一、畜禽群体近交程度分析与选配决策系统研制（论文文献综述）
王海龙[1]（2021）在《基于基因组信息的北京油鸡保种效果分析》文中研究指明畜禽遗传资源是生物多样性的重要组成部分,在农业、经济和科学研究中发挥重要作用。北京油鸡作为中国特有的地方优良品种,20世纪70年代因受国外高产品种的冲击数量骤减。北京油鸡保种场建立家系等量留种群和随机留种群对北京油鸡进行品种保护,家系等量留种群体每个世代包含35个家系,按公母比1:3进行繁育。随机留种群体每年留种公鸡约75只,母鸡240～300只,两个群体年繁殖数量4000只以上。从保种数量来看对北京油鸡进行了有效的保护,但对保种效果的精准评估仍存在不足。本研究通过系谱记录和基因组信息对北京油鸡不同保种群的近交系数（inbreeding coefficient,F）和有效群体含量（effective population sizes,Ne）等进行分析,比较不同保种群体的保种效果,优化北京油鸡保种策略。同时结合北京油鸡肌内脂肪选择系基因组信息,挖掘影响肌内脂肪产生的相关候选基因。具体研究内容如下:（1）以2019年等量留种群体为研究对象,比较基于系谱计算的近交系数(FPED)、基于ROH计算的近交系数(FROH)、基于纯合基因型计算的近交系数(FHOM)、基于基因组关系G矩阵计算的近交系数(FGRM)和基于联合配子之间的相关性计算的近交系数(FUNI)等五种不同算法下的近交系数,结果发现,FHOM、FGRM、FHAT的个体离散程度和F值均显着高于FPED与FHOM。相关性分析发现,FPED与FHOM之间无显着相关,而FROH与其他方法计算的F之间均显着相关,且与FPED相关性较高。（2）以保种场2010年和2019年随机留种群体、2019年家系等量留种群体为研究对象,计算群体F,同时分析不同算法F之间的相关性,并估计历史世代以及当前世代的Ne。结果表明,2010年随机留种群体Ne为219,FROH为0.0579,FHOM为0.0784,FGRM为0.0859,FUNI为0.0806;2019年随机留种群体Ne为193,FROH为0.0798,FHOM为0.0605,FGRM为0.0662,FUNI为0.0637。由此发现,与2010年相比,2019年随机留种群体Ne有所减少,FROH有所增加,其他基因组近交系数有所减小。2019年家系等量留种群体Ne为100,FROH为0.100,说明在保种场目前各世代留种数量下,随机留种群的保种效果优于等量留种群体。（3）以保种场2019年随机留种群体与2019年肌内脂肪选择系群体为研究对象,通过ROH岛鉴定与分析,挖掘肌内脂肪相关候选基因。对两个群体的基因组信息进行ROH检测,统计ROH在不同群体中的数目、长度、频率及分布,依据高频ROH区域检索与肌内脂肪相关的候选基因,并根据连锁不平衡信息计算两个群体不同世代的Ne。在两个群体中共检测到16374个ROH片段。不同群体个体平均ROH数目的变化范围为178个（2019年随机留种群体）至232个（2019年选择群体）,不同群体个体平均ROH长度的变化范围为432KB（2019年随机留种群体）至474KB（2019年选择系群体）。基于基因组高频ROH区域鉴定到XCL1、GPR161等15个与肌内脂肪相关的候选基因。综上所述,基于系谱记录和基因组信息对北京油鸡保种群体的保种效果进行综合分析,结果表明,近10年来,北京油鸡保种效果良好,保种方案切实可行。基因组近交系数FROH准确性较高,可用于指导后续北京油鸡保种和选育工作。在保种场当前留种数量下,随机留种群体保种效果优于家系等量留种群体。由高频ROH区域鉴定的XCL1、GPR161等基因可以作为研究北京油鸡肉品质形成机理的候选基因。
武晓宇[2]（2021）在《蓝狐、银狐、貉优质种源数据管理系统研制》文中指出种源数据的保存、管理与利用是动物育种中一项重要而又基础的工作,广泛而全面的品种资源储备是寻找和培育高品质、适应性强、符合人类需求狐、貉种源的基础。国内狐、貉养殖业信息管理多以人工记录、整理等方式为主,需花费大量时间与精力,甚至个别养殖场无数据记录或是信息管理十分混乱,血缘不清、种源退化等现象普遍存在,养殖业的经济效益因此受到较大波及。随着计算机技术的快速发展,推动畜牧业朝着现代化、规模化方向飞速前进,加强狐、貉养殖业信息化管理,引入准确而高效的数据管理系统是适应养殖业新发展进程所迈出的重要一步。本研究基于大量相关知识积累及对规模化狐、貉养殖场的多次实地调研,结合养殖场内各项基本工作流程进行系统需求与可行性分析,并完成了系统整体功能设计及开发工具的选择,运用B/S架构、Linux操作系统、Java、JS、HTML、CSS编程语言、IntelliJIDEA编程工具、Redis数据库、Solr搜索服务器等最终实现了蓝狐、银狐、貉优质种源数据管理系统的构建。本系统整体结构由基本信息管理、成年公兽管理、成年母兽管理、幼兽管理、个体变动管理、疾病免疫管理、遗传管理、统计分析管理八个模块组成,运行于网络环境中,支持信息实时共享,可规范化保管狐、貉生产中所涉及的相关资料,多模块均具有编辑、删除、搜索、导出等功能。运用所存储数据可实现近交与亲缘系数计算、个体育种值估计、选种与配种计划制定、统计分析、免疫预警等功能。系统还设计了不同的用户角色,操作权限会根据用户角色的不同而不同,进一步提高了系统数据的准确性与安全性。本系统的应用有利于养殖者工作效率的提高,有助于管理者作出科学决策。计算机技术的应用为我国狐、貉养殖业种源管理工作奠定扎实基础,极大地推动了狐、貉养殖业科学化和现代化管理进程,有望从根本上解决行业内存在的种源退化严重等问题,有利于实现狐、貉优良品种的改良及培育,促进我国狐、貉养殖业逐步走上健康良性的可持续发展道路。
徐忠[3]（2020）在《基于基因组信息对金华猪种质特性及其保护、利用的研究》文中研究说明金华猪是我国猪种资源宝库中的佼佼者,因其肉质优良、肉味鲜美,深受人们喜爱,特别是以其后腿作为原料加工制作的金华火腿,堪称世界一绝。在生产实践中,金华猪相比于西方引进猪种更容易感染猪气喘病,严重影响其生产效率。而目前对金华猪的这些特性的遗传基础及形成机制尚不清楚。在保种过程中,金华猪的保种效果不能有效评估,缺乏从分子水平上的评估方法。此外,在金华猪的杂交利用中,缺乏有效的杂种优势预测理论及配合力测定进行指导。为此,本研究的主要目的是利用全基因组信息对金华猪进行种质特性和保护、利用研究,开展以下工作:（1）首先对金华猪进行简化基因组测序,并与其它群体一起进行全基因组单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）检测;（2）对金华猪在遗传资源分类中的地位进行深入了解;（3）从基因组结构、功能特性和信号选择分析等对其分子种质特性进行挖掘;（4）对金华猪气喘病易感性的分子机制进行生物信息学挖掘和全基因组关联分析;（5）利用传统系谱和全基因组分子标记对其保种效果进行分析和评估;（6）最后利用杂种优势预测及配合力测定试验找出最优杂交利用的组合模式。