一、克隆大熊猫是否可行（论文文献综述）
林泽东[1]（2020）在《大熊猫国家公园门户小镇旅游发展研究 ——以平武县虎牙镇为例》文中进行了进一步梳理自进入二十一世纪以来,人类社会发展十分迅速,但与此同时,人类所处的生态环境也在慢慢恶化。于是世界各地的人们开始积极地寻找挽救措施,其中建立国家公园便是一项重要的环保举措。中国的国家公园探索于2017年《建立国家公园体制总体方案》颁布后正式开始,国家公园旅游发展相关问题便是探索的一部分,而与国家公园旅游息息相关的门户小镇研究也同时进入了探索阶段。基于此背景下,本文以我国目前出台的国家公园政策、国外国家公园门户小镇成功案例和大熊猫国家公园实际情况为基础对大熊猫国家公园门户小镇旅游发展问题进行研究。本文运用文献研究法首先对中国国家公园相关政策进行分析总结,再对国外国家公园门户小镇建设成功经验进行总结提出大熊猫国家公园门户小镇可行旅游发展模式;然后运用问卷与访谈调查法以及SPSS等软件对案例地大熊猫国家公园门户小镇虎牙当地居民进行旅游感知调查,得到其旅游发展的诉求;最后运用归纳总结法针对大熊猫国家公园门户小镇虎牙旅游发展现存问题提出发展对策。主要得到以下结论:（1）在实行“最严格保护”政策下的国家公园需要将部分旅游功能转移至外部,而门户小镇便是理想的转移目的地,小镇的建设还能让包括国家公园、当地政府、社区居民等在内的多方主体受益,缓和国家公园主体因实行严格的生态保护而与社区居民产生的矛盾。（2）通过对国外国家公园门户小镇杰克逊、图萨扬和班芙三个进行建设经验总结,认为国家公园门户小镇应当以生态文明建设为核心,同时注重本地居民的在旅游开发中的作用,保证生态保护与生活品质并重,将小镇的各区域功能及建筑风貌规划进行总体把握,同时也要注意在社区居民中构建起共同的生态价值观。（3）通过对虎牙小镇居民进行旅游感知研究,发现目前居民对旅游开发带来地方经济效益增加等方面的感知不明显,不同居民的感知差异大。居民有旅游开发的强烈意愿,而居民的诉求主要包括交通设施的修缮、经营旅游业态的资金保障、经营业态的相关培训、旅游带动就业和文化融入旅游开发五个方面。（4）大熊猫国家公园门户小镇在进行生态旅游建设过程中,需要重点把握五点:着力小镇的生态文明建设;其次是兼顾社区的和谐发展;再者是落实小镇的发展战略制定;然后是大力建设旅游基础设施;最后是探索多元生态旅游方式。
冯娜[2]（2017）在《大熊猫犬瘟热流行病学调查与实验免疫研究》文中提出犬瘟热（Canine distemper,CD）是由犬瘟热病毒（Canine distemper virus,CDV）感染引起的犬和其他肉食动物的一种急性、高度接触性传染病。近年来CDV的宿主范围不断扩大,已由传统的犬科、浣熊科和鼬科扩展到猫科、灵猫科等所有陆地食肉目动物及非人灵长类动物。近年来大熊猫种群的增加和栖息地的不断扩大使得大熊猫感染疾病的风险大大增加,犬瘟热已成为威胁大熊猫种群数量和生命安全的第一大传染病。2014年12月-2015年4月,陕西省珍稀野生动物抢救饲养研究中心暴发圈养大熊猫犬瘟热疫情,共造成5只大熊猫死亡。本研究通过病原分离和抗体检测,首次证明CDV已经具备对大熊猫的跨种感染能力。疫苗免疫是预防CDV感染唯一的有效措施,但因现有弱毒疫苗对大熊猫具有致病性,目前尚无安全性高、稳定而有效的大熊猫用犬瘟热疫苗。本研究结合已有数据,针对大熊猫宿主的珍稀性和敏感性,开展了全病毒灭活疫苗和病毒样颗粒亚单位疫苗的制备与免疫原性评估。鉴于雪貂用CDV重组金丝雀痘病毒活载体疫苗的安全性和有效性已经在2只大熊猫上通过免疫试验得到证实,本研究对商品化犬用金丝雀痘病毒重组犬瘟热活载体疫苗在大熊猫上进行了免疫效果评价。第一章:大熊猫犬瘟热病毒分离鉴定及遗传进化分析。通过对2014年12月-2015年4月陕西省珍稀野生动物抢救饲养研究中心送检大熊猫样品的RT-PCR检测,发现22只大熊猫中共有6只CDV核酸检测阳性,其中5只后期表现全身抽搐的严重神经症状,抢救无效相继死亡。处于同一（龙龙、凤凤）或相邻圈舍（大宝、欣欣）的4只大熊猫相继发病死亡,表明直接接触或飞沫可能是其在大熊猫间相互传播的原因。将死亡大熊猫组织接种Vero/DogSLAM细胞系进行病毒分离培养,经电镜观察、细胞病变及CDV特异性抗体染色以及基因组序列测定等一系列分析确定所分离病毒为CDV,命名为giant panda/SX/2014。H基因遗传进化和氨基酸差异分析结果显示,giant panda/SX/2014仍属于流行的Asia-1型,但H蛋白出现了5个氨基酸突变:V26M、T213A、K281R、S300N和P340Q。此外,还发现决定与宿主SLAM受体结合的关键氨基酸位点549位aa突变为His（H）,而非犬源分离株Tyr（Y）。推测giant panda/SX/2014 H蛋白Y549H替换可能导致CDV获得了跨种传播能力,且毒力增强,从而引发了此次大熊猫CDV的致死性感染。大熊猫“珠珠”CDV核酸检测阳性,但因体内存在CDV中和抗体（效价为1:128）,未表现临床症状,至今仍存活,表明中和抗体可以使大熊猫免受CDV强毒的致死性攻击。提示可通过疫苗免疫接种预防大熊猫犬瘟热。第二章:犬瘟热灭活疫苗制备与免疫原性评估研究。由于CDV弱毒疫苗株可能会引起一些易感野生动物感染与发病,大熊猫也曾有因接种CDV弱毒疫苗发病死亡的报道。为此,本研究进行了犬瘟热灭活疫苗的制备。为保证疫苗免疫原剂量,本研究以荷兰Applikon细胞培养罐和GE公司Cytodexl球型微载体生产CDV,最高滴度可达107.8TCID50/mL。共选择β-丙内酯、甲醛2种灭活剂和3种不同的免疫剂量组合评估了犬瘟热灭活疫苗小鼠的免疫效果,结果显示甲醛灭活疫苗组免疫效果优于β-丙内酯灭活疫苗组,且免疫效果与剂量呈正相关,原液免疫组血清的中和抗体效价明显高于5×稀释组和10×稀释组,10×稀释组也可以诱导小鼠产生持久的中和抗体。为了进一步评价灭活疫苗的免疫原性,分别将其免疫水貂和狐狸,结果显示CDV甲醛灭活疫苗均可以诱导水貂和狐狸产生特异性中和抗体,显示出良好的免疫原性。在整个免疫试验中,未见任何免疫动物表现出犬瘟热的临床症状,结果表明:制备的犬瘟热灭活疫苗安全且具有良好的免疫原性。但其是否可以应用于大熊猫CDV预防,成为安全、有效的疫苗候选者还需进一步证实。第三章:犬瘟热病毒病毒样颗粒构建与实验免疫研究。VLPs是由某种病毒的一个或多个结构蛋白自行装配而成的空心蛋白颗粒,可以诱导体液和细胞免疫,作为疫苗具有独特的优势。M蛋白是副黏病毒VLPs形成和出芽的主要驱动力,H蛋白是机体的主要保护性抗原,为此,本研究克隆giant panda/SX/2014 M和H基因,通过flashBAC杆状病毒表达系统分别拯救表达CDV M和H蛋白的重组杆状病毒,共感染昆虫细胞Sf9,即可自主装配成CDV VLPs并分泌到培养上清。电镜观察CDV VLPs大小约100nm左右,表面有纤突结构,呈典型的副黏病毒特征。Western Blot结果证实所构建CDV VLPs确由M与H蛋白组成。为初步评价CDV VLPs免疫原性,将包含CDV VLPs培养上清与佐剂混合后分别免疫水貂和狐狸,结果显示:CDV VLPs经两次免疫仍不能诱发水貂和狐狸产生可检测VNAs反应,可能需多次免疫或将VLPs纯化才能获得理想的免疫效果。第四章:犬用金丝雀痘病毒重组犬瘟热疫苗大熊猫实验免疫研究。金丝雀痘病毒重组活载体是一种非复制型载体,接种哺乳动物后外源基因可进行转录表达而不能形成感染性子代病毒,是一种安全有效的病毒载体。目前,梅里亚公司已成功研发多种表达CDV弱毒疫苗株F和H基因的重组金丝雀痘病毒活载体疫苗。本研究选择商品化犬用金丝雀痘病毒重组犬瘟热活载体疫苗“Recombitek?CDV”,分别按两种不同的免疫策略对来自某研究中心的23只大熊猫和某研究基地的37只大熊猫进行实验免疫,通过检测免疫动物的血清抗体效价评估该疫苗的免疫效果。结果显示:犬用重组犬瘟热疫苗可以诱导大熊猫产生中和抗体。经过两次疫苗免疫后,某研究中心的23只大熊猫无论有无预存抗体均全部能检测到CDV VNAs,平均值分别为65.1、33.1,范围为8-256;某研究基地的37只大熊猫中有9只可以检测到CDV VNAs,效价范围为8-32。进一步依据抗体阳性率和中和抗体水平高低确定最佳免疫策略为:初次免疫对有初始抗体的大熊猫接种1头份/只,无初始抗体的大熊猫接种2头份/只,3周后加强免疫一次,剂量为1头份/只。
谢跃[3]（2016）在《大熊猫西氏贝蛔虫基因组及发育转录组测序分析研究》文中指出野生动物是我们珍贵的自然资源,保护野生动物是我们的共同责任。大熊猫（diiluropoddamelaaoleucaa）作为我国的国宝和野生动物保护的旗舰物种,是全球公认最濒危的物种之一。西氏贝蛔虫（Bay,lisascarisschroederi）是大熊猫体内最为常见的一种肠道寄生虫,对野生和圈养大熊猫危害严重。遗憾的是,由于基础研究的滞后,目前对于该蛔虫的致病机制、生长发育调控、寄生适应性、遗传与进化、宿主互作及免疫逃避等仍知之甚少。本研究欲通过对西氏贝蛔虫基因组及发育转录组的测序分析研究,从分子水平揭示大熊猫西氏贝蛔虫的相关科学问题,从而为当前大熊猫蛔虫病的防控提供新的研究思路及理论指导,丰富和完善大熊猫保护生物学的内容。借助第二代测序平台,本研究完成了西氏贝蛔虫全基因组草图的绘制及组分的注释,解析了西氏贝蛔虫四个重要发育时期,即虫卵期、虫卵感染期（L2）及肠道幼虫期（L5）和雌性成虫期的基因表达动态谱;通过比较基因组学,系统地分析了西氏贝蛔虫与猪蛔虫、犬弓蛔虫及其它相关线虫的基因组特征,并重构了系统发育树,确认了西氏贝蛔虫及蛔目在整个线虫纲中的进化地位;然后借助西氏贝蛔虫基因组、转录组数据,利用成熟的分泌蛋白预测流程预测了西氏贝蛔虫寄生阶段特有的分泌蛋白组,并从中鉴定得到了大量高表达且可用于疫苗和免疫诊断抗原的分子候选;最后,本研究还首次试验验证了我们在基因组、转录组及分泌组分析中所得候选疫苗分子——无机焦磷酸酶的疫苗潜在性价值。主要结果如下:1、西氏贝蛔虫基因组草图大小约为249Mb（Megabase,Mb）,测序深度为124 ×,Conti gs N50 为 135kb（kilobase,kb）,Scaffolds N50 为 666kb,最长 Scaffold 为 3900kb。整个基因组GC含量为37.7%,真核生物核心基因（core eukaryotic genes,CEG）注释率为95%。2、西氏贝蛔虫基因组重复序列约～7.6MMb),占整个基因组的3.1%,包含串联重复（tandem repeats）、散在分布重复序列（Interspersed repeats）和一些未被注释到的重复序列;整个基因组编码18,360个蛋白基因、552个tRNA、155个microRNA及其它小 RNAs,如小核 RNA（small nuclear RNA,snRNA）、信号识别颗粒 RNA（RNA component of signal-recognition particle,SRP）和核仁小 RN A（Small nucleolar RNAs,snoRNA）等。基因结构分析表明,西氏贝蛔虫无论在外显子还在内含子长度分布上,均与猪蛔虫和犬弓蛔虫的高度一致。基因结构域、基因本体论（Gene ontology,GO）及KEGG通路等注释发现,西氏贝蛔虫的基因集主要代表了一些激酶、磷酸酶、受体、转运体及离子通道等,与报道的猪蛔虫和犬弓蛔虫类似。3、西氏贝蛔虫虫卵期、虫卵感染期（L2）及肠道幼虫期（L5）和雌性成虫期的发育转录组表达动态谱揭示,在18,360个基因中,至少在一个发育时期表达的基因有13,755个,占全部基因数的74.92%;共表达基因有1],186个,占全部表达基因的81.32%;特异表达基因有2,569个,占全部表达基因的18.68%。高表达基因功能注释发现,虫卵期的表达主要涉及一些与细胞分裂、内环境酸碱平衡调节、解毒及抗菌免疫等相关的生物学过程,虫卵L2期的表达主要涉及一些与蛋白质表达调控、核糖体蛋白质合成与转运、动力蛋白合成、细胞信号感知与传导以及能量储备等相关生物学过程,肠道L5期的表达主要涉及一些与脱皮相关的胶原蛋白和皮层蛋白合成及抗菌免疫等生物学过程,雌性成虫期的表达主要涉及一些与生殖及外环境免疫防御等相关的生物学过程。4、比较基因组学揭示,西氏贝蛔虫与猪蛔虫和犬弓蛔虫享有高的基因组基因共线性和类似的家族进化等特征,从基因组层面反应了三个物种较近的亲缘关系。