距离0.014（0.000—0.037），说明我国牦牛D—loop单倍型类型丰富。牦牛的品种内各序列平均核苷酸差异数10.936，核苷酸多样度1.231%;耗牛品种间核昔酸分歧度（Dxy）从0.760%一2.155%，品种间双参数距离范围为0.003一0.029。结果表明我国耗牛遗传多样性丰富。 我国耗牛控制区全序列核营酸数量比我国黄牛少巧一21 bp，核昔酸变异率耗牛 （5.23%）较黄牛（9.10%）低，核营酸多样度黄牛（2.164%）较耗牛（1.231%）高约一倍。表明我国黄牛遗传多样性较耗牛丰富。 试验测定了我国饲养的黄牛13个品种82个个体、耗牛5个品种（类群）31个个体和水牛4个地方类群18个个体的线粒体DNA细胞色素b部分（420 bp）序列，分析结果表明: 黄牛中发现11个多态位点，单一信息位点6个，简约信息位点5个，确认了13种单倍型，单倍型核营酸平均差异数为2.331，核营酸多样度为0.555%，品种间核普酸分歧度（Dxy）从0.048%一1 .23%，双参数距离从0.000一0.012;在10、17、78、81四个位置检测到氨基酸序列变异，黄牛各品种间在cys、Leu、Ala、ne、Thu、.Val、Tyr七种氨基酸组成含量有差异。耗牛中发现9个变异位点，单一信息位点4个，简约信息位点5个，确定了6种单倍型，单倍型核营酸平均差异数1，798，核营酸多样度为0.428%，在69、118两个位置检测到氨基酸变异，耗牛各品种间在Ile，Thr两种氨基酸组成含量存在差异。水牛中发现5个多态位点，单一信息位点2个，简约信息位点3个，确定了5种单倍型，单倍型核普酸平均差异数为1.065，核昔酸多样度为0.254%，没有发现氨基酸变异。结果表明，中国黄牛遗传多样性较耗牛丰富，中国水牛遗传多样性贫乏;线粒体DNAD一loop区遗传多样性较Cyth基因遗传多样性丰富。 Cytb基因核昔酸的变异类型在黄牛中为转换和颠换，在水牛和耗牛中只有转换，三种牛均以转换为主，没有缺失/插入;核昔酸的替换三种牛均发生在密码子的第三位，三种牛均以同义替换为主，黄牛各品种仅在安西黄牛中检测到非同义替换，耗牛和水牛中没有检测到非同义替换，同义替换的速率（ds）高于非同义替换的速率（ka）。 黄牛、耗牛和水牛3种牛的Cytb序列中，不同位点碱基含量不同，3种牛均为密码子的第一位点和第三位点富含碱基A，第二位点富含碱基T。同一碱基在不同的密码子位点和不同的牛种中含量不同，黄牛中T、A在第2位点最高，G在第一位点最高，C在第三位点最高;耗牛和水牛中T在第二位点最高，G在第一位点最高，C、A在第三位点最高。可见，在不同位点和不同牛种间密码子的碱基组成存在较大偏倚。比较黄牛、水牛、耗牛密码子的使用频率，不同的密码子在同一牛种使用频率不同，同一密码子在不同的牛种中使用不同;同义密码子在牛种内和牛种间使用频率不平衡，结果表明，密码子使用频率存在偏倚性。 采用黄牛和耗牛mtDNA控制区全序列单倍型，黄牛、耗牛和水牛m
张才骏[9]（2002）在《青海牦牛乳蛋白的多态性和基因分化》文中研究表明采用聚丙烯酰胺凝胶垂直平板电泳法对 2 0 1头青海牦牛四种乳蛋白的多态性及其基因分化进行了研究。结果发现 :①α -LA和αsl-CN基因座存在多态性 ,乳蛋白的多态性基因座比例为 5 0 % ;②αsl-CN基因座受αsl-CNB,αsl-CNC 和αsl-CNE 三个复等位基因控制 ,其基因频率分别为 0 0 896,0 631 8和 0 2 786;③青海牦牛四种乳蛋白的平均有效等位基因数为 1 1 495个 ,平均基因杂合度为 0 1 30 0 4 ,平均基因纯合度指数为 0 80 4 3;④环湖型牦牛与高原型牦牛乳蛋白的多态性特征相似 ,两者之间的遗传距离很小 （ 5 36× 1 0 -5） ,基因分化程度低 （ 0 484% ）。
张才骏,王勇,卢福山[10]（2002）在《青海东部黄牛血液生化遗传多态性》文中研究说明采用聚丙烯酰胺凝胶电泳法和火焰光度法 ,对青海东部黄牛的HB ,KE ,TF ,PTF ,PA ,AMY 1,ALPA ,ALPB ,RBC LDH1,S LDH110个血液生化遗传基因座的多态性进行了研究。结果发现 :（ 1）在被研究的 10个生化遗传基因座中有 8个存在多态性 ,多态性基因座比例为 80 .0 % ;（ 2 ）各生化遗传基因座的优势等位基因是 :HBA,KEL,TFD,PTFB,PAB,AMY1B,ALPAA,ALPB0 ,RBC LDH1S,S LDH1S;（ 3）平均基因杂合度和基因纯合度指数分别为 0 .30 7和 0 .5 39,实有等位基因数和有效等位基因数分别为 2 .40 0和 1.5 92个。