具体研究内容和结果如下:（1）基因组测序与遗传变异检测:本研究首先对金华猪国家级保种场在群的202头金华猪采集了耳组织样,利用基于基因组简化与测序的基因型分型（genotyping by genome reducing and sequencing,GGRS）平台对其进行了建库实验和测序。结果共得到12.5亿条高质量Reads数,每个个体平均测序深度为6.13,平均覆盖度为3.3%。进一步结合实验室前期数据,对金华猪与江、浙、沪等中国地方品种和西方品种共19个品种914头猪进行了遗传变异检测。最终共得到114687个高质量的SNPs位点,这些位点在染色体上分布较均匀,说明测序结果较理想。特别是与现有猪的SNP数据库进行对比分析,其中有16 656个为本次新发现的SNPs多态标记,大大丰富了我国地方猪品种及西方引进品种的分子遗传标记数据库。（2）金华猪在遗传资源分类中的地位:本研究在分子层面对金华猪与其它群体间遗传距离、遗传分化和遗传结构进行了分析。从聚类分析和PCA分析可以看出金华猪所有个体聚在一起,而与其它群体较独立,有着独特的遗传结构;从ADMIXTURE的群体结构来看,金华猪群体最早独立出来,说明金华猪起源相对较早,具有着较为古老的祖先血统;从遗传距离、遗传分化和PCA结果上也可以看,相比于西方商业品种猪,金华猪与中国地方品种猪有着更近的遗传背景;由Treemix分析也可以看金华猪有向兰溪花猪迁移事件,可能是因为两者地理距离较近,有基因交流的可能性也更大。这些结果表明金华猪在遗传资源分类中具有独特的地位,为其作为独立品种提供了分子依据。（3）金华猪基因组结构和功能特性:基因组结构的不同是动物表型差异的遗传基础。我们对SNPs在基因组的分布、单倍型块和连续纯合性片段（runs of homozygosity,ROH）等基因组结构进行分析。在本研究总共检测到114 687个SNPs遗传变异中85 287（74.4%）在金华猪中存在多态,说明金华猪的遗传多样性相对较高。特别是有29 400（25.6%）个位点在其它群体表现多态但在金华猪群体中表现纯合,这些点所在基因主要参与色素沉积（GO:0043473～pigmentation）、对刺激反应的调节（GO:0048585～negative regulation of response to stimulus）和气喘病（hsa05310～Asthma）等,这些说明金华猪群体内一些与色素沉积、对刺激的反应和气喘病相关的基因位点已经发生纯合。我们发现了249个金华猪品种特异的SNPs,这些SNPs可以作为品种鉴定的候选位点。金华猪单倍型块在基因组分布并不均匀,在6号染色体的单倍型区块最多（862个）,覆盖区域最长（33101 Kb）,占相应染色体总长度的比例最大（19.38%）。金华猪中最长的单倍型块位于7号染色体57 101 799～57 601 268的位置上,位于其中的基因与免疫、肌内脂肪含量和繁殖相关。金华猪基因组中ROH分布也不均匀,短的ROH片段多位于染色体的两端。在所有金华猪中出现频率最高的位点是Chr3:37449853,距离此位点最近的基因是SEC14L5,此基因与脂质转运与代谢相关。这些结果为进一步深入揭示金华猪种质特性的遗传机制提供参考。（4）金华猪选择信号分析:金华猪之所以形成如此独特的表型特征,是长期的自然选择和人工选择造成的,而这些选择信号可能是造成金华猪种质特性的原因。本研究通过基于金华猪群体内的（REHH、i HS和CLR三种方法）和金华猪与其它群体间的（基于PLS和XPEHH）信号选择方法,对金华猪基因组上的受选择区域进行了分析。金华猪群体内选择信号分析共找到62个候选基因,与肉质、繁殖、生长和免疫等相关（如PIK3R6、NOS2、ZNF423、IL21R）。而这些性状相关的候选基因为后续的功能基因验证提供了一定的指导意义。在金华猪与其它猪群体间的信号选择方法中,我们还找到了:与毛色性状相关的基因如MYO7A、EDNRB和KIT等;与骨组织生长相关的基因如PBX1、GSG1L和PAPPA2等;与肺部疾病相关的通路如气喘病通路（hsa05310～Asthma）和肺结核（hsa05152～Tuberculosis）等。这些可能与金华猪独特的两头乌毛色、皮薄骨细和易感气喘病等性状有关,值得深入研究。这些结果使我们对中国地方猪的基因组进化和选择机制有了更深入的了解。（5）金华猪气喘病相关研究:我们同时利用基因组到表型（选择信号分析方法）和表型到基因组（全基因组关联分析）研究分析金华猪气喘病的遗传机制,并进一步基于表达谱实验数据进行核实验证。选择信号分析方法是通过比较三个对气喘病易感的猪种（金华猪53头、二花脸猪31头、梅山猪80头）和两个相对不易感气喘病猪种（杜洛克猪48头、长白猪37头）的基因组,挖掘猪支原体肺炎（mycoplasmal pneumonia of swine,MPS）候选基因,结果找到了CYP1A1、TLR2和CXCL2等14个相关候选基因;同时对171头金华猪的基因型数据和连续100天的气喘病表型记录,利用全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）找到KIAA1644、MAGI3、PGM1和ALK四个候选基因。这两种方法找到的18个候选基因中有2个（CYP1A1和TLR2）是前人研究已证实的,16个是本次研究新发现的。其中有4个基因（EPAS1,CXCL2,TLR2和IL7R）我们通过猪气喘病转录组的数据分析进一步进行了核实验证。这些MPS易感性位点可能是在对繁殖力和肉质等优良经济性状的选择过程中,由于多效性和搭便车效应从而导致受选择,在随后的选种中需要更加注意。本研究初步揭示了金华猪易感MPS的遗传机制,为后续金华猪抗MPS的基因组保护和和基因组选择方案提供指导作用。同时这些研究可能对人类呼吸系统疾病的研究起一定的参考作用。（6）金华猪保种效果分析:利用12 560个个体的系谱信息和6 018条繁殖记录对金华猪的保种效果进行纵向比较,发现在2009～2017年间,金华猪的近交系数稳定在较低（0.009左右）的水平,繁殖性能（总产仔数、活产仔数和出生窝重）的个体估计育种值（estimated breeding value,EBV）均呈现增加趋势,分别提升2.0头、1.9头和0.85kg,说明了近几年的总体保种效果较好。但利用传统系谱信息和分子遗传标记信息深入分析显示仍存在一些问题,需要进一步优化保种策略。其一,对本研究采样时的在群金华猪群体的近交系数、亲缘系数和血统结构进行了分析。分析结果表明金华猪个体平均近交系数和个体间亲缘系数总体虽较低,但也有极个别间较大,达到0.5以上,且金华猪每个血统个体数并不是很均匀,在以后的保种过程中群体结构有待优化。其二,系谱和分子计算的金华猪群体有效含量分别为63和88头,根据畜禽遗传资源受威胁程度的分类可知,金华猪可能仍处于受威胁状态,表明仍需进一步适当扩大保种群体规模,特别是基于分子标记指导选种、选配,逐步提高群体有效含量。