借助单拷贝直系同源基因所构建的系统发育树（ML）以及化石和分子证据所提供的时间点,我们证实西氏贝蛔虫与猪蛔虫亲缘关系最近,与犬弓蛔虫亲缘关系次之;在整个线虫纲内,蛔目（Ascaridida）物种与旋尾目（Spirurida）物种亲缘关系最近,与杆形目物种关系次之,与线粒体基因组分析结果完全一致;在分化时间上,首次揭示西氏贝蛔虫与猪蛔虫的分化时间约为25Myr,蛔目物种与旋尾目物种的分化时间约为236Myr,蛔目和旋尾目与杆形目的分化时间约为363Myr。5、西氏贝蛔虫分泌组包含1,639个分泌/排泄蛋白（execretory/secretory proteins,ESPs）,其中西氏贝蛔虫寄生阶段特异性高表达的ESPs有59个。为方便后续体内和体外试验验证,这些蛋白基因候选被进一步做限制长度,最终得到10个基因长度小于],500bp的西氏贝蛔虫特异的疫苗和诊断候选抗原,主要代表了天蚕素（CecropinP2）、抗菌肽（ASABF-β）、假定蛋白（Hypothetical protein）、运甲状腺素样蛋白（Transthyretin-]ike protein）和几丁质结合围食膜因子A结构域蛋白（Chitin binding Peritrophin-Adomain protein）等,它们是理想的疫苗及免疫诊断抗原分子候选。6、试验鉴定和描述了西氏贝蛔虫分泌组源疫苗候选选分子——无机焦磷酸酶（Bsc-PYP-1）。该分子隶属可溶性无机焦磷酸酶I家族（PPase family l）,其内源形式主要分布于西氏贝蛔虫雌性成虫的体壁、肠上皮、卵巢及子宫等组织和器官;同时,Bsc-PYP-1同系物蛋白也存在于人蛔虫、猪蛔虫及犬弓蛔虫体内。动物保护性试验揭示,原核表达的重组蛋白Bsc-PYP-1（rBsc-PYP-1）经弗氏完全佐剂（FCA）乳化后,皮下接种小鼠,可诱导产生Th2型免疫反应,小鼠保护率高达69.02-71.15%,存活率达80%。试验表明rBsc-PYP-1可以用作大熊猫西氏贝蛔虫病的预防性疫苗候选,并证实我们生物信息学筛选所得分泌组及其疫苗及免疫诊断抗原分子数据真实、可行。
张蒙[4]（2016）在《基于森林环境的大熊猫主食竹种群动力学研究》文中研究指明大熊猫是我国特有的珍稀动物,是世界保护动物的旗舰种。随着研究工作的深入,大熊猫的习性、捕食特点、繁殖和迁徙等活动规律,主食竹的分布、生长,栖息地的结构和生态特征逐渐被人们所掌握。论文根据相关最新研究结果,建立描述大熊猫生态系统的微分动力学模型,针对大熊猫与主食竹构成系统的稳定性、森林环境对大熊猫持续生存的制约、栖息地斑块作用等问题进行理论分析,进而对大熊猫栖息地保护提供依据。结合大熊猫自然保护区的实际情况,用Matlab软件对一些生态系统的动力学模型,进行了数值分析和模拟,将理论分析的结果进行实地检验,进一步证明了开展模型研究的有效性。主要研究内容和结果为:（1）大熊猫与主食竹种群恢复力研究。物种之间的相互作用和影响,决定了生态系统的结构和稳定性。在大熊猫和主食竹二维生态系统中,捕食关系是影响稳定性的主要因素。论文中建立了大熊猫---主食竹的捕食动力系统模型,模型中考虑了种群的密度制约,并用第二类功能反应,描述大熊猫对主食竹的取食行为。通过分析得到,系统受到轻度干扰时,大熊猫、主食竹能够以稳定数量存在;而在重度干扰时,二者数量呈现周期平衡状态;并确定了环境容纳量阈值。对于两种群以确定数量稳定存在的状态,借助于生态系统恢复率,估计大熊猫种群在受到轻度扰动时恢复到平衡状态的能力。分析结果表明,大熊猫和主食竹为确定数量时,系统恢复率随着主食竹环境容纳量,呈现先递增后递减的情况。当大熊猫对主食竹的取食转化率发生变化时,这一规律保持不变,只是阈值的位置受到影响。从而断定主食竹的环境容纳量可以作为生态系统恢复率的一个监测指标,为大熊猫生态系统遭受严重干扰预警。（2）森林环境下大熊猫---主食竹系统的稳定性。栖息地质量是大熊猫种群持续生存的外在条件。为了研究大熊猫---主食竹及其所生活的森林环境,能否进行正常的更新演替,从而持续存在,达到有效保护的目的,论文中将栖息地生态系统的建群种---乔木,作为森林环境的主要指标,建立大熊猫、主食竹和乔木这三个种群相关的模型。建模中根据大熊猫对主食竹的取食特点,将主食竹种群,分为1-2年生的幼竹和2年生以上的成竹:将乔木种群分为幼树和母树两个子种群,并最终建立大熊猫、幼竹、成竹、幼树和母树的五维动力系统,从理论上论述了其持续生存的条件,并将这些条件进行了相应的生态分析。依据模型的理论分析结果,提出了植物生活史阶段性作用原理和分阶段差别性干扰理论。此外,还考虑了保护区放牧对大熊猫---主食竹---乔木三种群所构成的生态系统的影响,得到了三种群持续生存对放牧程度的限制条件,提出了控制放牧影响的有效措施。（3）大熊猫迁徙的动态分析。大熊猫栖息地呈现高度破碎的斑块化状态,这极大地影响着大熊猫种群的交流和持续生存。论文将大熊猫栖息地分成A、B和C类斑块,用Allee效应描述斑块内大熊猫种群增长,建立了带有损失的大熊猫迁徙模型,讨论了斑块连通和斑块间迁徙损失,对大熊猫种群持续生存和栖息地保留的重要作用和影响。将所的理论结果对秦岭地区大熊猫种群进行数值模拟,讨论了当扩散损失降低50%后,大熊猫种群数量的增长情况,说明了在108国道上建立生境廊道,对维持国道东侧的大熊猫局域种群和持续生存的重要意义。综上所述,论文用种群动力学方法研究了森林环境下大熊猫栖息地的保护工作,研究结果有效弥补了大熊猫保护工作中实践经验的不足,为大熊猫----森林----主食竹三位一体的保护理念提供了理论支撑,为保护工作的开展提供了理论指导。
余鸽[5]（2016）在《巴山木竹克隆结构及遗传多样性研究》文中认为巴山木竹是秦岭大熊猫冬春季食物的主要来源,主要分布于秦岭南坡和巴山,其对该区域的生态系统稳定、水土保持及其动物多样性保护起着至关重要的作用。然而,目前对于巴山木竹的研究仅集中在生物学特性、无性系种群生态学、竹林的间伐与复壮更新、营养成分以及开发利用这几个方面,尚未对巴山木竹的克隆结构和遗传结构进行研究。为揭示巴山木竹种群的克隆结构和遗传多样性,本研究对秦岭南坡大熊猫栖息地各自然保护区和巴山的镇巴和万源区域的13个种群5个样地共计1647个DNA样本进行了SSR分析。在试验和数据分析的基础上,分别从巴山木竹和秦岭木竹SSR引物的开发、巴山木竹倍性的判定、巴山木竹SSR数据基因型的判定、不同年龄巴山木竹的克隆结构、开花巴山木竹的克隆结构、交错分布的巴山木竹和秦岭木竹的克隆结构以及13个巴山木竹种群的遗传结构等7个方面进行了系统、深入研究。以期揭示巴山木竹种群建立、发展、衰退、开花不同阶段以及植物相互作用下的克隆数量、大小、空间格局及其遗传变异和该区域种群的遗传结构情况,为以后巴山木竹竹林的复壮更新、抚育实践、人工栽植以及大熊猫保护策略制定等方面提供理论依据。其主要研究结果如下:（1）利用生物信息学方法开发巴山木竹和秦岭木竹微卫星引物,利用Oligo软件设计引物50对,文献引用引物27对,共合成引物77对。经过初筛和复筛,15对引物可产生多态性条带。荧光标记这15个位点,扩增巴山木竹和秦岭木竹DNA模板各43份,毛细管电泳检测显示这15对引物的扩增结果均具有多态性。两个种不同引物扩增出的等位基因数分别为4到20个和5到18个。巴山木竹的15个SSR位点的观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别为0.3100.943、0.3230.905和0.3220.901。秦岭木竹的15个SSR位点的观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别0.6250.971、0.5540.905和0.5370.898。（2）利用秦岭大熊猫栖息地各保护区以及巴山的镇巴和万源13个种群52个样品对上述15对引物再次筛选,决定选用8对多态性较高的引物用于巴山木竹的后续遗传分析。分析秦岭大熊猫栖息地各保护区以及巴山的镇巴和万源13个种群286个样品的SSR数据,各种群每对引物平均等位基因数均大于2,即大于二倍体,各引物扩增出的最大等位基因数为4,最小等位基因数为1,Polysat软件评估13个种群巴山木竹的倍性为四倍体。（3）应用MAC-PR（Microsatellite DNAAllele Counting—Peak Ratios）法来判断巴山木竹少于4个等位基因位点的峰面积比配置,8对引物等位基因峰面积比结果均与四倍体期望等位基因配置相匹配。从而进一步证实了巴山木竹的四倍体特性。通过对8对引物扩增样品数据的分析,认为MAC-PR法是一个比较适合从四倍体巴山木竹SSR数据提取定量信息的方法,可以用于位点等位基因频率的判定,还可以用于无效等位基因的鉴别。（4）分析不同年龄7年生、>30年生和>60年生3个巴山木竹种群的克隆结构发现,随着种群年龄的增长,巴山木竹克隆面积增加,克隆数量减少;其克隆分布格局在7年生和>30年生种群为团块状,而在>60年生种群内呈现出团块状和离散状并存的格局。这说明了巴山木竹在幼苗定居的初期其克隆以短距离的克隆延伸为主,而随着年龄的增长,克隆面积不断扩大,当复轴混生型的巴山木竹克隆受到强大的压迫时,基株可能进行较多的单轴和长距离的克隆延伸,呈现出离散状。Mantel检测和空间自相关分析都支持不同年龄种群在小尺度范围内存在明显的克隆空间遗传结构。克隆多样性指标说明巴山木竹幼苗期基因型比例远远高于成年的竹林,随着年龄的增长巴山木竹克隆多样性虽有所降低,但由于有性繁殖的作用仍然保持了较高的多样性。（5）分析开花巴山木竹种群的克隆结构可知,该样地内有2个无性系同步开花,2个克隆均包含开花团块、混合开花团块和未开花团块,且开花持续的时间至少为4年。该片样地2个克隆在2015年进入集中开花期,整个样地全部开花,同时产生大量的种子。2个克隆最初在不同位置出现开花团块,随着时间的推移上一年的混合开花团块变为全开花团块,部分未开花团块变为全开花团块和混合开花团块,最终全部开花。（6）分析交错分布的巴山木竹和秦岭木竹的克隆结构发现,同一样地内巴山木竹和秦岭木竹的克隆数量和大小均不等,且均呈现出团块状和离散状并存的分布格局。Mantel检测和空间自相关分析都支持两种竹子在小尺度范围内存在明显的克隆空间遗传结构。比较巴山木竹和秦岭木竹的克隆空间遗传结构,巴山木竹的克隆空间延伸力强于秦岭木竹。而两种竹子的克隆大小、数量以及分布格局可能是两种之间的竞争对克隆结构塑造作用的体现。（7）利用8对引物分析秦岭大熊猫栖息地各自然保护区和巴山的镇巴和万源13个种群的遗传结构结果显示,13个巴山木竹种群均表现出较高的遗传多样性。聚类（upgma）、主坐标（PCoA）和贝叶斯聚类（Structure）分析均支持13个种群被分为3组,第1组为秦岭的黄柏源、牛尾河、长青、桑园、盘龙、屋梁山、佛坪、娘娘山和天华山9个种群,第2组为秦岭的平和梁和镇安种群,第3组为巴山的镇巴和万源种群。适中的基因流存在于第1组与第2组和第1组与第3组之间,而第3组与第2组之间仅有较低的基因流,出现了一定程度的分化。这两组之间较低的基因流可能与第3组种群生境严重碎片化有关,再加之汉江的隔离阻碍了两个组种群之间的基因交流。