二、青海本地黄牛的遗传变异性及基因分化（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、青海本地黄牛的遗传变异性及基因分化（论文提纲范文）
（1）柴达木黄牛分子遗传多样性及群体遗传结构研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 综述 |
| 1.1 中国黄牛的种质资源研究概况 |
| 1.1.1 牛的起源与驯化 |
| 1.1.2 中国黄牛的品种分类及区域分布特征 |
| 1.1.3 中国黄牛的血统构成 |
| 1.2 牛遗传多样性、分化及系统发育研究进展 |
| 1.2.1 基于Y染色体遗传变异的研究 |
| 1.2.2 基于线粒体DNA遗传变异的研究 |
| 1.2.3 基于常染色体微卫星标记的研究 |
| 1.3 柴达木黄牛种质资源研究现状 |
| 1.3.1 柴达木黄牛概述 |
| 1.3.1.1 柴达木黄牛的品种演变 |
| 1.3.1.2 柴达木黄牛的表型特征及分布 |
| 1.3.1.3 柴达木黄牛的饲养管理及品种改良 |
| 1.3.1.4 柴达木黄牛的生产性能及利用现状 |
| 1.3.1.5 柴达木黄牛养殖中存在的问题 |
| 1.3.1.5.1 对地方优良品种的重要性认识不足 |
| 1.3.1.5.2 缺乏科学有效的选种选育措施 |
| 1.3.1.5.3 技术力量薄弱,服务体系不健全 |
| 1.3.1.5.4 选种选配混乱 |
| 1.3.2 柴达木黄生理生化水平的研究 |
| 1.3.3 柴达木黄牛分子遗传水平的研究 |
| 1.3.3.1 分子遗传标记分析 |
| 1.3.3.2 全基因组水平上的研究 |
| 1.4 本研究的目的及意义 |
| 第二章 柴达木黄牛母系遗传多样性及群体遗传结构研究 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 样本采集 |
| 2.2.2 主要试剂与仪器 |
| 2.2.3 试验方法 |
| 2.2.3.1 基因组DNA提取与检测 |
| 2.2.3.2 引物合成 |
| 2.2.3.3 mtDNA cyt-b基因的PCR扩增与测序 |
| 2.2.3.4 数据分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 基因组DNA检测 |
| 2.3.2 柴达木黄牛mtDNA cyt-b基因PCR产物的检测 |
| 2.3.3 柴达木黄牛mtDNA cyt-b基因遗传变异及遗传多样性分析 |
| 2.3.4 柴达木黄牛品种内群体间遗传分化分析 |
| 2.3.5 柴达木黄牛母系遗传系统发育分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 柴达木黄牛的母系遗传多样性 |
| 2.4.2 柴达木黄牛品种内群体间分化状况 |
| 2.4.3 柴达木黄牛的母系起源 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 柴达木黄牛父系遗传多样性及群体遗传结构研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试验材料 |
| 3.2.1.1 样本采集 |
| 3.2.2 主要试剂与仪器 |
| 3.2.3 试验方法 |
| 3.2.3.1 基因组DNA的提取与检测 |
| 3.2.3.2 引物设计、合成和PCR扩增与测序 |
| 3.2.3.3 数据处理 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 基因组DNA检测 |
| 3.3.2 柴达木黄牛Y染色体SRY、ZFY基因片段的PCR扩增与检测 |
| 3.3.3 柴达木黄牛Y染色体SRY、ZFY基因片段序列多态性分析 |
| 3.3.4 柴达木黄牛Y染色体单倍型组分型及频率统计 |
| 3.3.5 柴达木黄牛单倍型多样度分析 |