其三,我们利用其它地方品种及西方品种等19个群体的分子遗传多样性指标,对金华猪的保种效果进行了横向比较,发现金华猪遗传多样性较高,但近交程度（基于分子的）在这些群体中处于中等水平,提示我们在今后保种过程中尽量避免近交,优化配种策略。本研究为金华猪今后的保种工作提供了参考价值。（7）金华猪的杂交利用:本研究基于全基因组遗传标记筛选金华猪候选杂交组合,并结合繁殖、育肥和屠宰等配合力测定试验确定了最优的杂交组合模式。首先利用全基因组性状特异（繁殖、健康、生长和胴体与肉质）的SNP对金华猪与三个西方引进品种杜洛克（DD）、大白猪（YY）和长白猪（LL）共180头猪的各种杂交组合进行了杂种优势的预测,结果显示在二元、三元和双杂交组合中最优选择为D×J、J×LY和DJ×LY。随后我们挑选了合适组合进行配合力测定试验,其中繁殖性能测定共88窝,育肥测定试验共91头,屠宰测定试验共83头。最终确定了DJ×LY为最佳的杂交组合模式。研究为金华猪的杂交利用提供了一套切实可行的方案。综上,本论文对金华猪种质特性的遗传基础及其形成机制进行了探究,进而为该遗传资源的保护、选育、利用奠定基础。这在非洲猪瘟流行的背景下,对我国地方猪遗传资源的保护和利用具有特殊意义。有关结果也为研究人类复杂性状的遗传机制提供了依据,对人类哮喘病等呼吸系统疾病的研究具有参考作用。
王梅[4]（2019）在《成都麻羊保种及选育效果分析》文中认为成都麻羊具有肉质好、板皮优良、适应性广等优良特点,是我国优良的地方山羊品种。长期以来由于过度引种,以及缺乏全面系统的保种与选育工作,群体种质特性严重退化。1988年成都麻羊被农业部正式列入“全国畜禽良种基因资源库”,2015年被列入农业部“国家畜禽遗传资源保护名录”。2008年以来,成都市西岭雪农业开发有限公司一直致力于成都麻羊的保种和选育工作。本研究通过分析成都市西岭雪农业开发有限公司的成都麻羊场2015-2018年度保种群和选育群的主要生产性能资料,并对保种群群体遗传结构进行分析,评价保种与选育的效果,为成都麻羊的保种及选育提供参考。主要结果如下:（1）通过开展保种工作,成都麻羊群体外貌特征“画眉眼”和“十字架毛带”明显,被毛颜色均为赤铜色、麻褐色或褐红色。保种群基本保持了成都麻羊原有的典型外貌特征。（2）通过对2015-2018年度成都麻羊的主要体尺数据分析表明,保种群基本保持了成都麻羊的体型。目前,保种群公羊的初生重、断奶重、6月龄和周岁平均体重分别为1.79 kg、8.96 kg、21.40 kg和30.10kg;母羊初生、断奶、6月龄和周岁平均体重分别为1.57 kg、8.72 kg、17.1 kg和23.90 kg。初产母羊产羔率为149.7%,经产母羊产羔率216.6%。保种群基本保持了原来成都麻羊的主要生产性能水平,保种效果良好。（3）简化基因组测序结果分析发现,保种群存在着一定的分化。在全基因组范围内,近30%的SNP标记的杂合度值在0.3～0.4之间,表明群体仍具备一定的遗传多样性。群体平均观测杂合度（0.1921）低于平均期望杂合度（0.203）,表明保种群存在着较低程度的近交。（4）通过近年来的持续选育工作,选育群成都麻羊的主要生产性能取得了较显着的提高。成都麻羊公羊初生、6月龄和周岁的平均体重分别达到1.98 kg、25.63 kg和34.10kg;母羊初生、6月龄和周岁的平均体重分别达到1.82 kg、19.85 kg和26.78 kg。初产母羊产羔率为165.3%,经产母羊产羔率达到228.8%,断奶成活率达到95.8%。周岁羯羊的胴体重19.25 kg,屠宰率达到53.07%,净肉重为16.60 kg,胴体净肉率达到86.22%。与成都麻羊地方标准（DB51/T654-2007）对照,选育群成都麻羊公羊达到了特级、一级羊的标准,母羊基本达到了一级羊的指标。本研究结果为成都麻羊下一步保种方案的制定、实施及选育提高提供了重要参考依据。
张翔宇,杨超[5]（2019）在《肉兔核心群的建立和选育》文中指出肉兔种质遗传资源是产业可持续发展的核心。肉兔核心群的建立也是我国肉兔种业安全的重要基础。核心群的质量直接决定了整个肉兔繁育体系的效益。本文综述了核心群育种体系的结构、近交增量的监控和核心群的选种选配。并对闭锁核心群和开放核心群育种方案进行了比较,分析了开放核心群育种方案的优点和缺点。为加强优质良种肉兔品种核心群的选育、扩繁和推广利用提供理论依据,提高肉兔遗传改良的效率。
张翔宇,杨超[6]（2018）在《肉兔核心群的建立和选育》文中研究说明肉兔种质遗传资源是产业可持续发展的核心。肉兔核心群的建立也是我国肉兔种业安全的重要基础。核心群的质量直接决定了整个肉兔繁育体系的效益。本文综述了核心群育种体系的结构、近交增量的监控和核心群的选种选配。并对闭锁核心群和开放核心群育种方案进行了比较,分析了开放核心群育种方案的优点和缺点。为加强优质良种肉兔品种核心群的选育、扩繁和推广利用提供理论依据,提高肉兔遗传改良的效率。
曾国榕[7]（2018）在《晋江马遗传资源调查及保种措施》文中研究表明晋江马是福建省唯一的一个优良地方马种,有1000多年的历史,属于乘挽兼用型马种。论文简介我国马的一些优良品种并概述马的保种和选育的研究进展。晋江马遗传资源调查结果表明福建省存栏总数不足500匹,其中能繁母马373匹,种公马仅有10匹。晋江市晋江马的存栏数量已从2003年存栏182匹,其中能繁母马143匹,种公马3匹增加到2016年的233匹,其中能繁母马162匹,种公马12匹,分别增长28.0%、13.3%和300%。根据畜禽品种濒危程度的确定标准,晋江马属于濒危地方品种。晋江马中骝毛占64.3%、青毛占22.6%、栗毛占3.6%、黑毛占8.3%、杂毛占2.4%。晋江马体高129.04±8.4cm;体长 140.61±8.4cm;体重 284.2±6.5kg;管围 20.86土18.6cm;荐高125.8±3.8cm。晋江马跑完1000m平均用时2′ 33 ″,跑完3000m用时7′ 51 ″。晋江马的役力平均每小时可耕地0.76亩,役后30min恢复正常生理状态。晋江马的平均最大挽力为472kg。晋江马挽曳1000kg货物运输2000m所需平均时间为20′ 25 ″,所需恢复的平均时间为39′。母马初情期一般在9月龄至周岁,初配年龄在1.5～3岁,产驹平均年龄为3.2岁。产驹的季节性不明显。母马在产驹后8～12d配种,较易受胎。年产一胎的占90.90%,三年两胎的占9.10%。发情周期为20d（17～24d）,发情持续期为3～5d,怀孕期为 340d（320～360 d）。晋江马经选育后体型略有增大,种质明显提高。成年公马体高123～135cm（平均127cm）,体重260～360kg（平均300kg）;成年母马体高121～135cm（平均125cm）,体重230～370kg（平均285kg）。体型较为一致,外貌俊美,体质健壮。毛色以骝、栗毛为主,青色、黑色等次之。同时论文详细探讨了晋江马保种技术方案。根据该方案实施后2016年晋江市存栏成年晋江马种公马63匹,增幅较为明显。