马晓平[6]（2014）在《大熊猫阴道微生物多样性及部分真菌生物学特性研究》文中研究指明大熊猫繁殖能力极低,种群数量较少,虽然近年来大熊猫人工繁育技术已取得显着成果,但总体还存在大熊猫屡配不孕等繁殖问题。阴道定植着数量巨大、不同种属的微生物,其对机体健康具有重要的作用。细菌性或真菌性阴道病是一种阴道微生物群落紊乱性疾病,可能与众多的不良后果如早产及感染性疾病等有关,尤其疾病的发生发展与菌群组成和丰度有密不可分的联系。大熊猫的繁殖障碍因素很多,本研究拟通过培养和非培养方法研究大熊猫阴道内微生物,掌握其种群和丰度,为研究微生物在大熊猫繁殖障碍中的作用奠定基础。采用454高通量测序及生物信息学分析方法研究21只大熊猫阴道微生物种类及其优势菌种,同时研究了大熊猫阴道内可培养真菌种群及其部分高丰度真菌生物学特性。结果表明:（1）在21只大熊猫阴道样本中共检测到16 S rRNA优化序列224 110条,共分为6 650个OTUs,23个门,618个属,2 147个种,但其中有3个门,136个属,184个种无法鉴定。在各个不同分类水平上确定了优势种类。优势的门分别是:厚壁菌门（54.44%）、变形菌门（39.13%）、拟杆菌门（5.70%）、放线菌门（4.07%）等;优势的属分别是:链球菌属（21.14%）,乳球菌属（13.63%）,假单胞菌属（11.62%）,肠球菌属（6.64%）,罗尔斯通菌属（6.27%）;优势菌种分别是解没食子酸巴氏链球菌亚种（14.28%）和双鱼乳球菌（11.79%）等。（2）乳球菌属（13.63%）和肠球菌属（6.64%）和乳酸杆菌属（0.01%）是大熊猫阴道中主要的产乳酸的微生物,最优势的是乳球菌属,乳酸杆菌属只占0.01%,不是大熊猫阴道内优势菌群。（3）在20只大熊猫阴道样本中共检测到真核生物18 S rRNA优化序列155 480条,共分为1 650个OTUs,2个界,14个门,92个属,34种动物（27种虫）,70种真菌,27种植物。动物类的序列（98.1%）占优势的分别是:多细胞动物96.64%,扁形动物门1.28%,轮形动物门为0.13%;能鉴定到属的真菌共13个属,优势的分别是马拉色菌属（1.26%）、链格孢属（0.53%）、厚壁菌属（0.07%）、假丝酵母属（0.06%）、毕赤酵母属（0.01%）、耐冷酵母（0.01%）及毛孢子菌属（0.01%）;寄生虫分别是Paraschneideria、肾形虫属、簇虫属、隐孢子虫属、鞭毛虫、单鞭毛虫属、内阿米巴属及变形虫等。但是,动物、真菌和植物均有较大部分序列未能分类鉴定,有待进一步研究。（4）通过对10只发情期大熊猫阴道分泌物的真菌培养、形态学和分子生物学鉴定,共鉴定30种不同真菌,包含25种霉菌（83.33%）和5种酵母菌（16.67%）。（5）对大熊猫阴道分离链格孢菌分离株的生物学特性研究表明:链格孢菌分离株培养的最适培养基是玉米琼脂培养基和子囊孢子培养基;其次是马铃薯葡萄糖琼脂培养基、沙氏琼脂培养基和察氏琼脂培养基;最不适宜该分离菌株培养的培养基是改良大米琼脂培养基。该菌在25℃中生长情况最好,在15℃、20℃及30℃中生长情况较差,在35℃环境中几乎不能生长。最适pH为pH6和pH7,在pH8～pH11中生长较差,最差的是pH4和pH5。最适合该菌生长的碳源是淀粉和麦芽糖,其次是葡萄糖、蔗糖和甘油,生长最差的是在乳糖中;在研究该菌生长的氮源中,硝酸钠生长情况最好,其次是草酸铵,在尿素中该菌的生长情况较差,在硫酸铵中几乎不能生长。（6）对大熊猫阴道中分离株链状假丝酵母菌的生物学特性研究表明:链状假丝酵母菌菌体呈椭圆形,在玉米吐温培养基上长出分枝假菌丝和真菌丝,未见厚壁孢子,生长期生长曲线呈非对数,有分段,血清孵化未见芽管。葡萄糖、半乳糖、乙醇同化试验呈阳性,海藻糖、纤维二糖、棉籽糖、肌醇同化呈阴性;麦芽糖、半乳糖发酵试验呈阳性,葡萄糖、乳糖、菊糖、蔗糖发酵试验呈阴性;尿素试验呈阴性;耐放线菌酮试验呈阳性;显色反应呈绿色。本研究较全面掌握了大熊猫阴道内细菌及真核生物的种群、丰度及多样性。通过传统分离培养获得30种真菌,完成部分优势真菌的生物学特性研究。这些研究结果是对前人零星报道大熊猫阴道内可培养微生物种群的大力拓展,填补了大熊猫阴道微生物多样性空白,为提高大熊猫的繁殖率提供基础数据。
侯新东[7]（2014）在《我国华南地区大熊猫系统演化与遗传多样性的古DNA研究》文中研究表明生命的起源与演化问题在自然科学领域一直备受关注,古生物学家、进化生物学家依据发现的动植物化石或亚化石遗体或遗迹,来探寻它们的演化与灭绝的原因。但是,由于化石记录的不完整,建立在比较解剖学和形态分类学基础上的传统化石分析方法在研究中越来越难以解决生物演化方面的问题。通过现代分子生物学技术对古生物遗体或遗迹中古DNA的研究,为揭示古生物演化提供了有力的分子生物学证据,同时在研究对象和研究方法方面也拓宽了传统古生物学研究的领域。大熊猫是我国特有的珍稀濒危物种,地质历史时期中大熊猫在我国分布广泛,更新世中晚期大熊猫的分布达到全盛期,广泛分布于我国长江流域、珠江流域以及华北部分地区,最北界达40°N（周口店第一化石点）,向南则延伸至越南、老挝、缅甸部分地区,向东抵达东南沿海地区,第四纪末次冰期大熊猫的分布范围也开始缩小。目前由于气候的变化和人类活动的影响,大熊猫分布目前仅限于陕西西南的秦岭南麓,四川盆地西北缘的岷山和邛莱山、西缘的大、小相岭及凉山。大熊猫的分类问题一直以来都是人们争论的热点,80年代以前其争论形成三派学说——熊科、浣熊科、大熊猫科（独立一科）。Mivart通过研究大熊猫的颅骨结构、四肢骨、牙齿、足型、肾、毛的触感、内脏以及一些化石,还有对进化有重要意义的第四上前臼齿,凭借大熊猫与浣熊类动物在颅骨结构、牙齿、内脏等方面具有的相似性,尤其是裂齿（P4）的齿冠冠型,他认为大熊猫应该属于浣熊科。1964年Davis发表了《大熊猫形态学与进化机理研究》的专着,他根据大熊猫50个器官系统比较研究的结果,断言“大熊猫每一个形态特征都表明它们仅仅是一种高度特化的熊,故可把它放在熊科,或对它的差异给予足够的承认,也可独立一科”。从这开始对大熊猫的分类地位逐渐形成两派——熊科、大熊猫科。林峰等采用PCR和Southern杂交等方法对大熊猫、小熊猫、马来熊、浣熊等共有的1条113kb的RAPD产物片段进行初步分析,发现马来熊产物则无相应的杂交带,认为这种结果暗示了大熊猫与熊科马来熊的亲缘关系要近于小熊猫和浣熊,主张将大熊猫划为熊科。用线粒体Cyt b、12S rRNA基因全序列和全基因组构建的系统发育树中可看出,大熊猫与熊类均在同一分枝上。对于分子生物学上本认为支持归属为熊科的证据,张亚平等重新解读为大熊猫与熊类在DNA序列上的相似性并不能作为大熊猫应归入熊科的有力证据,而且如果将细胞色素b的部分序列翻译成氨基酸序列,结果显示大熊猫与小熊猫更接近,因此正如黑猩猩与人类DNA序列有98%的相似性却不能归入人科一样,大熊猫也应该单独成为一科。近年来,随着大熊猫祖先化石的不断发现,学者们得出在中新世晚期大熊猫类与熊的祖先就已经出现平行发展,相互间有亲缘关系,但形态特征与熊科物种存在一定的差异,主张将大熊猫单独分为一科即大熊猫科。早期的研究认为,大熊猫的遗传多样性下降得较为明显。潘文石通过分析秦岭大熊猫种群,研究其遗传压力,得出该种群每代将以0.5456%近交率丧失遗传多样性。李杨文等、宿兵等用蛋白质电泳技术,分别对不同地区大熊猫进行血液同工酶及血浆蛋白比较研究,得出大熊猫种群的物种多样性贫乏的结论。张亚平等测定大熊猫线粒体tRNA基因和D环区序列,在21个实验样品中共检测出9种单倍型,分析得出大熊猫的遗传分化程度很低。方盛国等利用DNA指纹技术研究大熊猫种群的遗传多样性,认为5大山系的群体遗传多样性严重贫乏,山系之间存在明显的遗传分化。近期的研究表明,现生大熊猫的遗传多样性仍然保持中等或者更高的水平。Lu等研究岷山、邛崃及秦岭大熊猫种群的线粒体DNA控制区基因序列,从36个大熊猫个体中检测出17种单倍型,这些单倍型与大熊猫的地理分布并没有明显的相关性,通过限制性内切酶和微卫星序列探针进行分析,认为大熊猫的遗传多样性处于中等水平。Zhang等利用线粒体控制区序列和10个微卫星位点,分析了5个山系大熊猫种群的遗传多样性,通过与其他熊类进行比较,得出现存的大熊猫种群有高水平的控制区及微卫星位点多样性,大熊猫并没有处于进化的尽头。Li等通过大熊猫全基因组的测序,发现大熊猫种群仍然存在较高的遗传多态性。Hu等通过研究线粒体控制区序列,探讨了凉山地区大熊猫种群的遗传多样性,得出该地区的大熊猫遗传多样性处于中等水平。本研究采用硅粒-GuSCN法对采集于云南腾冲、广西田东、湖南桑植和云南镇雄的5个大熊猫样品（编号分别为05001,97001,GXPB,HNSZ,14162）中的古DNA进行提取,通过多重PCR方法进行扩增。最终GXPB,HNSZ,14162这3个样品未获得可靠的古DNA序列,采自云南腾冲的97001和05001的两个样品扩增获得了古DNA序列。用分子生物学方法研究了97001和05001样品线粒体中的Cyt b.12s rRNA、16s rRNA、ND1和D-Loop基因,结合GenBank中的同源序列,构建了熊科物种与大熊猫的系统发育树,利用D-loop的序列探讨了大熊猫的遗传多样性。主要得到以下几点结论：1.获得距今8740±45年的97001样品和距今5025±35年的05001样品中的古DNA。97001获得的线粒体DNA序列长度为5025bp,05001获得的DNA序列长度为5142bp。证明了硅粒-GuSCN-蛋白酶K法提取和多重PCR扩增等方法用于华南地区近万年样品古DNA实验是可行的,也说明了在高温潮湿的华南地区保存的近万年的化石样品中能够得到古DNA。2.经14对引物扩增得到Cyt b基因1140bp全序列。两条序列的碱基A、T、G、C平均含量分别为：29.3%,31.3%,14.2%,25.2%,其中A+T的含量为60.7%,G+C的含量为39.3%。通过分析大熊猫、棕熊、北极熊、太阳熊、懒熊、亚洲黑熊、美洲黑熊、眼镜熊、小熊猫和浣熊序列,得出Cytb序列的转换/颠换为4.2,进行饱和度分析后,得出序列的碱基的转换和颠换没有达到饱和。计算了两两序列间的遗传距离,得出大熊猫和熊科物种的遗传距离最小,与小熊猫和浣熊的遗传距离较大。经15对引物扩增得到12s rRNA基因966bp全序列。两个序列碱基的平均含量为：A,35.4%；T,24.6%；G,18.4%；C,21.6%。其中A+T含量为60.0%高于C+G含量40%。分析了大熊猫与现生的7种熊科动物、大熊猫、小熊猫及浣熊的碱基序列差异,转换/颠换为3.6,进行饱和度分析后,得出序列没有达到饱和。计算了两两序列间的遗传距离,得出大熊猫和熊科物种的序列差异和遗传距离最小。经13对引物扩增得到D-Loop基因部分序列（932bp）,其中683bp为连续片段,碱基A、T、G、C平均含量分别为：28.8%,30.2%,15.7%,25.3%,A+T平均含量（59.1%）显着高于G+C的平均含量（40.9%）。分析了序列间的差异,碱基转换/颠换为0.9,饱和度分析显示,得出序列即将达到饱和,计算了两两序列间的遗传距离,结果显示大熊猫和熊科物种的平均遗传距离要小于与小熊猫。经15对引物扩增,97001得到16s rRNA基因部分序列（1064bp）,05001得到16s rRNA基因部分序列（1181bp）,从序列差异和遗传距离结果来看,转换/颠换为3.0,大熊猫与熊科动物的差异较小,遗传距离较近。经10对引物扩增得到ND1基因序列的长为923bp,其中830bp为连续片段,碱基A+T含量（61.5%）明显高于G+C含量（38.5%）。将其与同源序列进行比对分析,显示碱基转换/颠换为4.4,进行饱和度分析后,得出序列没有达到饱和。计算了两两序列间的遗传距离,得出大熊猫和熊科中眼镜熊的遗传距离最小。5个基因得出的序列差异和遗传距离有差别,可能是跟基因的保守程度有关。3.得到的古DNA序列是可靠的。古DNA提取,PCR混合液的配制以及克隆均在独立的实验室进行。在实验过程中,严格按照古DNA的实验要求进行操作,从提取、PCR扩增和分子克隆都设立了相应的对照实验以监控污染情况。对每一个样品的每一对引物基本上都经过了两次以上的扩增、克隆和测序以确定序列的原生性。对所得的序列进行GenBank的Blast搜索,得出序列与现生大熊猫的相似性最高。本研究中古DNA序列进行了多次重复性实验的验证,在本实验室由不同的研究者进行操作,并在澳大利亚阿德莱德大学古DNA研究中心进行了重复性实验,所得到的序列与在中国地质大学（武汉）实验所得的序列是一致的。综上所述,本研究所得的古DNA数据是可靠的。4.基于Cyt b基因全序列、12s rRNA基因全序列、16s rRNA基因部分、ND1部分序列和D-Loop基因部分序列用MEGA软件与同源序列进行比对,同时也选择了Cyt b+12s rRNA、Cyt b+D-loop、Cyt b+12s rRNA+D-Loop、Cyt b+12s rRNA+16s rRNA+ND1和Cytb+12s rRNA+16s rRNA+ND1+D-loop组合序列分别用邻位法（NJ）、最大简约法（MP）和最小进化法（ME）构建系统发育树,其中由Cyt b、16s rRNA、ND1和Cyt b+12s rRNA+16s rRNA+ND1序列构建的系统发育树拓扑结构是完全一致的,只是分支上的自展支持率的数值略有差别。由12s rRNA、D-Loop单序列和组合序列所构建的系统发育树在拓扑结构上不完全一致,但有相同之处,棕熊、北极熊、大熊猫、小熊猫及浣熊所处的位置在所构建的所有系统发育树上都是一样的,只是自展值略有差别。从所有构树的结果来看,D-loop基因序列参与构建的系统树在拓扑结构上与其它序列所构建的系统树有较为明显的差别,因此,本研究认为D-loop序列不适合用来构建系统分析探讨大熊猫的系统演化关系。