一、好氧不产氧光合异养细菌定量方法研究（论文文献综述）
陈瑶,张瑶,焦念志[1]（2021）在《台湾海峡南部海域好氧不产氧光合异养细菌对上升流的响应》文中进行了进一步梳理国内外关于好氧不产氧光合异养细菌（AAPB）和上升流之间关系的研究甚少。本文采用"基于蓝细菌校正的时序红外显微技术"研究了台湾海峡南部近岸上升流中心区AAPB对上升流变化的响应。研究结果发现,在上升流涌升的初始阶段,AAPB和总异养细菌丰度较低;随着上升流的发展,两者丰度均增加并在上升流的成熟期达到最高值;而当上升流衰退时,AAPB和总异养细菌丰度开始下降。在上升流发展过程中,AAPB丰度与叶绿素a浓度在一定范围内呈显着正相关,但同时受环境低磷浓度的限制,总异养细菌丰度与氮、磷、硅营养盐均有显着正相关,表明叶绿素a指示的浮游植物所释放的溶解有机碳和环境中的磷限制可能对AAPB起着更为直接和重要的作用,而营养盐则可能在总异养细菌对上升流的响应中起着重要作用。本研究有助于我们理解AAPB在碳及其他生源要素循环中的作用及其调控机制。
张海涵,王燕,刘凯文,黄廷林,李楠,杨尚业,司凡,苗雨甜,黄鑫,张梦瑶[2]（2020）在《水域生境好氧不产氧光合细菌（AAPB）研究进展》文中进行了进一步梳理好氧不产氧光合细菌（aerobic anoxygenic photosynthesis bacteria,AAPB）是广泛分布于海洋、湖泊及河流等典型水域生境中的异养原核生物,能够以环境中有机物为营养物质来获取细胞生长及代谢所需的能量,同时借助自身独特的菌绿素完成光合作用产能但不合成氧气,在物质循环与能量流动中扮演着重要角色.近年,越来越多的AAPB种属被陆续报道,基于光合基因,例如光合反应中心M亚基（pufM）的分子系统发育分析显示,大部分AAPB属于α-、β-及γ-变形菌,且丰度及多样性随生境的不同而呈现时空地理格局异质性.本文对AAPB的栖息环境与生长特性、丰度与分布、生态功能以及环境驱动因子等方面的研究进展进行了回顾和综述.目前,针对水库生态系统AAPB的研究鲜见报道,作者建议开展水库生境中AAPB多样性分布、环境驱动因素及生态功能研究,丰富对于水生生态系统中功能微生物种群生态结构与代谢功能的认识.
胡欣[3]（2020）在《基于绿色荧光蛋白的多硫化物敏感型探针的构建及其在海洋细菌硫代谢研究中的应用》文中研究说明自然界中的硫循环与碳循环、氮循环紧密相关,它们通过各种生物地球化学过程耦合链接。海洋微生物由于其丰度高、分布广、代谢途径多样、适应性强,因此在硫循环和碳、氮循环的耦合及相关生物地球化学循环中发挥至关重要的作用。当前,许多沿海地区饱受低氧/缺氧等生态灾害的困扰,其特征之一是有毒硫化氢的产生和积累。近年来,一系列研究表明:异养细菌的异化型硫氧化过程,对保护海洋生态系统免受硫化氢的毒害具有积极作用。多硫化物是硫氧化代谢过程中的重要中间产物,是硫循环的重要组成部分,已在微生物席、热液喷口、沉积物和水柱等生态系统中被发现,广泛存在于多种海洋生境中,在许多生物地球化学过程中发挥着多种重要作用。多硫化物包括H2Sn（n≥2）、RSnH（n≥2）和RSnR（n≥ 3）,普遍存在于原核和真核细胞内,是硫化物氧化的中间产物。这类化合物一般具有链状结构,含有一种被称为“零价硫”或“硫烷硫”或“硫代亚砜硫”的硫原子,易于异构形成硫代亚砜结构,产生一个活性“单态硫”,具有亲电性和亲核性。硫代亚砜键的不稳定性可使硫烷硫原子可逆性地结合蛋白巯基或二硫键。在生理条件下,过硫化物的酸性比硫醇强,硫醇主要以质子化的形式存在,而过硫化物则以去质子化阴离子的形式存在。过硫自由基上的奇数电子和邻近硫原子易于形成稳定的共振结构,使得过硫化物中的氢原子较容易电离。