| 3.3.6 柴达木黄牛品种内群体间遗传分化分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 柴达木黄牛的父系遗传多样性及起源 |
| 3.4.2 柴达木黄牛品种内群体间父系遗传分化 |
| 3.4.3 柴达木黄牛品种内群体间父系遗传关系 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 结论及创新点 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（2）青海海西州肉牛种质资源现状及产业发展分析（论文提纲范文）
| 前言 |
| 1 自然环境条件 |
| 1.1 主产区及分布 |
| 1.2 自然生态条件 |
| 2 牛的种群现状与性能 |
| 2.1 种群情况 |
| 2.2 种质适应性及疾病感染情况 |
| 2.3 功能特性及用途 |
| 3 种质基本特征描述 |
| 3.1 体型外貌特征 |
| 3.2 被毛及皮肤颜色 |
| 3.3 繁殖性能 |
| 3.4 生产性能 |
| 3.4.1 柴达木黄牛生产性能 |
| 3.4.2 牦牛生产性能 |
| 3.4.3 犏牛生产性能 |
| 3.4.4 福牛生产性能 |
| 4 对种质的评估 |
| 4.1 牦牛种质资源优缺点 |
| 4.2 柴达木黄牛种质资源优缺点 |
| 4.3 犏牛种质资源优缺点 |
| 4.4 柴达木福牛种质资源优缺点 |
| 5 产业未来发展趋势分析 |
（3）中国主要牛种肌肉组织基因表达谱特征比较分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 牛肉品质的遗传效应 |
| 1.2.1 牛品种对牛肉品质的影响 |
| 1.2.2 牛肉品质基因遗传调控 |
| 1.3 基因组学在牛肉品科学上的应用 |
| 1.3.1 基因组学在牛肉品科学上的应用领域 |
| 1.3.2 牛功能基因组学研究进展 |
| 1.4 中国主要牛种的生物学分类 |
| 1.5 基因芯片技术概述 |
| 1.5.1 基因芯片技术产生的背景 |
| 1.5.2 基因芯片的原理 |
| 1.5.3 基因芯片的种类和制备方法 |
| 1.5.4 基因组芯片的应用 |
| 1.5.5 牛全基因组芯片简介 |
| 1.6 基因调控网络简介 |
| 1.6.1 基因本体论（Gene Ontology, GO）简介 |
| 1.6.2 KEGG 数据库简介 |
| 1.7 研究的目的和内容 |
| 第二章 不同性别秦川牛肌肉组织基因表达谱比较分析 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 采样 |
| 2.1.3 牛全基因组芯片 |
| 2.1.4 主要试剂 |
| 2.1.5 主要仪器 |
| 2.1.6 主要分子生物学软件 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 肉质测定 |
| 2.2.2 qRT PCR 引物设计及合成 |
| 2.2.3 Affymetrix Genechip 芯片实验操作流程 |
| 2.2.4 芯片实验结果数据分析 |
| 2.2.5 qRT PCR |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 秦川牛肉质性状分析 |
| 2.3.2 不同性别秦川牛肌肉组织基因表达谱比较分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 性别对秦川牛肉质性状的影响 |
| 2.4.2 不同性别秦川牛肌肉组织表达谱比较分析 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 青海牦牛与秦川牛肌肉组织基因表达谱比较分析 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 试验动物 |
| 3.1.2 采样 |
| 3.1.3 牛全基因组芯片 |
| 3.1.4 主要试剂 |
| 3.1.5 主要仪器 |
| 3.1.6 主要分子生物学软件 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 肉质测定 |