陈建菊[8]（2017）在《彭县黄鸡产业化现状、问题及对策》文中研究说明彭县黄鸡是我国优秀的地方鸡品种之一,因主产于成都平原西部的彭县（现彭州市）及其毗邻地区而得名,其适应性好、觅食能力强,肉质细嫩、味道鲜美。上世纪80年代,由于外来鸡种的冲击,彭县黄鸡濒临灭绝。随着国家对畜禽遗传资源的高度重视,在各方努力下,彭县黄鸡群体不断扩大,逐步进行开发利用。随着社会经济的发展,生活水平的不断提高,食品的质量和安全越来越引起人们的关注,彭县黄鸡这类优质地方土鸡将迎来广阔的市场。本研究通过查阅文献,实地调查,专家咨询等手段对彭县黄鸡产业主管部门、原种场、养殖户、消费者等进行走访,得出彭县黄鸡的产业发展现状和问题,并分析产业发展的思路,提出发展措施,主要结论如下:1.彭县黄鸡体格中等大小,单冠红羽,符合当地对地方鸡的外观要求。彭县黄鸡生长速度较慢,300日龄公鸡均重2.525kg,母鸡均重2.025kg;繁殖性能较低,500日龄产蛋数137.5枚,受精率88.5%;肉用性能较好,13周龄屠宰率89.5%,全净膛率超过64.55%,但总体生产性能变异较大,具有较高的选育提高空间。2.彭县黄鸡保种工作进展顺利,在四川农业大学的技术指导下,修建了现代化的保种场,现存栏彭县黄鸡6000羽,其中原始保种群体1000只,核心选育群体公鸡300羽,母鸡2000羽,并通过分子生物学手段探明了彭县黄鸡的母系起源。3.2015年,全彭州市共出栏彭县黄鸡25万余只,主要养殖在桂花镇和蒙阳镇,约11万只,养殖超过2000只的大户仅有19户,超过1000只有28户,总体养殖模式依然是以农户饲养为主,30只以内的农户饲养占绝大多数。养殖户多采用配合饲料饲养,上市日龄180天左右,体重不超过2.5kg;农户养殖以杂粮为主,上市日龄不定,几乎都接近或超过1年,公鸡体重超过2.5kg,母鸡体重超过2kg。4.彭县黄鸡产业中存在问题:彭县黄鸡群体近亲繁殖,种质资源特性逐年丢失;生产性能较低,与同类相比市场竞争力弱;缺乏饲养管理技术标准,农村养殖户养殖素质不高,管理粗放,养殖效益低;龙头企业规模和实力不强,辐射带动能力较弱,加工转化严重滞后。市场不成熟,信息不灵通,未形成产业利益共同体,应对市场风险的能力较弱。5.彭县黄鸡产业发展对策:深入开展资源调查,扩大种群遗传结构,保持遗传特性;着力产品研发,提高彭县黄鸡生产性能;抓好基地建设,示范带动,扩大养殖规模;培育龙头企业,增强产业带动辐射功能;加大宣传力度,保护并弘扬彭县黄鸡品牌。综上,尽管彭县黄鸡目前的产业化水平不高,在发展过程中也受到诸多障碍,但从长远来看,随着消费者对食品要求的不断增加,彭县黄鸡这一具有明显地域特色的畜产品,因其优质的风味,还是具有十分广阔的市场前景。
王辉微[9]（2017）在《基于R语言的水产良种的选配、保种管理的实现及应用》文中认为最佳线性无偏预测（Best linear unbiased prediction,BLUP）育种技术被广泛应用于水产良种的繁育中,并在多个水产良种（如大西洋鲑、罗非鱼等）的种质创新上获得成功。BLUP育种技术的优势在于实用性强、个体育种值估计更精确等,缺点是计算过程复杂、计算量大。R是一个开放、免费的统计编程环境,是集统计分析与图形直观显示于一体的开放平台,具有强大的科学数据可视化和数学统计分析能力,在基于数量遗传育种领域拥有越来越多的应用。本文拟针对水产种质的育种和保种等环节,在R的基础上开展BLUP育种技术相关配套软件的开发和应用,以期解决BLUP育种中的复杂计算问题,提高育种工作的计算效率和精度。全文主要结果如下:1.基于家系选育的BLUP选配计划制定的R实现以软件包R3.1.14为编程环境,开发了用于水产良种选育过程中BLUP选配计划制定的BLUP选育配套脚本。BLUP选育配套脚本由i2016Tilapia.R和Matingbreeding2016Carp05.R等两个脚本组成。i2016Tilapia.R脚本主要用于所采集原始数据的整理、核对、整合,以及DMU软件计算育种值格式的转换。Matingbreeding2016Carp05.R脚本则用于DMU计算出育种值后的选配计划的制定。为了验证编写的BLUP选育配套脚本,本文以罗非鱼、鲤鱼选配为例,利用i2016Tilapia.R脚本将收集到的基础育种数据成功整合成数据集（指标包括个体编号、性别、生产性能和系谱等数据）,形成系谱数据集和最佳育种模型。在Matingbreeding2016Carp05.R脚本中设置家系的组成方案（即鲤鱼1雄2雌、罗非鱼3雄4雌）,并与DMU计算出的个体育种值进行整合,并按性别分成2个数据集,后成功获得相应的选配计划表。2.叠代保种和随机保种两种保种方式模拟的R实现以R3.2.1为编程环境,开发了 ProduceSimDataoutput.R和BottSim.R等两个脚本用于水产良种保种计划的制定。ProduceSimDataoutput.R脚本主要用于叠代保种方法的模拟,设置模拟的位点数（NumLocus）、恒定的群体规模（PopSize）、家系大小（FamSize）、性别比例（SexRatio）、重叠的世代数（NumOverlap）和叠代次数（IterStep）等参数后,即可获得模拟数据。BottSim.R脚本主要用于瓶颈分析,可计算观察等位基因数、有效等位基因数、观察杂合度、期望杂合度和固定指数等多种遗传多样性参数。另外,对于瓶颈分析,需借助BottleSim.2.6.1进行瓶颈分析,分析的结果采用BottSim.R文件可绘制瓶颈分析图。3.基于R的选配计划在黄河锂新品系选育中的应用利用编写的BLUP选育配套脚本,根据第2代黄河鲤育种资料,制定了第3代黄河鲤选配计划,经过配种后成功获得第3代黄河鲤,共80个家系（其中对照系20个）。随机挑选48个家系（38个选育系和10个对照系）共240条鱼,饲喂8周后发现选育系体增重比对照系增加了 20.84%,且饲喂高能饲料后体增重也高于对照系,说明选育系生长速度快。另外,本文发现利用BLUP选育配套脚本对1万尾黄河鲤（包括G3代以前的所有选育数据）进行数据整合、核对等工作所需时间,由原SAS脚本的一周缩短至半天;而此代产生80个家系选配计划制定所需时间,由原来的3天时间变为现在的5分钟。
王学敏,任守文,方晓敏,李碧侠,赵为民,付言峰,葛云山[10]（2015）在《猪近交系数计算软件设计与使用》文中提出对一款实用的猪近交系数计算软件设计进行了详细的介绍,旨在为有计划地进行选种与选配提供数据参考,以提高养猪生产效率。
二、畜禽群体近交程度分析与选配决策系统研制（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、畜禽群体近交程度分析与选配决策系统研制（论文提纲范文）
（1）基于基因组信息的北京油鸡保种效果分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 北京油鸡资源保护背景及现状 |
| 1.2 保种评价方法及相关指标 |
| 1.3 ROH基本概念及研究进展 |
| 1.4 研究目的与意义 |