多硫化物的结构特点,使其在自然界的硫循环中发挥着重要作用,可以选择性地氧化、还原或歧化,参与了包括黄铁矿的形成、有机物的硫化、还原性硫物质间的同位素交换和金属螯合等多种环境相关的过程。多硫化物在生理活动中也起着重要的作用,包括诱导Ca2+代谢流、调控肿瘤抑制因子磷酸化酶、维持胞内的氧化还原状态等,也是线粒体产能代谢的有效调节因子。细胞内超过40%的蛋白通过自身的巯基化修饰参与胞内的代谢过程,而高水平的多硫化物既可以维持蛋白的过硫化修饰,又可以增强细胞的抗氧化作用。此外,活性硫物质（RSS）包括多硫化物、过硫化物等含硫有机小分子,与活性氧物质（ROS）的化学结构和代谢过程相似,RSS比ROS具有更多化学和生物化学多样性,许多ROS的检测方法对RSS更为敏感,这暗示着RSS在细胞内的信号转导中有广泛的作用,RSS作为氧化还原敏感型蛋白的调节因子可能比ROS更有效。RSS的这些特征,以及它们在进化中的重要作用,使它们成为近年来的研究热点。深入研究多硫化物在微生物中的代谢机制,无论对海洋生态系统的保护还是对生理过程的分析都是极其重要的。目前对于多硫化物的研究进展相对缓慢,原因之一是没有合适的可以在细胞内定位并进行实时定量检测多硫化物水平的方法。因此构建高效、高选择性、高灵敏性和响应快速的定量检测多硫化物的方法是目前亟待解决的问题。基于绿色荧光蛋白（GFP）的基因编码氧化还原探针不需破坏细胞结构,具有灵敏度高、选择性好、信噪比低等优点而被广泛应用。本论文基于绿色荧光蛋白（GFP）,构建了一种实时、动态、可定位于亚细胞结构的多硫化物敏感型探针psGFPs。应用该探针,研究了大肠杆菌Escherichia coli和酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae BY4742亚细胞区域多硫化物的分布。为了进一步提高多硫化物探针的灵敏度,选择合适的硫转移酶,构建了融合蛋白探针,分析研究了影响融合蛋白探针功能的若干因素。以海洋玫瑰杆菌Ruegeria pomeroyi DSS-3为模式菌,深入分析了有机硫和无机硫的转化机制。1.通过定点突变改变氧化还原敏感型绿色荧光蛋白roGFP表面两个半胱氨酸之间的距离,使其在氧化状态下形成多硫键而不是二硫键,首次构建了多硫化物敏感型绿色荧光蛋白探针psGFP1.1,该探针为比率型探针,标准中点电位为-318mV,具有氧化还原反应可逆性,在生理条件下,408/488比值受pH的影响较小,不受ROS干扰,能够特异性的感应多硫化物,可实现细胞器水平的定位,实时、动态检测胞内多硫化物水平的变化。与之前报道的探针相比,具有明显的优势。以E.coli为模式生物,应用psGFP1.1探针分析了E.coli生长周期中胞内多硫化物水平的动态变化。结果表明,在对数早期,内源性多硫化物含量较低,之后逐渐升高,在对数末期含量最高,在稳定期开始降低、逐渐趋于平衡。这一结果与SSP4探针一致。胞内的多硫化物水平与细菌的生长阶段有关,探针的氧化态比例从20%升高至60%,表明多硫化物可能参与了生长阶段相关的基因表达和酶活性的调控。以S.cerevisiae BY4742为模式生物,应用psGFP1.1探针分析了细胞质、线粒体和过氧化物酶体中的多硫化物水平。与E.coli不同,在延滞期和对数早期,多硫化物含量较高,之后逐渐降低,在对数末期降为最低,而稳定期有所升高。在延滞期和对数早期,过氧化物酶体中多硫化物含量低于细胞质和线粒体,而在稳定期则情况相反。这说明多硫化物在亚细胞结构中分布不均匀,胞内多硫化物可能具有多种来源和功能。CBS和CSE是两种主要利用胱氨酸产生多硫化物的酶,而3MST和CARS主要利用半胱氨酸产生多硫化物。用胱氨酸处理S.cerevisiae细胞悬液,细胞质、线粒体和过氧化物酶体中多硫化物水平显着升高,过氧化物酶体中升高最多。