利用物种的双个体的同源序列构建系统发育树,结果表明,物种单个体用来构建系统发育树是可行的,排除了系统进化树上的物种单个体效应。在系统发育分析中,加入本研究所得的古DNA序列,提高了系统发育树的精度,使得熊科物种、大熊猫、小熊猫和浣熊之间的亲缘关系得到了进一步明确：浣熊最先分离,其次是小熊猫,大熊猫较晚分离,大熊猫和熊科物种有较近的亲缘关系。5.用PAML软件的mcmctree程序基于Cyt b+12s rRNA+16s rRNA+ND1序列的组合数据构建的系统发育树,计算了物种间的分歧时间。小熊猫和大熊猫的分歧时间为17.12Ma,大熊猫和熊科其他物种的分歧时间为12.68Ma。据化石记录得出的大熊猫和熊科物种的分歧时间为12Ma,与本研究算出的分歧时间相近。通过对构建的系统发育树和物种分歧时间进行分析,本研究认为大熊猫很早就与熊科动物中分化出来,进行了独立的进化与演化,支持把大熊猫划为独立的一科即大熊猫科。6.基于所获得的两个古代大熊猫655bp线粒体D-loop序列,与从GenBank获得的40个现生大熊猫的同源序列,用MEGA软件对42个序列进行Clustal W比对后,将数据导入DnaSP5.0进行分析,结果表明,42个序列组成上都不一样,分别属于42个大熊猫单倍型。根据655bp同源序列的碱基变化以及单倍型在不同地区的分布情况,利用Network4610软件构建了42种大熊猫单倍型的简约网络图,通过DNASTAR软件构建了42种大熊猫单倍型的系统发育树。结果表明,大熊猫的单倍型的多样性还是非常丰富的,并且在不同地区存在多种共享基因单倍型,说明在不同地区分布的大熊猫之间存在广泛的基因交流,使这个物种在遗传上始终保持着多样性。在5000年以前云南所分布的大熊猫古老的单倍型已经通过基因交流得以扩散到秦岭,邛崃山,凉山和岷山等地区。利用BEAST1.7.4程序进行Bayesian skyline plot（BSP）评估了过去8700多年来大熊猫的有效群体变化,结果显示,大熊猫的种群数量是在距今5000多年前开始下降的,现在其种群数量趋于稳定,现阶段可以通过加大建造各大熊猫栖息地之间的“绿色走廊”,增加种群之间的互相沟通,提高种群杂合率,来丰富其遗传多样性。
郭玲[8]（2014）在《大熊猫肠道病毒生态学调查及部分病毒的遗传进化与大熊猫源CPV的分离鉴定》文中研究说明大熊猫病毒性传染病作为大熊猫的重要疾病之一,愈来愈受到人们的重视,在病毒性传染病中肠道疾病对大熊猫种群危害较大。由于物种限制,对大熊猫肠道易感病毒性疾病的系统性研究还是空白。本研究选取对大熊猫威胁较大的5种易感肠道病毒,即犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬冠状病毒、轮状病毒和犬腺病毒作为研究对象,建立其分子生物学检测方法,并用该方法调查不同地区、不同饲养方式以及不同年份的大熊猫携带肠道病毒的情况；对调查为阳性的部分病毒变异基因进行克隆测序,使用生物信息学软件进行分析,研究其遗传变异趋势；采用细胞培养法,对部分阳性样本进行病毒分离,得到大熊猫源病毒株。本研究主要包括以下几个方面：1.大熊猫易感肠道病毒分子检测方法建立根据GenBank中收录的大熊猫易感的4种肠道病毒保守基因序列,设计4对特异性引物,建立了大熊猫易感肠道病毒的分子生物学检测方法。运用所建立的方法对病毒疫苗株进行扩增,成功扩增出目标条带,特异性试验表明其特异性好,敏感性试验表明其敏感性较高,重复性和稳定性试验表明检测结果准确可靠。研究结果表明,所建立的方法可用于大熊猫易感肠道病毒的临床诊断和实验研究。2.大熊猫肠道病毒的生态学调查应用所建立的4种检测方法和实验室原已建立好的大熊猫源轮状病毒检测方法对收集于2011年至2013年期间来自于岷山、邛崃、相岭山系的野生大熊猫及四川地区圈养大熊猫的188份大熊猫材料,进行分子流行病学调查。共检出CDV阳性8份,CPV阳性19份,CCV阳性1份,CAV阳性2份,RV阳性13份。调查结果显示,野生大熊猫的肠道疾病种类数量及感染率低于圈养大熊猫；2011和2012年期间大熊猫感染肠道病原种类数量低于2013年；大熊猫肠道病原种类及感染率在5个不同地区的差异较大,本实验的研究数据丰富了大熊猫肠道病毒生态学的内容。3.大熊猫源部分肠道病毒的遗传变异分析分别扩增大熊猫源犬瘟热病毒H基因和细小病毒VP2基因,并进行克隆测序,同时从GenBank下载标准株序列,进行序列比对并构建遗传进化树进行分析,确定其基因型。对CDV H基因潜在天冬酰胺糖基化位点进行预测,结果表明大熊猫源犬瘟热病毒糖基化位点出现变异,属于Asia-1基因型；对大熊猫源细小病毒进行遗传变异分析,结果表明在其VP2基因的第370位氨基酸位点发生变异,属于New-CPV-2a基因型。4.大熊猫源部分肠道病毒的分离鉴定对大熊猫细小病毒检测为阳性的样品进行病毒的分离培养及鉴定,结果显示,该病毒可在MDCK细胞上生长并出现明显的细胞病变。并用CPV检测引物进行验证,测序并提交NCBI上进行比对,其与犬细小病毒相应序列相似性均大于98%,证明该病毒为大熊猫源犬细小病毒。
朱英[9]（2012）在《大熊猫Ⅰ类MHC分子标记系统的建立及其适应性进化研究》文中提出大熊猫是我国特有的国家Ⅰ级重点保护的濒危物种,栖息地的严重片断化已致其现今仅分布于秦岭、岷山、邛崃、大相岭、小相岭和凉山等6个彼此完全隔离的山系。后更新世的气候突变虽导致众多的物种灭绝,但大熊猫却奇迹般存活下来并延续生存繁衍而被誉之为当今的“活化石”物种,且其对环境变化的适应性分子进化机制,也油然成为了学界的关注热点。主要组织相容性复合体（Major Histocompatibility Complex, MHC）是脊椎动物基因组中多态性极高的功能性基因家族之一,所编码的蛋白分子具有呈递抗原并激发免疫反应而使物种世代维持其应对环境变化能力的功能,为迄今开展脊椎动物环境适应性进化研究的主要分子标记。鉴此,本文在通过构建Ⅰ类MHC的BAC克隆重叠群而分离获得全部Ⅰ类MHC基因,并进一步建立这些基因的特异性基因型和单倍型的分型方法而终究搭建了Ⅰ类MHC分子完善的标记系统的前提下,完成了大熊猫野外6个山系的遗传变异、山系分化和适应性进化的多态性维持机制的研究工作。其相关的主要研究结果并附之微卫星（Microsatellites）中性分子标记的佐证检测参数的整合分析结论如下：（1）共筛选获得了16个包含Ⅰ类MHC基因的阳性BAC克隆。据此构建的两个BAC克隆重叠群的长度,分别为380kb和85kb。经GENESCAN预测,两个BAC克隆重叠群中共有6个Ⅰ类MHC基因,分别将其命名为Aime-C、 Aime-F. Aime-I. Aime-K、 Aime-L和Aime-1906.（2）组织表达检测和cDNA的全序列分析表明：Aime-C、 Aime-F、Aime-I和Aime-L均具有广泛的组织表达和正常的外显子结构,为经典的Ⅰ类MHC基因。而Aime-K和Aime-1906则为特异的组织表达,且外显子7的结构异常,为非经典的Ⅰ类MHC基因。（3）建立了Aime-C、 Aime-F、Aime-I和Aime-L4个经典的Ⅰ类MHC基因的外显子2和外显子3的特异性基因型分型,以及外显子2-3的单倍型分型的方法。该方法经已知大熊猫圈养家系的分型验证,表明其准确有效。（4）对随机采自6个山系的218只野生大熊猫的DNA样品进行群体检测与分析后,发现除Aime-F基因为单态之外,其余的Aime-C、 Aime-I和Aime-L基因均为多态,且3个多态基因共含有23条单倍型序列：Aime-C9条、Aime-I7条和Aime-L7条。相对于其它的濒危食肉类动物,大熊猫的Ⅰ类MHC基因具有中度水平的遗传多态性。（5）所获得的1)3个多态性基因抗原结合区的非同义置换率高于同义置换率、2)与相比,所揭示的种群分化程度较中性标记的结果为低,以及3)不同山系种群共享多数等位基因的结果,表明大熊猫的Ⅰ类MHC基因为平衡选择的进化模式。（6）整合Ⅰ类MHC基因与微卫星的检测分析结果,发现秦岭山系的大熊猫与岷山、邛崃、大相岭、小相岭和凉山等其它5个山系的大熊猫之间,已出现了显着的遗传分化（P（MHC）=0.004; P（microsatellite）=0.010）,从而自环境适应性进化的角度,支持了秦岭山系为大熊猫的一个独立亚种的分类学结论。同时,在四川亚种所属的5个山系种群中,岷山山系与邛崃山系进化形成了一个复合的遗传单元——“岷山-邛崃”单元,而大相岭山系、小相岭山系和凉山山系则进化形成了另一复合的遗传单元——“大相岭-小相岭-凉山”单元。鉴此,本文建议将野生大熊猫划分为“秦岭”、“岷山-邛崃”和“大相岭-小相岭-凉山”等3个独立的遗传管理单元予以保护和管理。关键字：大熊猫；Major Histocompatibility Complex;平衡选择；山系分化。
雷燕[10]（2011）在《大熊猫轮状病毒CH-1株基因克隆及分子解析》文中研究说明轮状病毒属于呼肠弧病毒科,轮状病毒属,是引起婴幼儿及幼龄动物病毒性腹泻的主要病原之一。大熊猫感染轮状病毒后,常常导致患病大熊猫食欲废绝、急性呕吐、体温不高、白细胞升高、进一步发展为水样、蛋花样腹泻（夹有大量的粘液和坏死的肠粘膜）、腹部胀气、腹泻迁延为主要特征的传染性、顽固性腹泻病,最终因多器官功能衰竭死亡,给大熊猫的繁殖和健康带来了极大的危害。目前国内外对大熊猫轮状病毒的研究还很少,尚未进行系统地研究,给大熊猫轮状病毒的预防和控制带来了极大的挑战,基于以上考虑,本研究旨在获得病毒基因组,对其重要的蛋白质基因进行生物信息学分析,为病毒蛋白的抗原性和新型大熊猫轮状病毒疫苗的研制奠定基础。主要研究内容包括以下几个方面：1大熊猫轮状病毒CH-1株基因组编码区的克隆根据NCBI中收录的轮状病毒基因组序列设计11对引物,利用RT-PCR技术从经MA-104细胞增殖的大熊猫轮状病毒RNA中分段扩增出相应片段,经TA克隆、筛选及测序鉴定,成功构建了大熊猫轮状病毒11个基因节段的克隆重组质粒。各个序列的GenBank登录号分别为：VP1（HQ641297）、VP2（HQ641294）、VP3（HQ641295）、VP4（HQ641296）、VP6（GU188283）、VP7（GU188284）、NSP1（GU205762）、NSP2（GU188281）、NSP3（GU329525）、NSP4（GU188282）和NSP5（GU329526）。2大熊猫轮状病毒CH-1株重要蛋白质基因的生物信息学分析以大熊猫轮状病毒CH-1株VP4、VP6、VP7和NSP4为分析对象,应用生物信息学方法初步分析基因结构及功能,与不同动物轮状病毒并构建系统进化树。结果显示VP4包含1个2331 bp的开放阅读框（ORF）,编码776个氨基酸。生物信息学分析表明,VP4蛋白基因编码产物分子量为86768.8 u,总平均亲水性为-0.265,最大疏水性为2.244,最小疏水性为-2.911,无信号肽序列；无跨膜区,其抗原决定簇主要位于N-末端和C-末端,结构分析显示其可能包含8个N-糖基化作用位点,系统进化分析显示大熊猫轮状病毒的VP4基因与猪轮状病毒的VP4基因的进化距离最近；VP6包含1个1194 bp的完整开放阅读框,编码397个氨基酸；预测大熊猫轮状病毒VP6理论相对分子质量为44 725.1 u,总平均亲水性为-0.225,疏水性介于-2.733～1.822,无信号肽序列,无跨膜区,其抗原决定簇主要位于N端；结构分析显示其可能包含5个N-糖基化位点,系统进化树分析显示大熊猫轮状病毒VP6基因与猪轮状病毒VP6基因的进化距离最近。VP7包含1个981 bp的完整开放阅读框,编码326个氨基酸；预测其蛋白理论分子量为37354.8 u,总平均亲水性为-0.015,疏水性介于-2.344～3.567,在1～24位氨基酸可能是信号肽序列,有两个跨膜区,抗原表位预测显示VP7蛋白的抗原决定簇分布于整个蛋白；结构预测显示其可能包含2个N-糖基化作用位点,系统进化树分析显示大熊猫轮状病毒VP7基因与人轮状病毒VP7基因的进化距离最近；NSP4包含1个528 bp的完整开放阅读框,编码175个氨基酸;预测大熊猫轮状病毒NSP4理论相对分子质量为20 223.7 u,总平均亲水性为-0.240,疏水性介于-2.400～2.622,无信号肽序列,有1个跨膜区,其抗原决定簇主要位于C端,结构预测显示其可能包含2个N-糖基化作用位点,系统进化树分析显示大熊猫轮状病毒NSP4基因与猪轮状病毒NSP4基因的进化距离最近。