| 第二章 北京油鸡不同保种评价方法比较 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 试验材料 |
| 2.2.1 试验动物与样品采集 |
| 2.2.2 仪器设备 |
| 2.2.3 试剂及溶液配制 |
| 2.2.4 数据分析软件 |
| 2.3 试验材料 |
| 2.3.1 系谱分析 |
| 2.3.2 基因组DNA提取 |
| 2.3.3 变异检测 |
| 2.3.4 数据质量控制及填充 |
| 2.3.5 ROH检测参数设置 |
| 2.3.6 基因组近交系数 |
| 2.3.7 F_(PED)、F_(ROH)、F_(HOM)、F_(GRM)和F_(UNI)不同算法近交系数相关性 |
| 2.3.8 有效群体大小估计 |
| 2.3.9 基因组亲缘系数 |
| 2.4 试验结果 |
| 2.4.1 系谱亲缘关系 |
| 2.4.2 基因组亲缘关系 |
| 2.4.3 有效群体大小估计 |
| 2.4.4 近交系数及相关性分析 |
| 2.5 讨论 |
| 第三章 北京油鸡不同保种群体保种情况评价 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 试验材料 |
| 3.2.1 试验动物与样品采集 |
| 3.2.2 仪器设备 |
| 3.2.3 试剂及溶液配制 |
| 3.2.4 数据分析软件与在线资源 |
| 3.3 试验方法 |
| 3.3.1 基因组DNA提取 |
| 3.3.2 变异检测 |
| 3.3.3 数据质量控制及填充 |
| 3.3.4 遗传结构分析 |
| 3.3.5 ROH检测参数设置 |
| 3.3.6 ROH基本统计及基因组近交系数 |
| 3.3.7 连锁不平衡分析 |
| 3.3.8 有效群体大小估计 |
| 3.4 试验结果 |
| 3.4.1 北京油鸡不同保种群保种情况分析 |
| 3.4.2 北京油鸡随机留种群体不同年份保种情况分析 |
| 3.5 讨论 |
| 第四章 北京油鸡保种群体与选择群体遗传多样性评价 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 试验材料 |
| 4.2.1 试验动物与样品采集 |
| 4.2.2 仪器设备 |
| 4.2.3 试剂及溶液配制 |
| 4.2.4 数据分析软件与在线资源 |
| 4.3 试验方法 |
| 4.3.1 基因组DNA提取 |
| 4.3.2 变异检测 |
| 4.3.3 数据质量控制及填充 |
| 4.3.4 遗传结构分析 |
| 4.3.5 ROH检测参数设置 |
| 4.3.6 ROH基本统计及基因组近交系数 |
| 4.3.7 高频ROH区域与候选基因 |
| 4.3.8 连锁不平衡分析 |
| 4.3.9 有效群体大小估计 |
| 4.4 试验结果 |
| 4.4.1 保种群体与选择群体主成分分析 |
| 4.4.2 保种群体与选择群体连锁不平衡分析 |
| 4.4.3 保种群体与选择群体ROH基本统计及基因组近交系数 |
| 4.4.4 保种群体与选择群体高频ROH与候选基因 |
| 4.5 讨论 |
| 第五章 全文结论 |
| 参考文献 |
| 附录A ROH在不同保种群体不同染色体上的分布 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（2）蓝狐、银狐、貉优质种源数据管理系统研制（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 国内外狐、貉养殖业现状 |
| 1.2 国内狐、貉繁育概况 |
| 1.2.1 狐、貉选种标准 |
| 1.2.2 狐、貉选种方法 |
| 1.2.3 狐、貉选配方法 |
| 1.2.4 我国狐、貉繁育工作中存在的问题及建议 |
| 1.3 计算机技术在国内外毛皮动物养殖业的应用 |
| 1.3.1 计算机技术在国外毛皮动物养殖业的应用 |
| 1.3.2 计算机技术在国内毛皮动物养殖业的应用 |
| 1.4 研究目的和意义 |
| 2 蓝狐、银狐、貉优质种源数据管理系统构建基础 |
| 2.1 系统开发环境 |
| 2.1.1 硬件环境 |
| 2.1.2 软件环境 |
| 2.2 系统体系结构 |
| 2.2.1 C/S结构 |
| 2.2.2 B/S结构 |
| 2.2.3 C/S结构和B/S结构比较 |
| 2.2.4 体系结构选择 |
| 2.3 系统开发工具 |
| 2.3.1 编程工具 |
| 2.3.2 编程语言 |
| 2.3.3 Web服务器 |
| 2.3.4 系统数据存储与搜索 |
| 2.4 系统总体架构 |
| 2.5 系统需求分析 |
| 3 蓝狐、银狐、貉优质种源数据管理系统设计 |
| 3.1 系统整体设计 |
| 3.2 系统功能模块设计 |
| 3.2.1 基本信息管理子系统 |
| 3.2.2 成年母兽、成年公兽、幼兽管理子系统 |
| 3.2.3 个体变动管理子系统 |
| 3.2.4 疾病免疫管理子系统 |
| 3.2.5 遗传管理子系统 |
| 3.2.6 统计分析管理子系统 |
| 3.3 系统其他功能设计 |
| 3.3.1 系统用户角色 |
| 3.3.2 系统用户中心 |
| 4 蓝狐、银狐、貉优质种源数据管理系统的实现 |
| 4.1 系统登录界面 |
| 4.2 系统主界面 |
| 4.3 基本信息管理模块 |
| 4.4 成年母兽、成年公兽、幼兽管理模块 |
| 4.5 个体变动管理模块 |
| 4.6 疾病免疫管理模块 |
| 4.7 遗传管理模块 |
| 4.8 统计分析管理模块 |
| 4.9 用户中心 |
| 5 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
| 东北林业大学硕士学位论文修改情况确认表 |
（3）基于基因组信息对金华猪种质特性及其保护、利用的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 文章部分缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 金华猪概况 |
| 1.1.1 产地分布及品种形成 |
| 1.1.2 种质特性 |
| 1.1.3 保种现状 |
| 1.1.4 研究进展 |
| 1.1.5 主要问题 |
| 1.2 猪的基因组研究 |
| 1.2.1 猪基因组的组装 |
| 1.2.2 基因组测序在猪中的应用 |
| 1.3 分子种质特性研究方法 |
| 1.3.1 遗传变异检测 |
| 1.3.2 基因组结构分析 |
| 1.3.3 基因组功能注释 |
| 1.3.4 选择信号分析 |
| 1.4 家畜遗传资源的保护 |
| 1.4.1 家畜遗传多样性 |
| 1.4.2 遗传多样性检测方法 |
| 1.4.3 在分子水平上评估遗传多样性的指标 |