而用半胱氨酸处理S.cerevisiae细胞悬液,多硫化物在过氧化物酶体中没有变化,在细胞质和线粒体中明显增加。2.为进一步提高psGFP探针的检测效率,将psGFP蛋白与具有硫转移酶活性的DUF442和Rd12蛋白通过一段链接肽连接起来,首次构建了DUF442-psGFP和Rd12-psGFP融合蛋白探针。通过体外实验检测了探针感应不同硫烷硫的能力,对比分析了融合蛋白探针和未融合的psGFP探针活性的差异,Rd12-psGFP探针有明显的改进,检测效率相对提高。讨论了影响融合蛋白活性的因素,为探针的进一步改造和优化提供了依据。融合蛋白DUF442-psGFP、Rd12-psGFP和未融合的psGFP蛋白经DTT、HSSH、S8、Me-SSS-Me和硫代硫酸钠处理后,三种蛋白的反应趋势基本一致,均能被HSSH和S8氧化,均能轻微地感应Me-SSS-Me,均不能和硫代硫酸钠反应。DUF442和Rd12蛋白的融合对psGFP蛋白的活性影响较小。与psGFP蛋白相比,Rd12-psGFP融合蛋白感应HSSH和S8的能力小幅度提高;DUF442-psGFP融合蛋白感应Me-SSS-Me的能力有一定增强。DUF442和Rd12蛋白具有硫转移酶的活性,能够将硫烷硫从合适的硫供体上转移至新的硫受体上。但实验中DUF442-psGFP和Rd12-psGFP融合蛋白均不能感应硫代硫酸钠,感应HSSH的能力与未融合的psGFP蛋白相比没有明显提高,说明融合后的Rd12或DUF442未能将硫烷硫从硫代硫酸钠或HSSH转移给psGFP,没有明显的催化活性。详细分析了影响融合蛋白活性的因素,包括融合蛋白的结构域顺序、氧化还原酶的活性、链接肽的设计以及氧化还原酶和荧光蛋白之间的位置关系等。3.首次检测了玫瑰杆菌R.pomeroyi DSS-3胞内的多硫化物水平,证实了 R.pomeroyi DSS-3转化有机或无机硫源的过程中产生了多硫化物,并可将多硫化物氧化生成硫代硫酸盐。这表明在有机硫化物和还原态无机硫化物之间的转化过程中,多硫化物可能是重要的中间产物,玫瑰杆菌发挥了主要的物质转化作用。研究了R.pomeroyi DSS-3生长周期中胞内多硫化物水平和氧化还原状态的变化。psGFP1.1和roGFP2探针成功地在R.pomeroyi DSS-3胞内表达。胞内多硫化物水平和氧化还原状态与海洋玫瑰杆菌的生长阶段有关,多硫化物参与了与生长阶段相关的基因表达和酶活性的调控,并且伴随胞内氧化还原状态的变化。在硫氧还蛋白系统和谷胱甘肽系统的作用下,胞内多硫化物水平在稳定期下降并逐渐趋于稳定,达到动态平衡。研究了R.pomeroyi DSS-3转化有机或无机硫源的能力。R.pomeroyi DSS-3转化半胱氨酸、甲硫氨酸、丙酮硫（S8）和DMSP的过程中,胞内均有多硫化物产生,且多呈现先升高后降低的趋势,转化丙酮硫（S8）产生的多硫化物水平最高。R.pomeroyi DSS-3具有将有机或无机硫源转化为多硫化物的能力,而且在转化有机或无机硫源生成多硫化物的过程中伴随着胞内氧化还原状态的变化。研究了R.pomeroyi DSS-3转化有机或无机硫源过程中的代谢产物,分析了代谢机制。R.pomeroyi DSS-3转化半胱氨酸、硫氢化钠和丙酮硫（S8）可产生硫代硫酸盐,且转化半胱氨酸产生的硫代硫酸盐最多,转化甲硫氨酸和DMSP不产生硫代硫酸盐。在实验中发现R.pomeroyi DSS-3内并不积累亚硫酸盐,这可能是由于细菌内多硫化物氧化速率较慢,氧化生成的亚硫酸盐与积累的多硫化物迅速反应生成硫代硫酸盐。综上所述,本论文构建了基于绿色荧光蛋白的多硫化物敏感型比率探针,可以实时、动态检测亚细胞区域的多硫化物水平,为检测胞内多硫化物水平提供了有效工具。应用该探针,研究了E.coli和S.cerevisiae BY4742亚细胞区域多硫化物的分布。为提高探针的灵敏度,选择合适的硫转移酶,构建了融合蛋白探针,分析了影响融合蛋白探针功能的若干因素。以海洋玫瑰杆菌R.pomeroyi DSS-3为模式菌,检测了 R.pomeroyi DSS-3胞内的多硫化物水平,证实了 R.pomeroyi DSS-3转化有机或无机硫源的过程中产生了多硫化物,深入分析了有机硫和无机硫的转化机制。海洋细菌硫代谢途径的研究,可深入理解海洋细菌在硫循环中的生态作用,有助于解析环境条件变化对海洋硫循环的影响,为研究海洋硫循环和碳循环的耦合提供理论依据。