| 3.2.2 qRT PCR 引物设计及合成 |
| 3.2.3 Affymetrix Genechip 芯片实验操作流程 |
| 3.2.4 芯片实验结果数据分析 |
| 3.2.5 qRT PCR |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 秦川牛与青海牦牛肉质性状比较分析 |
| 3.3.2 青海牦牛与秦川牛肌肉组织表达谱比较分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 广西水牛与秦川牛肌肉组织基因表达谱比较分析 |
| 4.1 试验材料 |
| 4.1.1 试验动物 |
| 4.1.2 采样 |
| 4.1.3 牛全基因组芯片 |
| 4.1.4 主要试剂 |
| 4.1.5 主要仪器 |
| 4.1.6 主要分子生物学软件 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 肉质测定 |
| 4.2.2 qRT PCR 引物设计及合成 |
| 4.2.3 Affymetrix Genechip 芯片实验操作流程 |
| 4.2.4 芯片实验结果数据分析 |
| 4.2.5 qRT PCR |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 广西水牛与秦川牛肉质化学成分和物理性状比较分析 |
| 4.3.2 广西水牛与秦川牛肌肉组织基因表达谱比较分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 结论 |
| 5.1 研究结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 下一步的工作 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 英文缩略表 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（4）中国牛亚科家畜4个结构基因的遗传分化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1 牛亚科的演化史及中国牛亚科各物种的起源与遗传多样性 |
| 1.1 牛亚科的演化史 |
| 1.2 牛亚科动物的分类与分布 |
| 1.3 中国牛亚科家畜物种的起源驯化与遗传多样性 |
| 2 牛亚科物种遗传分化研究实验技术与理论工具 |
| 2.1 牛亚科物种遗传分化研究实验技术 |
| 2.2 物种遗传分化研究理论分析工具 |
| 第二章 牛亚科6 个家畜群体4 个基因的序列分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 动物群体与样本采集 |
| 1.2 试剂配制 |
| 1.3 基因组DNA 提取和检测 |
| 1.4 引物设计与PCR 扩增 |
| 1.5 PCR 产物检测 |
| 1.6 PCR 产物测序 |
| 1.7 序列统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 牛基因组DNA 提取结果检测 |
| 2.2 PCR 扩增结果 |
| 2.3 4 个结构基因核苷酸组成及分析 |
| 2.4 基因编码区序列的核苷酸变异 |
| 3 讨论 |
| 第三章 4个结构基因多样性及基因流分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 序列比对与多样性分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 6个牛种群体MSTN 基因的多样性水平 |
| 2.2 6个牛种群体GH 基因的多样性水平 |
| 2.3 6个牛种群体ADH 基因的多样性水平 |
| 2.4 6个牛种群体Cyt b 基因的多样性水平 |
| 3 讨论与小结 |
| 第四章 基于4 个基因探讨6 个牛种群体的起源分化 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 基因序列 |
| 1.2 系统树构建 |
| 2 结果 |
| 2.1 基于Cyt b 基因的系统树 |