| 1.4.4 保种相关理论和方法 |
| 1.4.5 保种方式 |
| 1.5 遗传资源的利用 |
| 1.5.1 利用的必要性 |
| 1.5.2 利用的主要途径 |
| 1.6 研究目的与意义 |
| 2 金华猪在遗传资源分类中的地位 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验动物与样品 |
| 2.1.2 主要试剂及其来源 |
| 2.1.3 主要仪器及设备 |
| 2.1.4 基因组DNA的提取及质量检测 |
| 2.1.5 文库的构建及测序 |
| 2.1.6 测序数据分析及存贮 |
| 2.1.7 群体及SNPs检测 |
| 2.1.8 群体遗传距离分析 |
| 2.1.9 群体遗传分化 |
| 2.1.10 群体遗传结构分析 |
| 2.1.11 群体迁移分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 测序数据分析结果 |
| 2.2.2 SNPs的数量和频率分布 |
| 2.2.3 金华猪与其它群体间的遗传距离 |
| 2.2.4 群体间遗传分化结果 |
| 2.2.5 群体遗传结构结果 |
| 2.2.6 群体迁移分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 金华猪的基因组测序及遗传变异检测 |
| 2.3.2 金华猪在遗传资源分类的地位 |
| 2.4 小结 |
| 3 金华猪的分子种质特性研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 基因组结构分析 |
| 3.1.2 基因组功能分析 |
| 3.1.3 金华猪群体内选择信号检测 |
| 3.1.4 群体间选择信号检测 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 SNPs在基因组上的分布 |
| 3.2.2 群体单倍型块构建 |
| 3.2.3 群体ROH分布 |
| 3.2.4 金华猪群体内选择信号分析 |
| 3.2.5 群体间选择信号分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 基因组结构上的分析 |
| 3.3.2 选择信号分析 |
| 3.4 小结 |
| 4 金华猪易感猪支原体肺炎遗传机制的研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 生物信息学挖掘方法 |
| 4.1.2 全基因组关联分析 |
| 4.2 结果与讨论 |
| 4.2.1 生物信息学挖掘结果 |
| 4.2.2 全基因组关联分析结果 |
| 4.2.3 候选基因的验证 |
| 4.3 小结 |
| 5 金华猪保种效果分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 基于系谱的近交系数计算 |
| 5.1.2 繁殖性能育种值评估 |
| 5.1.3 在群金华猪近交系数、亲缘系数计算和群体结构分析 |
| 5.1.4 在群金华猪群体有效含量估计 |
| 5.1.5 群体遗传多样性分析 |
| 5.1.6 遗传近交程度估计 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 金华猪历年近交系数变化 |
| 5.2.2 金华猪历年繁殖性能变化 |
| 5.2.3 在群金华猪近交系数、亲缘系数和群体结构 |
| 5.2.4 在群金华猪群体有效含量 |
| 5.2.5 群体遗传多样性分析结果 |
| 5.2.6 群体近交程度估计 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 6 金华猪的最宜杂交配套模式 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 杂种优势预测方法 |
| 6.1.2 配合力测定试验方法 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 杂种优势预测结果 |
| 6.2.2 配合力测定试验结果 |
| 6.3 讨论 |
| 6.3.1 杂种优势预测 |
| 6.3.2 配合力测定试验 |
| 6.4 小结 |
| 7 结语 |
| 7.1 具体工作及结果 |
| 7.2 论文创新点 |
| 7.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 论文中的附表 |
| 附录2 论文中其它附件 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间取得的主要成果 |
| 学术论文 |
| 专利 |
（4）成都麻羊保种及选育效果分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 前言 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 中国山羊产业现状 |
| 1.1.1 山羊存栏数与产品产量 |
| 1.1.2 山羊遗传资源 |
| 1.1.3 肉用山羊产业发展及存在的问题 |
| 1.2 四川省肉用山羊产业现状 |
| 1.2.1 四川省肉羊生产和遗传资源 |
| 1.2.2 四川省肉羊产业发展的局限条件 |
| 1.2.3 四川省肉用山羊遗传资源保护 |
| 1.2.4 肉用山羊遗传资源保护中存在的问题 |
| 1.2.5 肉用山羊遗传资源保护对策 |
| 1.3 成都麻羊保种及选育现状 |
| 1.3.1 成都麻羊的品种特征和生产性能 |
| 1.3.2 成都麻羊的种质资源保护现状 |
| 1.3.3 成都麻羊保种面临的问题 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 试验地点 |
| 2.2 饲养方式 |
| 2.3 试验材料 |
| 2.4 保种、选育的方法与措施 |
| 2.4.1 保种的方法与措施 |
| 2.4.2 选育的方法与措施 |
| 2.5 主要性能指标及测定方法 |
| 2.5.1 生长性能测定方法 |
| 2.5.2 繁殖性能测定方法 |
| 2.5.3 产肉性能测定方法 |
| 2.6 保种群群体遗传结构分析 |
| 2.6.1 样本信息 |
| 2.6.2 DNA提取及RAD文库构建 |
| 2.7 数据的统计分析 |
| 2.7.1 生产性能数据的分析 |
| 2.7.2 简化基因组测序数据的分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 保种效果分析 |
| 3.1.1 体型外貌变化 |
| 3.1.2 生长性能 |
| 3.1.3 繁殖性能 |
| 3.2 保种群群体遗传结构分析 |