王燕[4]（2020）在《水源水库好氧不产氧光合细菌种群结构与脱氮特性研究》文中研究说明好氧不产氧光合细菌（aerobic anoxygenic photosynthetic bacteria,AAPB）已成为水圈微生物生态热点研究领域,AAPB能够吸取环境中的有机质来维持细胞的生长与代谢,同时借助自身独特的菌绿素进行产能不产氧光合作用,在水体物质循环与能量流动中扮演着重要角色。AAPB以较高的丰度广泛分布于海洋、湖泊及河流等典型水圈生境中,近年来,越来越多的AAPB种属陆续被发现报道,基于对光合基因puf M的系统发育分析,大部分AAPB属于α-、β-及γ-变形菌,其丰度及组成随栖息环境不同而呈现出较大的差异性,但关于水源水库水体中AAPB的相关研究却鲜见报道。本研究以陕西省金盆和李家河水源水库为研究对象,在分析水库水体水质参数的基础上,结合q PCR及Illumina Mi Seq高通量测序技术对样本puf M功能基因进行绝对定量,解析水源水库水体AAPB种群结构,探究水库水体AAPB种群结构及多样性的时空演替特征,结合冗余分析方法揭示水质参数对其群落结构组成影响规律,以期对解析分层型水库水体AAPB丰度和多样性的时空变化特征提供指导意义,并为探索AAPB种群结构的水环境驱动因素提供理论依据。为研究AAPB混合菌群的脱氮特性,从源水中对AAPB混合菌群进行筛分,计算其脱氮效率,获得三组高效脱氮除碳AAPB混合菌群,采用DNA测序技术分析其群落结构组成及变化（基于puf M功能基因）,结合共生网络分析方法（Network）揭示不同属间互作及共生关系,通过计算三组AAPB菌群对源水中氮和碳的去除效率来评估它们在源水中的适应性及应用性。研究结果包括:（1）金盆水库自然混合期,AAPB丰度变化范围为（6.70±0.43）×103～（2.69±0.15）×104 copies m L-1,优势AAPB菌属为慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium sp.）和甲烷菌属（Methylobacterium sp.）,不同属间存在较强的互作关系,其种群结构主要受水温（T）、总氮（TN）、硝氮（NO3--N）和光照强度显着影响,且由环境因素综合调控。（2）基于puf M功能基因的测序结果表明,金盆水库热分层形成期及稳定期AAPB菌属组成更为复杂,主要包括慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium sp.）、甲烷菌属（Methylobacterium sp.）,鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas sp.）和Limnohabitans sp.属,且丰度时空分布差异显着。共生网络分析结果表明,不同AAPB属间互作关系复杂多变。（3）李家河水库AAPB种属组成及丰度较金盆水库差异显着,优势菌属为甲烷菌属（Methylobacterium sp.）和Limnohabitans sp.,此外,也发现了丰度较高的AAPB菌属,主要包括芽单胞菌属（Blastomonas sp.）、假单胞菌属（Pseudomonas sp.）