| 2.2 基于核基因的分子系统树 |
| 2.3 合并3 个核基因数据构建系统树 |
| 2.4 基于Cyt b 和核基因系统树间的比较 |
| 3 讨论 |
| 第五章 基于分化位点的牛亚科物种间遗传学鉴定技术 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 序列分析与统计 |
| 1.2 种属特异性引物设计 |
| 1.3 PCR 扩增与条带检测 |
| 2 结果 |
| 2.1 序列分析 |
| 2.2 水牛属和牛属特异性鉴定 |
| 3 讨论 |
| 3.1 群体多样性水平的影响 |
| 3.2 牛亚科物种产（制）品的鉴定 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文目录 |
（5）中国绵羊主要类群进化关系分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 进化研究概述 |
| 1.1.1 进化和进化论 |
| 1.1.2 中性突变随机漂变进化理论 |
| 1.2 线粒体DNA在进化生物学中的应用 |
| 1.2.1 线粒体DNA结构 |
| 1.2.2 利用线粒体DNA揭示家养动物的起源驯化 |
| 1.2.3 线粒体DNA在生物地理学中的应用 |
| 1.2.4 分析种群数量变化和种群间的联系 |
| 1.2.5 进化分析中可能遇到的问题 |
| 1.3 绵羊的起源与驯化 |
| 1.3.1 普通生物学研究 |
| 1.3.2 考古、民俗学研究 |
| 1.3.3 分子生物学研究 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 绵羊类群的分化 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料和方法 |
| 2.2.1 样品的采集 |
| 2.2.2 测序策略 |
| 2.2.3 试验流程 |
| 2.2.4 仪器设备 |
| 2.2.5 主要试剂 |
| 2.2.6 PCR扩增所用的引物 |
| 2.2.7 实验方法 |
| 2.2.8 序列的校对 |
| 2.2.9 系统树构建 |
| 2.2.10 SNPs对蛋白质结构的影响 |
| 2.2.11 SNPs对RNA结构的影响 |
| 2.2.12 中性检测 |
| 2.2.13 类群分化时间 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 鉴别绵羊线粒体类型 |
| 2.3.2 线粒体DNA提取、扩增及测序 |
| 2.3.3 绵羊类群间DNA序列上的差异 |
| 2.3.4 绵羊类群间氨基酸序列上的差异 |
| 2.3.5 预测SNPs对RNA结构的影响 |
| 2.3.6 正选择作用检测 |
| 2.3.7 类群间分化时间 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 与GenBank上绵羊B型线粒体DNA序列的比较分析 |
| 2.4.2 从线粒体DNA角度探讨绵羊品种引进、保护 |
| 2.4.3 线粒体DNA与绵羊生产性状存在关联吗? |
| 2.4.4 研究前景 |
| 第三章 群体动力学分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料和方法 |
| 3.2.1 DNA提取 |
| 3.2.2 PCR扩增、克隆、测序 |
| 3.2.3 数据挖掘 |
| 3.2.4 序列预处理 |
| 3.2.5 系统进化分析 |
| 3.2.6 群体扩张分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 系统树构建 |
| 3.3.2 网络分析 |
| 3.3.3 群体动力学分析 |
| 3.4.讨论 |
| 3.4.1 绵羊的物种形成 |
| 3.4.2 绵羊的种群扩张 |
| 3.4.3 研究前景 |
| 第四章 全文结论 |
| 4.1 类群间DNA序列上的差异 |
| 4.2 绵羊mtDNA蛋白质编码区没有受到正选择作用 |
| 4.3 类群分化时间 |
| 4.4 绵羊群体扩张 |
| 4.5 发现野生盘羊入侵绵羊 |
| 4.6 证实绵羊存在D类群 |