| 3.2.1 测序数据统计 |
| 3.2.2 基因分型 |
| 3.2.3 群体杂合度分析 |
| 3.2.4 主成分分析 |
| 3.2.5 聚类分析 |
| 3.2.6 遗传相关性分析 |
| 3.3 选育效果分析 |
| 3.3.1 生长性能 |
| 3.3.2 繁殖性能 |
| 3.3.3 产肉性能 |
| 4 讨论 |
| 4.1 成都麻羊的保种与选育 |
| 4.2 保种与选育的关系 |
| 4.3 成都麻羊保种与选育的建议 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 作者简历 |
（5）肉兔核心群的建立和选育（论文提纲范文）
| 1 核心群的近交增量 |
| 2 核心群育种体系的建立 |
| 3 核心群的选种与选配 |
| 4 小结 |
（7）晋江马遗传资源调查及保种措施（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1 我国马匹遗传资源 |
| 2 我国马业的发展 |
| 2.1 马的起源与演化 |
| 2.2 我国马的优良品种 |
| 2.2.1 蒙古马 |
| 2.2.2 哈萨克马 |
| 2.2.3 河曲马 |
| 2.2.4 西南马 |
| 2.2.5 藏马 |
| 2.2.6 伊犁马 |
| 2.2.7 三河马 |
| 2.2.8 晋江马 |
| 2.3 我国的休闲骑乘市场 |
| 3 我国马的保种与选育 |
| 3.1 马的保种 |
| 3.1.1 保种理论 |
| 3.1.2 马的保种方法 |
| 3.1.3 加强对马地方品种保护区、保种场的建设 |
| 3.1.4 地方品种马的资源调查 |
| 3.1.5 建立科学的选种选配制度 |
| 3.1.6 加强人才队伍培养和加强宣传让人们群众增强保种意识 |
| 3.2 马的选育 |
| 3.2.1 选育肉用马 |
| 3.2.2 选育乳用马 |
| 3.2.3 选育旅游用马 |
| 3.2.4 选育竞技马 |
| 3.3 马繁殖育种的先进技术 |
| 3.3.1 马的人工授精技术 |
| 3.3.2 马的同期发情和排卵控制技术 |
| 3.3.3 马的胚胎移植 |
| 3.4 总结 |
| 4 晋江马品种保护与研究利用现状 |
| 4.1 建立保种场 |
| 4.2 建立保护区 |
| 4.3 技术措施 |
| 4.3.1 保种场采用“本品种选育”的繁育方法 |
| 4.3.2 保护区采取“大群体随机保种法” |
| 4.3.3 中远期规划 |
| 第二章 晋江马遗传资源调查 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果与讨论 |
| 2.1 产区自然生态条件及对晋江马形成的影响 |
| 2.1.1 地势、海拔、经纬度 |
| 2.1.2 气候条件 |
| 2.1.3 水源及土质 |
| 2.1.4 土地利用情况,耕地及草地面积 |
| 2.1.5 农作物、饲料作物种类及生产情况 |
| 2.1.6 品种对当地条件的适应性及抗病力 |
| 2.1.7 近十年来生态环境变化情况 |
| 2.2 品种来源与发展 |
| 2.2.1 品种来源 |
| 2.2.2 群体(纯种)数量 |
| 2.3 近15年晋江马消长形势 |
| 2.3.1 数量规模变化 |
| 2.3.2 品质变化分析 |
| 2.3.3 濒危程度 |
| 2.4 体型外貌 |
| 2.5 体尺和体重 |
| 2.6 生产性能 |
| 2.6.1 乘骑速力 |
| 2.6.2 耕犁性能 |
| 2.6.3 最大挽力 |
| 2.6.4 挽曳性能 |
| 2.7 繁殖能力 |
| 2.8 饲养管理 |
| 3 对晋江马品种的评价和展望 |
| 第三章 晋江马保种技术方案 |
| 1 晋江马保护区保种技术路线 |
| 1.1 建立符合要求的保种群 |
| 1.2 采用“大群体随机保种”方法 |
| 1.3 确定科学的选种选配制度 |
| 1.4 采取保种与选育利用相结合的措施 |
| 1.5 做好种公马养殖户的管理工作 |
| 1.6 开展品种登记 |
| 2 晋江马选育目标 |
| 3 种马场建设方案 |
| 3.1 建设内容与规模 |
| 3.2 规划与布局 |
| 3.3 场址选择 |
| 3.4 主要建筑与设施 |
| 3.4.1 马舍(马厩) |
| 3.4.2 其它建筑 |
| 3.4.3 主要设施 |
| 3.5 环境保护及治理措施 |
| 4 保种技术路线 |
| 4.1 建立保种群(建系) |
| 4.1.1 种马的收集 |
| 4.1.2 种马的整理 |
| 4.2 加强饲养管理 |
| 4.3 马的选种与选配 |
| 4.3.1 选种 |
| 4.3.2 选配 |
| 4.3.3 保种场繁育方案 |
| 4.4 保种场有关技术规范 |
| 4.4.1 生产性能测定 |
| 4.4.2 个体鉴定 |
| 4.4.3 留种方式 |
| 4.4.4 登记体系建立 |
| 5 小结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（8）彭县黄鸡产业化现状、问题及对策（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.研究背景 |
| 2.研究的目的和意义 |
| 3.研究主要内容和方法 |
| 3.1 研究主要内容 |
| 3.2 研究方法 |
| 第二章 彭县黄鸡的品种特性 |
| 1.彭县黄鸡形成的自然条件和历史背景 |
| 1.1 自然地理条件 |
| 1.2 彭县黄鸡的品种形成 |
| 2.彭县黄鸡品种特性 |
| 2.1 体型外貌 |
| 2.2 生产性能 |
| 第三章 彭县黄鸡保种和开发及生产现状 |
| 1.彭县黄鸡保种和开发现状 |
| 1.1 核心群体规模扩大,摆脱濒临灭绝危险 |
| 1.2 与高校合作,为开发利用提供技术保障 |
| 1.3 修建现代化保种场,为开发利用提供硬件保障 |
| 1.4 组建彭县黄鸡选育基础群,开始进行世代繁育 |
| 1.5 开展基础研究,探明彭县黄鸡起源进化关系 |
| 1.6 系统开展测定,掌握彭县黄鸡基础生产性能 |
| 1.7 开展创新研发,提高保种选育科技水平 |
| 1.8 研制产品,逐步进行彭县黄鸡开发利用 |
| 2.彭县黄鸡生产现状 |
| 2.1 彭县黄鸡养殖分布及规模 |
| 2.2 彭县黄鸡销售现状 |
| 第四章 彭县黄鸡产业化存在的问题 |
| 1.彭县黄鸡保种与利用存在的问题 |
| 1.1 群体近交繁殖,种质资源特性逐年丢失 |
| 1.2 彭县黄鸡遗传特性尚需进行系统研究 |
| 1.3 生产性能较低,缺乏市场竞争力 |
| 1.4 彭县黄鸡饲养管理标准欠缺 |
| 1.5 现场人员技术力量较弱 |
| 1.6 彭县黄鸡开发资金缺口较大 |
| 2.彭县黄鸡农户养殖过程中存在的问题 |