二、克隆大熊猫是否可行（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、克隆大熊猫是否可行（论文提纲范文）
（1）大熊猫国家公园门户小镇旅游发展研究 ——以平武县虎牙镇为例（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 中国国家公园试点建立 |
| 1.1.2 中国大力推进生态文明建设 |
| 1.1.3 国家公园门户小镇建设正式拉开帷幕 |
| 1.2 研究目的及意义 |
| 1.2.1 理论意义 |
| 1.2.2 实际意义 |
| 1.3 研究内容与方法 |
| 1.3.1 研究内容 |
| 1.3.2 研究方法 |
| 1.3.3 总体框架 |
| 1.4 国内外研究综述 |
| 1.4.1 国家公园旅游发展研究进展 |
| 1.4.2 国家公园门户小镇研究进展 |
| 1.4.4 国家公园社区居民旅游感知和态度研究 |
| 2 概念界定及相关理论 |
| 2.1 概念界定 |
| 2.2 相关理论 |
| 2.2.1 旅游地生命周期理论 |
| 2.2.2 社会交换理论 |
| 2.2.3 生态伦理学理论 |
| 2.2.4 旅游可持续发展理论 |
| 3 大熊猫国家公园门户小镇旅游发展探究 |
| 3.1 国家公园与旅游的关系 |
| 3.1.1 国外先例 |
| 3.1.2 “最严格的保护”与旅游开发的讨论 |
| 3.1.3 国家公园大旅游时代的出路——国家公园门户小镇 |
| 3.1.4 国家公园门户小镇与国内其他旅游类小镇的区别 |
| 3.2 国家公园建设与社区发展 |
| 3.2.1 国家公园建设与社区发展之间的关系 |
| 3.2.2 门户小镇发展旅游过程中的利益冲突与矛盾 |
| 3.2.3 寻求合作与发展 |
| 3.3 国外门户小镇建设实例分析 |
| 3.3.1 黄石国家公园——杰克逊小镇(Jackson Hole) |
| 3.3.2 大峡谷国家公园——图萨扬小镇(Tusayan) |
| 3.3.3 班芙国家公园——班芙小镇(Banff Town) |
| 3.4 门户小镇的旅游发展模式——多元化的生态旅游 |
| 3.4.1 大熊猫国家公园简介 |
| 3.4.2 大熊猫国家公园门户小镇旅游发展模式选择 |
| 4 大熊猫国家公园门户小镇虎牙生态旅游发展现状 |
| 4.1 虎牙小镇基本概况及旅游发展现状 |
| 4.1.1 虎牙小镇基本概况 |
| 4.1.2 虎牙小镇旅游资源分析 |
| 4.1.3 虎牙小镇旅游发展现状 |
| 4.1.4 虎牙小镇上位规划分析 |
| 4.2 虎牙小镇社区居民旅游感知研究 |
| 4.2.1 问卷设计与调查实施 |
| 4.2.2 描述性统计分析 |
| 4.2.3 信度效度检验 |
| 4.2.4 居民感知差异分析 |
| 4.2.5 虎牙小镇居民旅游感知研究总结 |
| 4.3 虎牙小镇旅游发展存在的问题 |
| 4.3.1 资金与人力问题 |
| 4.3.2 旅游开发简单粗放、营销意识淡薄 |
| 4.3.3 旅游基础设施建设不足 |
| 4.3.4 缺乏专业人才与专业培训 |
| 5 大熊猫国家公园门户小镇虎牙具体旅游发展途径 |
| 5.1 虎牙小镇生态旅游发展定位与开发原则 |
| 5.2 虎牙小镇生态旅游发展对策 |
| 5.2.1 着力小镇生态文明建设 |
| 5.2.2 落实小镇发展战略制定 |
| 5.2.3 兼顾社区的和谐发展 |
| 5.2.4 大力建设旅游基础设施 |
| 5.2.5 探索多元化生态旅游方式 |
| 6 研究结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 不足与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（2）大熊猫犬瘟热流行病学调查与实验免疫研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 犬瘟热病原特征及流行病学概况 |
| 1.1 犬瘟热病原特征 |
| 1.2 犬瘟热流行病学概况 |
| 第二章 犬瘟热疫苗研究现状 |
| 2.1 灭活疫苗 |
| 2.2 弱毒活疫苗 |
| 2.3 DNA疫苗 |
| 2.4 基因工程亚单位疫苗 |
| 2.5 重组活载体疫苗 |
| 2.6 小结 |
| 第三章 病毒样颗粒研究进展 |
| 3.1 病毒样颗粒的分类 |
| 3.2 病毒样颗粒的表达系统 |
| 3.3 副黏病毒科病毒样颗粒研究进展 |
| 第二篇 研究内容 |
| 第一章 大熊猫犬瘟热病毒分离鉴定及遗传进化分析 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.3 结果 |
| 1.4 讨论 |
| 1.5 小结 |
| 第二章 犬瘟热灭活疫苗制备与免疫原性评估研究 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 犬瘟热病毒病毒样颗粒构建与实验免疫研究 |
| 3.1 材料 |
| 3.2 方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 犬用金丝雀痘病毒重组犬瘟热疫苗大熊猫实验免疫研究 |
| 4.1 材料 |
| 4.2 方法 |
| 4.3 结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 英文缩略词表 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（3）大熊猫西氏贝蛔虫基因组及发育转录组测序分析研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 主要缩略词 |
| 引言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 大熊猫西氏贝蛔虫病概述 |
| 1.1 西氏贝蛔虫生物学 |
| 1.1.1 分类与形态 |
| 1.1.2 生活史 |
| 1.1.4 致病与临床症状 |
| 1.1.5 诊治及存在的问题 |
| 1.2 西氏贝蛔虫分子生物学 |
| 1.2.1 疫苗分子研究 |
| 1.2.2 遗传进化研究 |
| 1.2.2.1 西氏贝蛔虫与同属其它蛔虫的系统进化关系 |
| 1.2.2.2 西氏贝蛔虫种群遗传关系 |
| 1.3 问题与展望 |
| 第二章 寄生虫基因组研究进展 |
| 2.1 寄生虫基因组组成及特点 |
| 2.2 寄生虫基因组测序现状 |
| 2.3 寄生虫基因组测序技术及分析方法 |
| 2.3.1 测序技术 |
| 2.3.2 序列分析 |
| 2.4 寄生性线虫基因组研究进展 |
| 2.4.1 植物寄生性线虫基因组学研究 |
| 2.4.2 动物寄生性线虫基因组学研究 |
| 2.4.3 寄生性线虫基因组研究价值 |
| 2.5 西氏贝蛔虫(四川株)基因组及发育转录组测序 |
| 2.6 本研究目的和意义 |
| 第二篇 试验研究 |
| 第三章 西氏贝蛔虫基因组测序、拼接、注释及特征分析 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 试剂 |
| 3.1.2 虫体 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 文库制备与测序 |
| 3.2.2 数据质量评估与过滤 |
| 3.2.3 基因组拼接与质量评估 |
| 3.2.4 基因组注释 |
| 3.2.4.1 重复序列注释 |
| 3.2.4.2 RNA注释 |
| 3.2.4.3 编码蛋白基因注释 |
| 3.2.4.4 基因功能及通路注释 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 虫株鉴定 |
| 3.3.2 测序与数据质量评估 |
| 3.3.3 拼接与拼接质量评估 |
| 3.3.4 重复序列注释 |
| 3.3.5 非编码RNA注释 |
| 3.3.6 基因结构注释与特征分析 |
| 3.3.7 基因功能及通路注释 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 西氏贝蛔虫发育转录组分析 |
| 4.1 材料 |
| 4.1.1 试剂 |
| 4.1.2 寄生虫样品 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 转录组测序 |
| 4.2.2 原始数据处理 |
| 4.2.3 饱和度分析 |
| 4.2.4 序列组装 |
| 4.2.5 基因表达量分析 |
| 4.2.6 差异表达分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 总RNA提取 |
| 4.3.2 RNA-Seq原始数据质量评估与过滤 |
| 4.3.3 饱和度分析 |
| 4.3.4 转录组de novo组装 |
| 4.3.5 有参基因组组装 |
| 4.3.6 基因表达量计算 |
| 4.3.7 差异表达基因及功能注释 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 西氏贝蛔虫比较基因组学分析 |
| 5.1 方法 |
| 5.1.1 基因组大小 |
| 5.1.2 基因组GC含量比较 |
| 5.1.3 共线性分析 |
| 5.1.4 同源基因比较分析 |
| 5.1.5 蛋白家族聚类与比较 |
| 5.1.6 线虫系统发育及分化时间 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 基因组大小评估 |
| 5.2.2 基因组GC含量比较分析 |
| 5.2.3 共线性分析 |
| 5.2.4 同源基因比较分析 |
| 5.2.5 基因家族比较 |
| 5.2.6 线虫系统发育及分化时间 |
| 5.3 讨论 |
| 第六章 西氏贝蛔虫分泌组及潜在疫苗和诊断抗原分子鉴定分析 |
| 6.1 方法 |
| 6.1.1 ESPs的预测与注释 |
| 6.1.2 潜在疫苗和诊断抗原分子筛选鉴定 |
| 6.2 结果 |
| 6.2.1 西氏贝蛔虫分泌组蛋白 |
| 6.2.2 分泌组蛋白的功能注释 |
| 6.2.3 分泌组蛋白的GO聚类和富集分析 |
| 6.2.4 分泌组蛋白的KAAS富集分析 |
| 6.2.5 潜在疫苗和诊断抗原分子鉴定 |
| 6.3 讨论 |
| 第七章 西氏贝蛔虫无机焦磷酸酶(PPase)疫苗潜在性鉴定分析 |
| 7.1 材料 |
| 7.1.1 寄生虫 |
| 7.1.2 实验动物 |
| 7.1.3 试剂 |
| 7.1.4 引物合成与测序 |
| 7.1.5 菌株和质粒 |
| 7.1.6 常用缓冲溶液和培养基的配制 |
| 7.1.7 仪器设备 |
| 7.1.8 生物信息数据库及分析软件 |
| 7.2 方法 |
| 7.2.1 RNA提取及Bsc-PYP-1基因扩增 |
| 7.2.2 DNA序列分析 |
| 7.2.3 重组蛋白rBsc-PYP-1的表达与纯化 |
| 7.2.4 免疫血清的制备 |
| 7.2.5 免疫印迹 |
| 7.2.6 内源性Bsc-PYP-1在雌性成虫虫体中的免疫定位 |
| 7.2.7 免疫保护性试验 |
| 7.2.8 ELISA检测抗体 |
| 7.2.9 脾细胞的培养与细胞因子的测定 |
| 7.2.10 数据分析 |
| 7.2.11 序列登陆 |
| 7.3 结果 |
| 7.3.1 Bsc-PYP-1基因的克隆与鉴定 |
| 7.3.2 重组rBsc-PYP-1蛋白的表达、纯化与生化特征分析 |
| 7.3.3 西氏贝蛔虫内源性Bsc-PYP-1抗原及其同系物的鉴定 |
| 7.3.4 西氏贝蛔虫内源性Bsc-PYP-1在雌性成体中的定位 |
| 7.3.5 rBsc-PYP-1与不同动物免疫血清的反应原性 |
| 7.3.6 西氏贝蛔虫rBsc-PYP-1抗的疫苗免疫保护效果 |
| 7.3.7 体液免疫 |
| 7.3.8 细胞免疫 |
| 7.4 讨论 |
| 第八章 全文总结 |
| 8.1 总体结论 |