| 4.7 获得绵羊A、C类群线粒体DNA全序列,重新校正B类群线粒体DNA 序列 |
| 参考文献: |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间完成的论文 |
（6）延边黄牛细胞遗传与血液蛋白多态性的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一部分 绪论 |
| 1.1 遗传标记的发展现状 |
| 1.2 染色体研究进展 |
| 1.3 血液蛋白多态性研究进展 |
| 1.4 研究的目的和意义 |
| 第二部分 延边黄牛和利延杂交牛的染色体研究 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.3 染色体分析方法 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 小结 |
| 第三部分 延边黄牛和利延杂交牛的血液蛋白多态性研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.3 判型标准 |
| 3.4 数据统计分析 |
| 3.5 结果与分析 |
| 3.6 讨论 |
| 3.7 小结 |
| 第四部分 结论与展望 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（8）中国三个牛种遗传多样性和分子系统进化研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 文献综述 |
| 第一节 遗传多样性及其研究意义 |
| 一、 遗传多样性的概念及其意义 |
| 二、 我国家养动物遗传多样性研究的重要性和必要性 |
| 第二节 遗传多样性研究中的分子方法 |
| 一、 遗传多样性研究的分子方法 |
| 二、 DNA序列分析的基本数学模型 |
| 第三节 mtDNA在牛遗传多样性研究中的应用 |
| 一、 哺乳动物线粒体DNA |
| (一) 动物线粒体DNA(mtDNA)基因组结构 |
| (二) 哺乳动物mtDNA基因组遗传特征 |
| 二、 牛的mtDNA多态性研究 |
| (一) RFLP在牛mtDNA多态性研究中的应用 |
| (二) 牛mtDNA序列多态性研究进展 |
| 三、 mtDNA遗传多样性在牛育种中的应用 |
| (一) mtDNA标记用来研究牛群的遗传结构、起源和分化 |
| (二) mtDNA多态性与牛生产性能的关系 |
| 第四节 牛遗传多样性牛研究进展 |
| 一、 外貌特征的遗传多样性 |
| (一) 牛毛色遗传多样性 |
| (二) 体态遗传多样性 |
| 二、 染色体水平的遗传多样性 |
| 三、 蛋白质多态性研究 |
| 四、 牛核基因组DNA水平遗传多样性研究 |
| (一) 核基因组DNA遗传多样性研究牛的起源分化 |
| (二) 构建牛遗传图谱 |
| (三) 牛QTL研究进展 |
| 第五节 中国牛种的起源分化研究 |
| 一、 中国黄牛的起源与驯化 |
| 二、 中国牦牛的起源驯化 |
| 三、 中国水牛的起源驯化 |
| 四、 研究内容及目的意义 |
| 第二章 中国三个牛种mtDNA序列遗传多样性研究 |
| 第一节 中国黄牛和牦牛mtDNA D-环序列多态性研究 |
| 一、 材料来源 |
| 二、 实验方法 |
| (一) 全基因组DNA提取和检测 |
| (二) 线粒体DNA D-环全序列的扩增 |
| (三) PCR产物的回收纯化 |
| (四) 线粒体DNA D-loop全序列测定 |
| 三、 数据处理 |
| 四、 试验结果 |
| (一) mtDNA D-loop区全序列的扩增、回收纯化和测序 |
| (二) 中国牛种(黄牛，牦牛)线粒体DNA D-环区遗传多态性 |
| (三) 中国黄牛和牦牛mtDNA D-loop遗传结构 |
| 五、 分析与讨论 |
| (一) 中国黄牛的mtDNA遗传结构及其多态性 |
| (二) 中国黄牛品种间的遗传分化 |
| (三) 牦牛mtDNA D-loop全序列测定 |
| (四) 牦牛mtDNA遗传多样性 |
| (五) 牦牛品种间的遗传分化 |
| 六、 结论 |
| 第二节 中国三个牛种mtDNA Cytb基因序列多态性研究 |