和慢生根瘤菌属,且优势菌属间交互关系复杂着。（4）成功从源水中筛选出三组高效脱氮除碳AAPB混合菌群LH19、LB20和LH21,其溶解性总氮（TDN）去除率分别为87.25%、87.30%、和88.45%;NO3--N去除率分别为93.68%、93.37%和94.97%;溶解性有机碳（DOC）去除率分别为99.11%、99.14%和99.30%。puf M功能基因测序表明不同菌群AAPB类群组成及其相对丰度随培养时间变化而差异显着,如菌群LB20在9 h时以慢生根瘤菌（Bradyrhizobium sp.）为优势菌（39.50%）,而在48 h时以Roseateles depolymerans为优势菌（42.10%）。网络分析表明,不同菌属间互作关系复杂,如菌群LB20中的组分L.planktonicus与甲烷菌属（Methylobacterium sp.）呈正相关,与Rubrivivax gelatinosus呈负相关,这种关系驱动着菌群TDN和NO3--N的去除效率。（5）菌群LH19、LB20和LH21对源水溶解性总氮（TDN）去除率分别为24.89%、27.04%、和22.33%;NO3--N的去除率分别为31.00%、35.60%和30.40%;DOC的去除率分别为28.22%、31.17%和25.59%,显着高于某些已报道的好氧反硝化菌。
张海涵,王燕,黄廷林,王晨旭,路林超,司凡,李楠,刘凯文,闫苗苗,苗雨甜[5]（2020）在《分层型水库水体好氧不产氧光合细菌时空演替特征》文中研究说明好氧不产氧光合细菌（aerobic anoxygenic photosynthesis bacteria,AAPB）以多样的群落结构及独特的代谢功能在水体物质循环中扮演着重要角色.基于实时荧光定量PCR及Illumina MiSeq高通量DNA测序技术研究金盆水库水体中AAPB丰度及群落结构时空演替特征,结合冗余分析揭示环境因子对其群落结构影响规律.结果表明,金盆水库水体AAPB丰度（以pufM基因计）变化范围为（6.70±0.43）×103～（2.69±0.15）×104 copies·mL-1,最大值出现于10月,且随水深增加而减小.样本主要归为19个属（除未分类菌属外）,优势AAPB菌属包括慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium sp.）和甲烷菌属（Methylobacterium sp.）,两者隶属α-变形菌（α-Proteobacteria）,其中慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium sp.）占比于11月最高,高达60%以上（除10 m外）,此外也发现了以低比例存在的红长命菌属（Rubrivivax sp.）,隶属β-变形菌（β-Proteobacteria）.AAPB不同属间存在较强的互作关系,如红杆菌属（Rhodobacter sp.）与小红卵菌属（Rhodovulum sp.）呈正相关,噬氢菌属（Hydrogenophaga sp.）与慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium sp.）呈负相关等.AAPB种群结构组成及分布差异显着,主要受T、 TN、 NO-3-N和光照强度影响,且由环境因素综合调控.如10月水深0、 5和15 m水体AAPB种群结构受水温（T）、总氮（TN）和总磷（TP）显着影响, 12月水深5 m水体AAPB种群结构受光照强度、pH、溶解氧（DO）和叶绿素a（Chla）显着影响等.研究结果对解析分层型水库水体AAPB丰度和多样性的时空变化特征具有指导意义,并为探索AAPB种群结构的水环境驱动因素提供理论依据.