| 8.2 创新之处 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 作者简历 |
| 攻读博士期间发表的学术论文 |
（4）基于森林环境的大熊猫主食竹种群动力学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1. 绪论 |
| 1.1. 大熊猫种群及其研究进展 |
| 1.1.1. 大熊猫种群现状 |
| 1.1.2. 大熊猫种群生态学研究进展 |
| 1.1.3. 大熊猫主食竹的植物学研究进展 |
| 1.1.4. 大熊猫---主食竹及森林环境的相互影响 |
| 1.2. 数学生态学 |
| 1.2.1. 数学生态学的研究进展 |
| 1.2.2. 数学生态学的研究方法 |
| 1.3. 大熊猫---主食竹的数学模型及其动力学分析 |
| 1.4. 选题依据与研究内容 |
| 1.4.1. 选题依据 |
| 1.4.2. 科学问题 |
| 1.4.3. 研究内容 |
| 2. 研究方法和技术路线 |
| 2.1. 研究方法 |
| 2.1.1. 建立模型的基本思想 |
| 2.1.2. 模型分析的相关理论和方法 |
| 2.2. 技术路线 |
| 3. 大熊猫—主食竹二维系统恢复力研究 |
| 3.1. 引言 |
| 3.2. 研究方法 |
| 3.3. 研究结果 |
| 3.3.1. 大熊猫与主食竹二维系统模型的建立 |
| 3.3.2. 大熊猫---主食竹二维系统恢复率及其最值 |
| 3.3.3. 单一种群生存情况 |
| 3.3.4. 大熊猫---主食竹二维动力系统解的存在唯一性 |
| 3.3.5. 大熊猫---主食竹二维动力系统解的全局结构 |
| 3.3.5.1. 大熊猫---主食竹种群的无干扰生存状态 |
| 3.3.5.2. 大熊猫---主食竹种群所受环境干扰程度的划分阈值 |
| 3.3.5.3. 大熊猫---主食竹种群在轻度干扰下的生存状态 |
| 3.3.5.4. 大熊猫---主食竹种群在严重干扰下的生存状态 |
| 3.3.6. 大熊猫---主食竹二维动力系统恢复率研究 |
| 3.4. 数值模拟 |
| 3.5. 小结 |
| 4. 森林环境下大熊猫---主食竹系统的稳定性 |
| 4.1. 引言 |
| 4.2. 研究方法 |
| 4.3. 研究结果 |
| 4.3.1. 依据生态功能划分子种群 |
| 4.3.2. 大熊猫---幼竹---成竹---幼树---母树动力系统模型 |
| 4.3.3. 大熊猫---幼竹---成竹---幼树---母树动力系统的合理性 |
| 4.3.4. 大熊猫---幼竹---成竹---幼树---母树动力系统的持续性 |
| 4.3.5. 生活史动态生态意义的讨论 |
| 4.3.6. 分阶段差别性干扰理论 |
| 4.3.7. 保护区内放牧对大熊猫保护的影响 |
| 4.4. 小结 |
| 5. 斑块条件下大熊猫集合种群动态分析 |
| 5.1. 引言 |
| 5.2. 研究方法 |
| 5.3. 研究结果 |
| 5.3.1. 斑块类型的划分及大熊猫种群的增长模式 |
| 5.3.2. 斑块扩散模型的建立 |
| 5.3.3. 大熊猫在斑块间扩散模型的合理性 |
| 5.3.4. 大熊猫斑块持续生存阈值 |
| 5.3.5. 大熊猫种群灭绝阈值 |
| 5.3.6. 大熊猫扩散损耗系统的周期稳定性 |
| 5.3.7. 大熊猫扩散损耗系统数值模拟及其生态意义 |
| 5.4. 小结 |
| 6. 结论与展望 |
| 6.1. 结论 |
| 6.2. 研究展望 |
| 6.3. 创新点 |
| 附录 |
| 参考文献 |
| 个人简介 |
| 导师简介 |
| 获得成果目录 |
| 致谢 |
（5）巴山木竹克隆结构及遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 克隆植物研究现状 |
| 1.1.1 克隆植物的普遍性和重要性 |
| 1.1.2 克隆植物特征研究 |
| 1.1.3 克隆植物种群生态学研究 |
| 1.2 无性系植物种群的克隆结构 |
| 1.2.1 克隆结构的研究内容 |
| 1.2.2 克隆结构的研究方法 |
| 1.2.3 克隆结构的取样策略 |
| 1.2.4 影响克隆结构的因素 |
| 1.3 竹类克隆结构及遗传多样性研究 |
| 1.4 巴山木竹研究现状 |
| 1.4.1 巴山木竹生物学习性 |
| 1.4.2 巴山木竹无性系种群生态学 |
| 1.4.3 间伐对竹林质量的改善 |
| 1.4.4 巴山木竹营养成分研究及开发利用 |
| 1.5 研究目的及意义 |
| 1.6 研究内容 |
| 1.7 技术路线 |
| 第二章 研究区概况及其研究方法 |
| 2.1 研究区概况 |
| 2.1.1 秦岭大熊猫栖息地自然概况 |
| 2.1.2 镇巴巴山木竹竹林自然概况 |
| 2.1.3 万源巴山木竹竹林自然概况 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 样地设置与采样方法 |
| 2.2.2 DNA提取 |
| 2.2.3 DNA质量检测 |
| 2.2.4 巴山木竹SSR引物设计及其扩增体系的建立 |
| 2.2.5 巴山木竹倍性的判定及其等位基因频率的判定 |
| 2.2.6 数据处理及分析 |
| 第三章 巴山木竹和秦岭木竹的SSR引物开发 及其扩增体系的建立 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 研究材料 |
| 3.2.2 研究方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 DNA质量检测 |
| 3.3.2 引物初步筛选结果 |
| 3.3.3 引物复筛结果 |
| 3.3.4 微卫星位点特征分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 结论 |
| 第四章 巴山木竹倍性的判断 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 研究材料 |
| 4.2.2 研究方法 |
| 4.3 结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 结论 |
| 第五章 巴山木竹基因型的判定 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 研究材料 |
| 5.2.2 研究方法 |
| 5.3 结果 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 结论 |
| 第六章 不同年龄巴山木竹种群的克隆结构 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 样地设置与采样方法 |
| 6.2.2 研究方法 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 巴山木竹的克隆结构 |
| 6.3.2 巴山木竹克隆多样性分析 |
| 6.4 讨论 |
| 6.4.1 不同年龄巴山木竹的克隆结构 |
| 6.4.2 不同年龄巴山木竹的空间遗传结构 |
| 6.4.3 不同年龄巴山木竹克隆多样性的比较及其原因分析 |
| 6.5 结论 |
| 第七章 开花巴山木竹克隆结构分析 |
| 7.1 引言 |
| 7.2 材料与方法 |
| 7.2.1 样地设置与采样方法 |
| 7.2.2 研究方法 |
| 7.3 结果 |
| 7.4 讨论 |
| 7.5 结论 |
| 第八章 交错分布的巴山木竹和秦岭木竹的克隆结构 |
| 8.1 引言 |
| 8.2 材料与方法 |
| 8.2.1 样地设置与采样方法 |
| 8.2.2 DNA的提取和质量检测 |
| 8.2.3 PCR扩增和毛细管电泳 |
| 8.2.4 克隆的鉴别 |
| 8.2.5 数据分析 |
| 8.3 结果 |
| 8.3.1 克隆数量、大小和分布格局 |
| 8.3.2 克隆多样性分析 |
| 8.3.3 巴山木竹和秦岭木竹的空间自相关分析 |
| 8.3.4 聚类和基因变化分析 |
| 8.4 讨论 |
| 8.4.1 巴山木竹和秦岭木竹克隆的划分 |
| 8.4.2 巴山木竹和秦岭木竹的比较 |
| 8.4.3 两种竹子的克隆结构 |
| 8.5 讨论 |
| 第九章 秦岭大熊猫栖息地巴山木竹遗传结构及其多样性研究 |
| 9.1 引言 |
| 9.2 材料与方法 |
| 9.2.1 样地设置与采样方法 |
| 9.2.2 研究方法 |
| 9.3 结果 |
| 9.3.1 SSR多态性和种群基因多样性 |
| 9.3.2 种群基因结构 |
| 9.3.3 种群的基因分化 |
| 9.4 讨论 |
| 9.4.1 秦岭大熊猫栖息地巴山木竹的基因多样性 |
| 9.4.2 秦岭大熊猫栖息地巴山木竹的基因结构 |
| 9.5 结论 |
| 第十章 结论与创新 |
| 10.1 结论 |
| 10.1.1 巴山木竹SSR引物的开发 |
| 10.1.2 巴山木竹倍性的判定 |
| 10.1.3 巴山木竹基因型的判定 |
| 10.1.4 不同年龄巴山木竹的克隆结构 |
| 10.1.5 开花巴山木竹克隆结构研究 |
| 10.1.6 交错分布的巴山木竹和秦岭木竹的克隆结构分析 |
| 10.1.7 秦岭大熊猫栖息地巴山木竹遗传结构研究 |
| 10.2 创新 |
| 10.3 存在的不足 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（6）大熊猫阴道微生物多样性及部分真菌生物学特性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 上篇 文献综述 |
| 第一章 分子生态学技术在生殖道微生物群落结构领域的研究进展 |
| 1 DNA指纹图谱技术在生殖道微生物研究中的进展 |
| 1.1 T-RFLP技术在生殖道微生物研究中的进展 |
| 1.2 DGGE/TGGE在生殖道微生物中的进展 |
| 1.3 RAPD在生殖道微生物研究中的进展 |
| 1.4 AFLP在生殖道微生物中的进展 |
| 1.5 SSCP在生殖道微生物研究中的进展 |
| 2 核酸探针技术在生殖道微生物研究中的进展 |
| 2.1 荧光原位杂交技术在生殖道微生物研究中的进展 |
| 2.2 基因芯片技术在生殖道微生物研究中的进展 |
| 3 基于PCR的技术在生殖道微生物研究中的进展 |
| 3.1 实时荧光定量PCR技术在生殖道微生物研究中的进展 |
| 第二章 组学时代泌尿生殖道微生物研究进展 |
| 1 宏基因组学的产生背景 |
| 2 宏基因组中的泌尿生殖道微生物研究进展 |
| 2.1 女性阴道微生物群落组成及多样性分析 |
| 2.2 女性尿液微生物群落组成及多样性分析 |
| 2.3 男性泌尿生殖道微生物群落组成及多样性分析 |
| 2.4 动物阴道微生物群落组成及多样性分析 |
| 2.5 宏基因组在检测阴道微生物分型中的应用 |
| 3 宏转录组研究阴道微生物群落功能 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 下篇 试验研究 |
| 第三章 454高通量测序研究大熊猫阴道细菌多样性 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 主要仪器 |
| 1.1.2 主要试剂 |
| 1.1.3 大熊猫阴道样本的来源 |
| 1.1.4 大熊猫阴道样本的采集 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 基因组DNA抽提及鉴定 |
| 1.2.2 454焦磷酸测序 |
| 1.2.3 生物信息学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 样品采集结果 |
| 2.2 PCR预试验电泳检测 |
| 2.3 标准曲线 |
| 2.4 定量 |
| 2.5 统计分析结果 |
| 2.5.1 焦磷酸测序结果 |
| 2.5.2 OTU聚类分析 |
| 2.5.3 多样性分析(Alpha-diversity)结果 |