| 2.1 农村养殖户养殖素质普遍不高 |
| 2.2 鸡舍不规范,卫生条件差 |
| 2.3 饲喂方法不当,营养不全面 |
| 2.4 防病治病的观念淡薄 |
| 2.5 管理粗放,养殖效益低 |
| 3.彭县黄鸡产业化开发存在的问题 |
| 3.1 龙头企业实力不强,辐射带动能力较弱 |
| 3.2 未形成产业利益共同体,市场风险应对能力较弱 |
| 3.3 缺乏以彭县黄鸡为原料的加工企业,加工转化严重滞后 |
| 3.4 市场不成熟,信息不灵通 |
| 3.5 产业发展经费投入不足,品牌优势难以充分发挥 |
| 第五章 彭县黄鸡产业发展思路及对策 |
| 1.彭县黄鸡产业发展目标 |
| 2.彭县黄鸡产业发展思路 |
| 3.彭县黄鸡产业发展举措 |
| 3.1 加强组织领导,出台扶持政策,健全产业管理服务体系 |
| 3.2 深入开展资源调查,注重种群遗传结构,保持遗传特性 |
| 3.3 着力产品研发,提高彭县黄鸡生产性能 |
| 3.4 抓好基地建设,示范带动,扩大养殖规模 |
| 3.5 培育龙头企业,增强产业带动辐射功能 |
| 3.6 加大宣传力度,保护并弘扬彭县黄鸡品牌 |
| 第六章 结论与展望 |
| 1.结论 |
| 2.展望 |
| 3.创新点 |
| 4.不足之处 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（9）基于R语言的水产良种的选配、保种管理的实现及应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词中英文对照表 |
| 绪论 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 国内外水产种业的现状 |
| 1.1 我国渔业种业的现状 |
| 1.2 国际种业管理的现状及启示 |
| 1.3 种业技术研发 |
| 2 我国水产种质资源保护和利用情况 |
| 2.1 原良种场概况 |
| 2.2 育种实用技术 |
| 2.3 发展现代种业 |
| 3 R语言在种质资源管理中的应用 |
| 4 本文研究的内容 |
| 参考文献 |
| 第二章 基于家系选育的BLUP选配计划制定的R实现 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 BLUP选育配套脚本开发平台 |
| 2.2 BLUP选育配套脚本的编写思路 |
| 2.3 BLUP选育配套脚本的测试 |
| 2.3.1 测试鱼类概况 |
| 2.3.2 数据资料收集 |
| 2.3.3 收集数据的核对 |
| 2.3.4 数据集数据处理原则 |
| 2.3.5 数据分析模型的获得 |
| 2.3.6 选配计划的输出 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 BLUP选育配套脚本编写 |
| 3.1.1 育种值计算前使用的i2016Tilapia.R数据整合和模型建立脚本 |
| 3.1.2 育种值计算后使用的Mating_breeding_2016Carp05.R配套脚本 |
| 3.2 BLUP选育配套脚本的测试结果 |
| 3.2.1 鲤鱼和罗非鱼育种数据整合 |
| 3.2.2 育种模型的获得 |
| 3.2.3 育种值与原始值的整合 |
| 3.2.4 选配计划的制定 |
| 4 讨论 |
| 4.1 育种中使用的混合线性模型 |
| 4.2 育种辅助配套脚本的实用性 |
| 4.3 与育种相关的R软件包的应用 |
| 4.4 几个重要的分析节点 |
| 参考文献 |
| 第三章 叠代保种和离散随机保种两种保种方式模拟的R实现及应用 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 编程平台及使用软件 |
| 2.2 本文的假设 |
| 2.3 起始群体模拟的参数设置 |
| 2.4 瓶颈分析 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 用于保种的配套脚本 |
| 3.2 基础种群的产生 |
| 3.3 新一代的产生 |
| 3.4 保种群体的瓶颈分析 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 第四章 建立的育种配套技术在黄河鲤新品系选育中的应用 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验动物 |
| 2.2 G3代黄河鲤的选育方法 |
| 2.3 G3代苗种培育和个体标记 |
| 2.4 G3代黄河鲤生长性能测定 |
| 2.5 数据分析 |
| 3 结果分析 |
| 3.1 G2代黄河鲤数据的整合 |
| 3.2 G3代黄河鲤新品系选育所用模型选择 |
| 3.3 G3代黄河鲤新品系选配计划 |
| 3.4 G3代黄河鲤新品系养殖实验数据采集 |
| 3.5 G3代黄河鲤新品系选育结果分析 |
| 3.6 G3代黄河鲤新品系对高碳水化物的适应性生长 |
| 3.7 使用R选育配套脚本所需时间 |
| 4 讨论 |
| 参考文献 |
| 全文结论 |
| 创新点 |
| 致谢 |
| 附录 |
（10）猪近交系数计算软件设计与使用（论文提纲范文）
| 1 运行环境 |
| 1.1 硬件 |
| 1.2 软件 |
| 2 软件设计 |
| 2.1 总体结构 |
| 2.2 数据库设计 |
| 2.3 近交系数计算模块 |
| 3 软件使用 |
| 3.1 用户登陆 |
| 3.2 原始数据的编辑 |
| 3.3 个体近交系数的计算 |
| 3.4 群体近交系数的计算 |
四、畜禽群体近交程度分析与选配决策系统研制（论文参考文献）
- [1]基于基因组信息的北京油鸡保种效果分析[D]. 王海龙. 中国农业科学院, 2021
- [2]蓝狐、银狐、貉优质种源数据管理系统研制[D]. 武晓宇. 东北林业大学, 2021(08)
- [3]基于基因组信息对金华猪种质特性及其保护、利用的研究[D]. 徐忠. 上海交通大学, 2020
- [4]成都麻羊保种及选育效果分析[D]. 王梅. 四川农业大学, 2019(06)
- [5]肉兔核心群的建立和选育[J]. 张翔宇,杨超. 中国养兔, 2019(01)
- [6]肉兔核心群的建立和选育[A]. 张翔宇,杨超. 第八届（2018）兔业发展大会论文集, 2018
- [7]晋江马遗传资源调查及保种措施[D]. 曾国榕. 福建农林大学, 2018(01)
- [8]彭县黄鸡产业化现状、问题及对策[D]. 陈建菊. 四川农业大学, 2017(01)
- [9]基于R语言的水产良种的选配、保种管理的实现及应用[D]. 王辉微. 南京农业大学, 2017(07)
- [10]猪近交系数计算软件设计与使用[J]. 王学敏,任守文,方晓敏,李碧侠,赵为民,付言峰,葛云山. 湖北畜牧兽医, 2015(12)