唐凯[6]（2019）在《生物土壤结皮中好氧不产氧光营养细菌群落结构及其功能研究》文中研究表明荒漠化是人类面临的重大环境问题,严重影响着人类的生活和生产。生物土壤结皮（Biological soil crusts,BSCs）广泛存在于荒漠地区,在荒漠化生态系统遏制荒漠化、植被恢复的初始过程中作用关键。因蓝藻具有固碳、固氮、产胞外多糖等促进BSCs形成和发育的功能,一直以来被认为是BSCs形成的先锋物种。而好氧不产氧光营养细菌（Aerobic anoxygenicphototrophic bacteria,AAnPB）具有与蓝藻类似或相同的功能特征,可能对BSCs的形成和发育有重要贡献。但是,目前还鲜有BSCs中有关AAnPB的研究报道。本论文以内蒙古东、西部主要荒漠为研究对象,利用传统分离培养和高通量测序等技术手段、结合生物信息学分析和微宇宙模拟实验,首先对荒漠地区BSCs中的细菌和AAnPB的丰度、群落结构和组成及影响其群落结构的影响因子进行了研究,之后预测并验证了 AAnPB对BSCs形成和发育的影响;最后对AAnPB菌株B3的进行了多组学分析。主要结果如下:1.BSCs中细菌和AAnPB的丰度、群落结构和多样性及环境影响因子BSCs层细菌16S rDNA拷贝数每克上壤中含108个以上,AAnPB可占到总细菌数量的0.2-0.3%;而分离培养获得的AAnPB可占培养细菌总数的最高比例高达近 12%。分离培养和高通量测序结果均表明,BSCs中细菌属于Proteobacteria等6个门类,优势纲为 Alphaproteobacteria 和 Actinobacteria,优势科 Methylobacteriaceae 和Sphingomonadaceae的相对丰度基本稳定在3 1.5%左右,Sphingomnnas为可培养细菌中的优势属;AAnPB的优势门为Proteobacteria,优势纲为Alpha-和Beta-proteobacteria,优势科Rhodospirillaceae、Acetobacteraceae、Roseiflexaceae,Sphingomonadanceae 和 Methylobacteriaceae,其中 Methvlobacterium（24.14%》,Blastomo%）,s（10.34%）和Sphingomona（10.34%）是可培养 AAnPB 中的优势属。BSCs中细菌与AAnPB群落结构和多样性因时（季节,5月和9月）空（结皮层和下层七壤;不同地理位置）和结皮类型不同而有所差异,尤其是群落结构在东、西部区域差异较大,主要体现在群落的相对丰度上。2.AAnPB对BSCs形成和发育的影响与作用预测所得荒漠地区 BSCs中 AAnPB核心微生物组包括5 个科Methylobacteriaceae、Acetobacteraceae、Burkholderiaceae、Rhodospirillaceae 和Sphingomonadaceae;反接验证实验结果表明,这些微生物在人工环境中对BSCs的形成和发育具有不同程度的促进作用。基于AAnPB可以、而蓝藻等藻类不可以利用近红外光的特点设计的微宇宙模拟实验研究结果表明,添加近红光实验组形成的BSCs较对照组在形成BSCs的厚度、BSCs中有机质含量和微藻的数量分别提高了 24.0%、103.7%和1447.6%。