| 一、 材料与方法 |
| (一) 样本采集和DNA提取 |
| (二) DNA的提取与检测 |
| (三) 细胞色素b(Cytb)基因的扩增，PCR产物的纯化和序列测定 |
| (四) 数据处理 |
| 二、 试验结果 |
| (一) mtDNA Cytb基因部分序列的扩增、回收纯化和测序 |
| (二) 中国三个牛种Cytb基因部分序列的核苷酸变异 |
| (三) 中国三个牛种各品种间Cytb基因序列Kimura双参数距离 |
| (四) 中国三个牛种Cytb基因的氨基酸和密码子使用分析 |
| (五) 同义替换和非同义替换 |
| 三、 分析与讨论 |
| (一) Cytb基因作为分子遗传标记 |
| (二) 中国牛种Cytb基因遗传变异 |
| (三) 中国牛种Cytb基因核苷酸变异模式 |
| (四) 中国牛种Cytb密码使用偏倚 |
| (五) 中国牛种遗传分化 |
| 四、 结论 |
| 第三章 中国三个牛种的分子系统发育分析 |
| 一、 材料与方法 |
| (一) 实验材料 |
| (二) 中国三个牛种系统发育推断 |
| (三) 系统发育树评价 |
| 二、 实验结果 |
| (一) 构建的系统发育树 |
| (二) 系统发育树可靠性评估 |
| (三) 中国三个牛种的系统发育关系 |
| 四、 分析与讨论 |
| (一) 中国三个牛种的起源 |
| (二) 中国三个牛种的系统分化 |
| 五、 结论 |
| 参考文献 |
| 攻博期间发表的论文论着及取得的科研成果 |
| 致谢 |
| 附表 |
| 附图 |
（9）青海牦牛乳蛋白的多态性和基因分化（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验牦牛 |
| 1.2 乳样采集及预处理 |
| 1.3 乳蛋白电泳和分型 |
| 1.4 数据处理[10, 11] |
| 1.4.1 基因型频率和基因频率 |
| 1.4.2 基因杂合度 (H) |
| 1.4.3 有效等位基因数 (Ne) |
| 1.4.4 基因纯合度指数 (H.I.) |
| 1.4.5 多态性基因座比例 (Ppoly) |
| 1.4.6 遗传距离 (D) |
| 1.4.7 基因分化系数 (GST) |
| 2 结果 |
| 2.1 Ppoly |
| 2.2 α-LA和αsl-CN的多态性 |
| 2.3 遗传变异性 |
| 2.4 遗传距离和遗传相似系数 |
| 2.5 GST |
| 3 讨论 |
| 3.1 α-LA |
| 3.2 β-LG |
| 3.3 αsl-CN |
| 3.3.1 αsl-CN多态性特征 |
| 3.3.2 αsl-CN C′变异体 |
| 3.4 β-CN |
| 3.5 牦牛乳蛋白的遗传变异性与基因分化 |
| 3.5.1 四种乳蛋白的遗传变异性 |
| 3.5.2 青海牦牛乳蛋白的遗传变异性 |
| 3.5.3 青海省两个牦牛类群乳蛋白的遗传距离与基因分化 |
| 4 结论 |
四、青海本地黄牛的遗传变异性及基因分化（论文参考文献）
- [1]柴达木黄牛分子遗传多样性及群体遗传结构研究[D]. 杨秋蕾. 青海大学, 2021(02)
- [2]青海海西州肉牛种质资源现状及产业发展分析[J]. 张桂民,黄永震,扎西卓玛,布仁朝格图,曹修凯,马玉林,许显庆,张贵林,雷初朝,陈宏. 中国牛业科学, 2017(01)
- [3]中国主要牛种肌肉组织基因表达谱特征比较分析[D]. 张莺莺. 西北农林科技大学, 2010(07)
- [4]中国牛亚科家畜4个结构基因的遗传分化研究[D]. 冀德君. 扬州大学, 2008(01)
- [5]中国绵羊主要类群进化关系分析[D]. 郭军. 中国农业科学院, 2007(06)
- [6]延边黄牛细胞遗传与血液蛋白多态性的研究[D]. 李梅. 延边大学, 2005(02)
- [7]青海牦牛乳中αS1-酪蛋白的电泳研究[J]. 卢福山,张才骏,董永森. 畜牧与兽医, 2003(12)
- [8]中国三个牛种遗传多样性和分子系统进化研究[D]. 赖松家. 四川农业大学, 2004(01)
- [9]青海牦牛乳蛋白的多态性和基因分化[J]. 张才骏. 青海大学学报(自然科学版), 2002(05)
- [10]青海东部黄牛血液生化遗传多态性[J]. 张才骏,王勇,卢福山. 青海畜牧兽医杂志, 2002(01)