| 2.5.4 稀释性曲线(Rarefaction cuve)分析结果 |
| 2.5.5 Shannon-Wiener曲线分析结果 |
| 2.5.6 分类学分析(Taxonomy) |
| 2.5.7 群落结构分析(CommunityStructure) |
| 2.5.8 Heatmap |
| 2.5.9 PCA分析(Principal Component Analysis)结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 生物信息学分析讨论 |
| 3.2 产乳酸的微生物分析 |
| 3.3 产乳酸的微生物在生殖道中的作用 |
| 3.4 微生物引起大熊猫繁殖困难的可能原因分析 |
| 3.5 研究方法分析 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第四章 454高通量测序研究大熊猫阴道真核生物多样性 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 主要仪器 |
| 1.1.2 材料 |
| 1.1.3 大熊猫阴道样本的来源 |
| 1.1.4 大熊猫阴道样本的采集 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 基因组DNA抽提及鉴定 |
| 1.2.2 454焦磷酸测序 |
| 1.2.3 PCR正式试验 |
| 1.2.4 荧光定量 |
| 1.2.5 生物信息学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 样品采集结果 |
| 2.2 PCR扩增结果 |
| 2.2.1 预试验9个样本DNA提取结果 |
| 2.2.2 重复试验12个样本DNA提取结果 |
| 2.3 标准曲线 |
| 2.4 定量 |
| 2.5 统计分析结果 |
| 2.5.1 焦磷酸测序结果 |
| 2.5.2 OTU聚类分析 |
| 2.5.3 多样性分析(Alpha-diversity)结果 |
| 2.5.4 稀释性曲线(Rarefaction curve)分析结果 |
| 2.4.5 shannon-Wiener曲线分析结果 |
| 2.5.6 分类学分析(Taxonomy) |
| 2.5.7 群落结构分析(Community Structure) |
| 2.5.8 Heatmap |
| 2.5.9 PCA分析(Principal Component Analysis)结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 生物信息分析结果 |
| 3.2 在各个水平上的分类 |
| 3.2.1 在门水平上的分类 |
| 3.2.2 在属水平上的分类 |
| 3.2.3 在种水平上的分类 |
| 3.3 大熊猫繁殖障碍相关微生物种群与致病性分析 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第五章 大熊猫阴道真菌的分离与鉴定 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 主要仪器 |
| 1.1.2 主要试剂 |
| 1.1.3 主要培养基 |
| 1.1.4 部分溶液的配制 |
| 1.1.5 PCR引物 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 采样 |
| 1.2.2 真菌的分离培养 |
| 1.2.3 真菌的形态学鉴定 |
| 1.2.4 真菌rDNA序列分析 |
| 1.2.5 测序鉴定 |
| 2 结果 |
| 2.1 霉菌的形态学特征 |
| 2.2 类酵母样真菌的形态学特征 |
| 2.3 酵母样真菌的形态学特征 |
| 2.4 电泳结果 |
| 2.5 真菌鉴定结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 大熊猫阴道可培养真菌种类组成分析 |
| 3.2 真菌鉴定方法对研究结果的影响 |
| 3.3 大熊猫阴道真菌种群及对繁殖的影响 |
| 3.4 大熊猫阴道样本中最常见真菌种群 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第六章 大熊猫阴道链格孢菌的生物学特性研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验菌株 |
| 1.2 主要仪器 |
| 1.3 培养基 |
| 1.4 生态因子对链格孢菌菌落生长的影响 |
| 1.4.1 不同培养基对链格孢菌生长的影响 |
| 1.4.2 不同温度对链格孢菌生长的影响 |
| 1.4.3 不同pH对链格孢菌生长的影响 |
| 1.4.4 不同碳源对链格孢菌生长的影响 |
| 1.4.5 不同氮源对链格孢菌生长的影响 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 生态因子对链格孢菌菌落生长的影响 |
| 2.1.1 不同培养基对链格孢菌生长的影响 |
| 2.1.2 不同温度对链格孢菌生长的影响 |
| 2.1.3 不同pH对链格孢菌生长的影响 |
| 2.1.4 不同碳源对链格孢菌生长的影响 |
| 2.1.5 不同氮源对链格孢菌生长的影响 |
| 3 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第七章 大熊猫阴道链状假丝酵母菌的生物学特性 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验菌种 |
| 1.2 材料及器材 |
| 1.2.1 试验材料 |
| 1.2.2 器材 |
| 1.2.3 培养基 |
| 1.3 试验方法 |
| 1.3.1 菌种活化 |
| 1.3.2 菌落观察 |
| 1.3.3 菌体菌丝观察 |
| 1.3.4 生长曲线 |
| 1.3.5 芽管试验 |
| 1.3.6 链状假丝酵母菌的生化特性 |
| 2 试验结果 |
| 2.1 菌落形态 |
| 2.1.1 SDA培养基上的菌落形态 |
| 2.1.2 玉米培养基上的菌落形态 |
| 2.2 菌体 |
| 2.2.1 菌体形态 |
| 2.2.2 菌体大小 |
| 2.3 菌丝 |
| 2.3.1 假菌丝形态 |
| 2.3.2 真菌丝形态 |
| 2.3.3 链状假丝酵母菌假菌丝与真菌丝的特点 |
| 2.4 孢子 |
| 2.5 生长 |
| 2.5 芽管试验 |
| 2.6 链状假丝酵母菌的生化特性 |
| 2.6.1 碳源同化试验 |
| 2.6.2 糖酵解试验 |
| 2.6.3 尿素试验 |
| 2.6.4 耐放线菌酮试验 |
| 2.6.5 显色试验 |
| 3 讨论 |
| 3.1 菌体形态大小差异 |
| 3.2 假菌丝分枝点 |
| 3.3 菌体菌丝关系 |
| 3.4 生长过程 |
| 3.5 生化试验 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 创新之处 |
| 攻读博士期间发表论文、成果、科研项目及参加学术会议 |
| 致谢 |
（7）我国华南地区大熊猫系统演化与遗传多样性的古DNA研究（论文提纲范文）
| 作者简介 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| §1.1 论文的选题的意义及目的 |
| §1.2 古DNA的研究进展与应用 |
| 1.2.1 古DNA的研究进展 |
| 1.2.2 古DNA的应用 |
| §1.3 古DNA研究中存在的问题 |
| 1.3.1 古DNA的保存与降解 |
| 1.3.2 污染的控制 |
| 1.3.3 古DNA实验结果的可靠性 |
| 1.3.4 核基因的拷贝与插入 |
| 第二章 大熊猫的分类与演化 |
| §2.1 大熊猫形态特征与生活环境概况 |
| §2.2 大熊猫种和亚种的划分 |
| 2.2.1 大熊猫种与亚种的简介 |
| 2.2.2 大熊猫种、亚种的主要鉴别特征 |
| §2.3 大熊猫地史分布及演化 |
| 2.3.1 大熊猫的地史分布 |
| 2.3.2 大熊猫的演化 |
| §2.4 大熊猫的系统分类 |
| §2.5 大熊猫研究中存在的问题 |
| 第三章 古DNA研究原理与方法 |
| §3.1 线粒体基因组结构与特点 |
| §3.2 古DNA实验原理与方法 |
| 3.2.1 古DNA的提取 |
| 3.2.2 PCR 扩增 |
| 3.2.3 分子克隆 |
| 3.2.4 序列测定 |
| 3.2.5 系统发育分析 |
| 第四章 大熊猫古DNA实验 |
| §4.1 实验仪器及试剂 |
| 4.1.1 主要仪器 |
| 4.1.2 常用试剂 |
| §4.2 实验样品 |
| §4.3 实验步骤 |
| 4.3.1 古DNA提取 |
| 4.3.2 PCR扩增 |
| 4.3.3 PCR产物的电泳检测 |
| 4.3.4 PCR产物纯化 |
| 4.3.5 分子克隆 |
| 4.3.6 序列测定 |
| 4.3.7 重复性实验 |
| §4.4 实验结果 |
| 4.4.1 国内PCR实验电泳检测结果 |
| 4.4.2 克隆实验电泳检测结果 |
| 4.4.3 重复性实验电泳检测结果 |
| 4.4.4 重复性实验获得序列的比对结果 |
| 4.4.5 获得序列长度统计结果 |
| 第五章 序列分析 |
| §5.1 序列相似性查询 |
| §5.2 序列比对分析 |
| §5.3 12s rRNA基因全序列比对分析 |
| §5.4 Cytb基因全序列比对分析 |
| 5.4.1 序列核苷酸组成 |
| 5.4.2 核苷酸序列比对 |
| 5.4.3 遗传距离 |
| 5.4.4 饱和度分析 |
| §5.5 ND1基因部分序列比对分析 |
| 5.5.1 序列核苷酸组成 |
| 5.5.2 核苷酸序列比对 |
| 5.5.3 遗传距离 |
| 5.5.4 饱和度分析 |
| §5.6 D-loop部分序列比对分析 |
| 5.6.1 序列核苷酸组成 |
| 5.6.2 核苷酸序列比对 |
| 5.6.3 核苷酸遗传距离 |
| 5.6.4 饱和度分析 |
| §5.7 16s rRNA部分序列比对分析 |
| 5.7.1 序列核苷酸组成 |
| 5.7.2 核苷酸序列比对 |
| 5.7.3 核苷酸遗传距离 |
| 5.7.4 饱和度分析 |
| 第六章 系统发育分析 |
| §6.1 构建系统发育树 |
| 6.1.1 物种单个体数据构建系统发育树 |
| 6.1.2 物种双个体数据构建系统进化树 |
| 6.1.3 系统发育分析 |
| 6.1.4 分歧时间 |
| 6.1.5 大熊猫分类地位 |
| 6.1.6 遗传多样性分析 |
| §6.2 讨论 |
| 6.2.1 样品的保存情况 |
| 6.2.2 序列的可靠性分析 |
| 6.2.3 构树结果的差异 |
| 6.2.4 基因序列的变异 |
| 6.2.5 大熊猫系统演化 |
| 6.2.6 大熊猫的遗传多样性 |
| 第七章 结论与展望 |
| §7.1 结论 |
| §7.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
（8）大熊猫肠道病毒生态学调查及部分病毒的遗传进化与大熊猫源CPV的分离鉴定（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 大熊猫易感肠道病毒性传染病感染情况 |
| 1.1 大熊猫犬瘟热病毒(CDV)感染情况 |
| 1.2 大熊猫犬细小病毒(CPV)感染情况 |
| 1.3 大熊猫犬冠状病毒(CCV)感染情况 |
| 1.4 大熊猫犬腺病毒(CAV)感染情况 |
| 1.5 大熊猫轮状病毒(RV)感染情况 |
| 2 大熊猫疫苗免疫现状及效果 |
| 2.1 大熊猫疫苗免疫现状 |
| 2.2 大熊猫疫苗免疫效果 |
| 3 小结与展望 |
| 第二章 大熊猫易感肠道病毒分子检测方法的建立 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 病毒株 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 引物的设计与合成 |
| 1.4 病毒基因组RNA及DNA的提取 |
| 1.5 反转录合成cDNA |
| 1.6 PCR反应及优化反应条件 |
| 1.7 扩增产物的检测及鉴定 |
| 1.8 RT-PCR/PCR特异性试验 |
| 1.9 RT-PCR/PCR敏感性试验 |
| 1.10 RT-PCR/PCR重复性及稳定性试验 |
| 2 结果 |
| 2.1 CDV检测方法的建立 |
| 2.2 CPV检测方法的建立 |
| 2.3 CCV诊断方法的建立 |
| 2.4 CAV诊断方法的建立 |
| 3 分析与讨论 |
| 3.1 CDV诊断方法的应用前景 |
| 3.2 CPV诊断方法的应用前景 |
| 3.3 CCV诊断方法的应用前景 |
| 3.4 CAV诊断方法的应用前景 |
| 4 小结 |
| 第三章 大熊猫肠道病毒生态学调查 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 主要试剂和仪器 |
| 1.3 引物 |
| 1.4 基因组RNA及DNA的提取 |
| 1.5 RT-PCR/PCR检测 |
| 2 结果 |
| 3 分析与讨论 |
| 第四章 大熊猫源肠道病毒的遗传变异分析 |
| 一、基于H蛋白基因对大熊猫源犬瘟热病毒遗传变异分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 临床病料处理 |
| 1.2 核酸的提取及扩增 |
| 1.3 扩增产物的检测及鉴定 |
| 1.4 氨基酸分析 |
| 1.5 遗传进化分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 H基因的氨基酸分析 |
| 2.2 H基因的序列和进化分析 |
| 3 分析与讨论 |
| 二、基于VP2蛋白基因对大熊猫源犬细小病毒遗传变异分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 临床病料处理 |
| 1.2 核酸的提取及扩增 |
| 1.3 扩增产物的检测及鉴定 |
| 1.4 序列和进化分析 |
| 2 结果 |
| 3 分析与讨论 |
| 第五章 大熊猫源细小病毒的分离鉴定 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 细胞、菌种及主要试剂 |
| 1.2 样品处理 |
| 1.3 培养细胞 |
| 1.4 增殖病毒 |
| 1.5 病毒毒力测定 |
| 1.6 病毒对理化因子敏感性试验 |
| 1.7 PCR鉴定 |
| 1.8 幼犬回归试验 |
| 2 结果 |
| 2.1 病毒的分离与培养 |
| 2.2 病毒毒力及理化测定结果 |
| 2.3 PCR鉴定结果 |
| 2.4 动物回归试验结果 |
| 3 分析与讨论 |
| 结论与创新 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介及攻读硕士期间发表论文情况 |
（9）大熊猫Ⅰ类MHC分子标记系统的建立及其适应性进化研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 插图清单 |
| 表格清单 |
| 第一部分 绪论 |
| 第1章 大熊猫的研究背景 |
| 1.1 大熊猫的历史分布和生存现状 |
| 1.2 大熊猫的保护遗传学研究 |
| 第2章 主要组织相容性复合体 |
| 2.1 MHC基因的分类、结构和功能 |
| 2.1.1 Ⅰ类MHC基因的组织分布、结构、功能 |
| 2.1.2 Ⅱ类MHC基因的分布、结构和功能 |
| 2.1.3 Ⅰ类MHC基因的分类 |
| 2.2 MHC的多态性及其维持机制 |
| 2.3 自然种群MHC选择作用的检测 |
| 2.3.1 物种进化历史上选择作用的检测 |
| 2.3.2 现代种群选择作用的检测 |
| 2.4 MHC的进化 |
| 2.5 MHC在进化生态学与保护遗传学中的应用意义 |
| 2.6 MHC研究中存在的问题 |
| 第3章 微卫星标记及其应用 |
| 第4章 立论依据、研究目的和内容 |
| 第二部分 研究内容 |
| 第5章 大熊猫Ⅰ类MHC基因的分离 |
| 5.1 材料 |
| 5.1.1 样品 |
| 5.1.2 主要试剂 |
| 5.1.3 主要仪器和设备 |
| 5.2 方法 |
| 5.2.1 血液基因组DNA提取 |
| 5.2.2 血液及组织总RNA的提取 |
| 5.2.3 mRNA的分离 |
| 5.2.4 第一链cDNA的合成及扩增 |
| 5.2.5 大熊猫Ⅰ类MHC基因序列的分离 |
| 5.2.6 大熊猫Ⅰ类MHC基因物理图谱的构建 |
| 5.2.7 大熊猫Ⅰ类MHC基因的表达检测 |
| 5.2.8 大熊猫Ⅰ类MHC基因全长cDNA的获得 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 大熊猫Ⅰ类MHC基因物理图谱的构建 |
| 5.3.2 大熊猫Ⅰ类MHC基因的表达检测及全长cDNA的序列分析 |
| 5.4 小结 |
| 第6章 大熊猫适应性进化研究 |
| 6.1 材料 |
| 6.1.1 样品来源 |
| 6.1.2 主要试剂 |
| 6.1.3 主要仪器和设备 |
| 6.2 方法 |
| 6.2.1 基因组DNA的提取与纯化 |
| 6.2.2 大熊猫经典Ⅰ类MHC基因座位特异性引物的设计 |
| 6.2.3 大熊猫经典Ⅰ类MHC基因座位特异性扩增 |
| 6.2.4 大熊猫经典Ⅰ类MHC基因exon 2和exon 3的SSCP分型 |
| 6.2.5 大熊猫Ⅰ类MHC基因位点特异性单倍型方法的建立 |
| 6.2.6 大熊猫粪便样品个体数目的确认 |
| 6.2.7 数据处理 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 大熊猫基因组DNA的提取 |
| 6.3.2 大熊猫Ⅰ类MHC基因群体调查结果 |
| 6.3.3 大熊猫Ⅰ类MHC基因位点特异性单倍型方法有效性的确认 |
| 6.3.4 野外粪便样品个体数目的确认结果 |
| 6.3.5 大熊猫Ⅰ类MHC基因的序列变异 |
| 6.3.6 大熊猫野生种群Ⅰ类MHC基因的变异 |
| 6.3.7 大熊猫Ⅰ类MHC基因的选择作用 |
| 6.3.8 大熊猫Ⅰ类MHC基因的种群结构与种群分化 |
| 6.4 讨论 |
| 6.4.1 大熊猫Ⅰ类MHC基因的遗传变异水平 |
| 6.4.2 非编码区内含子2的进化分析 |
| 6.4.3 大熊猫Ⅰ类MHC基因种群间的单倍型分布 |
| 6.4.4 大熊猫野生种群的遗传分化 |
| 6.4.5 大熊猫Ⅰ类MHC基因的平衡选择 |
| 6.5 小结 |
| 第7章 大熊猫适应性进化的微卫星辅佐研究 |
| 7.1 材料 |
| 7.1.1 样品来源 |
| 7.1.2 主要试剂 |
| 7.1.3 主要仪器和设备 |
| 7.2 方法 |
| 7.2.1 基因组DNA的提取与纯化 |
| 7.2.2 微卫星引物的选取与扩增 |
| 7.2.3 微卫星基因型的分型 |
| 7.2.4 微卫星数据的处理 |
| 7.3 结果 |
| 7.3.1 基因组DNA的提取结果 |
| 7.3.2 微卫星位点的无效等位基因,连锁不平衡以及哈-温平衡检测 |
| 7.3.3 微卫星遗传多样性的分析 |
| 7.3.4 微卫星DNA的遗传分化与种群结构 |
| 7.4 讨论 |
| 7.5 小结 |
| 第三部分 结论 |
| 第8章 主要结论、创新点及展望 |
| 8.1 主要结论 |
| 8.2 创新点 |
| 8.3 展望 |
| 参考文献 |
| 作者简历 |
| 攻读博士学位期间的科研成果 |
（10）大熊猫轮状病毒CH-1株基因克隆及分子解析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 前言 |
| 1 研究背景、基础和目的意义 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 研究基础 |
| 1.3 研究目的及意义 |
| 2 主要研究内容 |
| 3 拟解决的问题 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 轮状病毒的分类 |
| 2 轮状病毒的形态结构 |
| 3 轮状病毒的理化特性 |
| 4 核酸和基因组结构及其作用 |
| 4.1 VP1 |
| 4.2 VP2 |
| 4.3 VP3 |
| 4.4 VP4 |
| 4.5 VP6 |
| 4.6 VP7 |
| 4.7 NSP1 |
| 4.8 NSP2 |
| 4.9 NSP3 |
| 4.10 NSP4 |
| 4.11 NSP5 |
| 5 轮状病毒的致病机理 |
| 6 轮状病毒流行病学 |
| 6.1 地区性血清型分布 |
| 6.2 季节性分布 |
| 6.3 年龄分布特点 |
| 7 轮状病毒的检测 |
| 8 轮状病毒的培养特征 |
| 第二章 大熊猫轮状病毒CH-1株基因的克隆 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料和主要仪器设备 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 引物设计 |
| 2.2 病毒RNA的提取 |
| 2.3 病毒基因组的克隆 |
| 2.4 基因序列的提交 |
| 3 讨论 |
| 3.1 大熊猫轮状病毒的增殖 |
| 3.2 大熊猫轮状病毒基因组克隆的探讨 |
| 3.3 国内首次报道大熊猫轮状病毒基因序列 |
| 4 结论 |
| 第三章 大熊猫轮状病毒CH-1株主要抗原蛋白基因的生物信息学分析 |
| 1 材料方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 VP4、VP6、VP7和NSP4的氨基酸序列 |
| 2.2 VP4、VP6、VP7和NSP4的信号肽预测结果 |
| 2.3 VP4、VP6、VP7和NSP4的跨膜区分析结果 |
| 2.4 VP4、VP6、VP7和NSP4的疏水性分析结果 |
| 2.5 VP4、VP6、VP7和NSP4的抗原表位分析结果 |
| 2.6 VP4、VP6、VP7和NSP4的结构分析结果 |
| 2.7 VP4、VP6、VP7和NSP4系统进化系统分析结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 VP4 |
| 3.2 VP6 |
| 3.3 VP7 |
| 3.4 NSP4 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 硕士在读期间论文发表情况 |
四、克隆大熊猫是否可行（论文参考文献）
- [1]大熊猫国家公园门户小镇旅游发展研究 ——以平武县虎牙镇为例[D]. 林泽东. 四川师范大学, 2020(08)
- [2]大熊猫犬瘟热流行病学调查与实验免疫研究[D]. 冯娜. 吉林农业大学, 2017(01)
- [3]大熊猫西氏贝蛔虫基因组及发育转录组测序分析研究[D]. 谢跃. 四川农业大学, 2016(12)
- [4]基于森林环境的大熊猫主食竹种群动力学研究[D]. 张蒙. 北京林业大学, 2016(04)
- [5]巴山木竹克隆结构及遗传多样性研究[D]. 余鸽. 西北农林科技大学, 2016(03)
- [6]大熊猫阴道微生物多样性及部分真菌生物学特性研究[D]. 马晓平. 南京农业大学, 2014(07)
- [7]我国华南地区大熊猫系统演化与遗传多样性的古DNA研究[D]. 侯新东. 中国地质大学, 2014(01)
- [8]大熊猫肠道病毒生态学调查及部分病毒的遗传进化与大熊猫源CPV的分离鉴定[D]. 郭玲. 四川农业大学, 2014(05)
- [9]大熊猫Ⅰ类MHC分子标记系统的建立及其适应性进化研究[D]. 朱英. 浙江大学, 2012(01)
- [10]大熊猫轮状病毒CH-1株基因克隆及分子解析[D]. 雷燕. 四川农业大学, 2011(05)