而AAnPB 核心微生物组（Methylobacteriaceae 中的 methylotrophs 类和Sphingomonadaceae中的Sphingomonas）与其它微生物类群数量的增长、有机物等营养物质的积累显着相关（P<0.05）。3.菌株B3全基因组和RubisCo酶活分析AAnPB菌株B3的光合基因簇与其它已知自养或异养光营养细菌具有明显差异,具有完整的卡尔文固碳途径;在寡营养培养条件下,RubisCo酶活力最高可达到18.8μmol/min·g菌体,说明AAnPB可直接参与到荒漠生态系统的“碳汇”过程中。综上,BSCs中的细菌与AAnPB的丰度高,种类丰富,不同类型BSCs间群落结构差异大,原因与地理因素、气候因素和土壤理化性质有关,其中降水量和pH影响最大。核心 AAnPB 物种隶属于 Methylobacteriaceae、Sphingomonadaceae、Burkholderiaceae、Acetobacteraceae 和 Rhodospirillaceae,这些 AAnPB 类群可通过提高BSCs中有机质、速效磷和速效氮的水平,增加藻类和真菌的丰度和多样性,提高BSCs覆盖度和厚度而加速其形成和发育。核心AAnPB菌株B3具有完整光合固碳系统,且具有RubisCo酶的活性。本研究为认识BSCs中AAnPB多样性和功能提供了依据,具有重要的理论意义和实践价值。
信艳杰[7]（2019）在《渔用光合细菌菌剂对水体氮磷营养盐和微生物群落的影响》文中研究表明光合细菌菌剂（Inoculant of photosynthetic bacteria）,是以培养基为原料、活性光合细菌为菌种,经过现代生物工程技术研制而成的一种微生物制剂。因其具有降解养殖环境中有害氮素、硫化氢等有毒有害物质等功能被广泛应用于水产养殖业。然而,经过多年的发展,渔用光合细菌菌剂呈现出产品质量良莠不齐,作用效果难以保证等问题。已有的研究更多地关注高效光合细菌菌株的分离筛选、作用效果等方面,而目前对光合细菌菌剂的组成、作用机制及其在降解水质因子的同时对水体微生物群落影响的研究尚少见报道。本研究选择市场占有率高且市场反映应用效果良好的典型光合细菌菌剂PG作为研究对象,通过显微镜计数法、双层平板培养法、高通量测序法分析菌剂PG的细菌总量、活菌状况、优势菌组成;以荧光定量分析法测定该菌剂中编码氨单加氧酶的amoA基因、编码亚硝酸盐氧化还原酶的nxrA基因及编码亚硝酸盐还原酶的nirS基因的含量,并通过高通量测序法分析携带此功能基因的微生物组成;最后采用实验生态学的方法研究不同初始浓度的光合细菌菌剂PG在低氮弱光、高氮弱光及高氮强光条件下对实验水体氮磷营养盐的作用效果,采用高通量测序技术分析水体微生物群落变化。以期为光合细菌菌剂产品的研发、效果评价,以及实际生产应用等提供参考。具体研究结果如下:1.光合细菌菌剂PG细菌总量为3.25×108个·mL-1;双层平板上有菌落生长;该菌剂PG为包含多菌种的复合菌剂,其主要优势菌为红假单胞菌属（Rhodopseudomonas）菌株,相对丰度达50.58%;其数量为1.64×108个·mL-1。2.菌剂PG中nirS基因含量为5.33×103 copies/μL,但amoA基因和nxrA基因未检出;编码亚硝酸盐还原酶的nirS基因主要存在于假单胞菌属菌株（Pseudomonas）中,其在携带nirS基因的菌群中的相对丰度为96.70%。3.不同的光照和氮浓度条件下,初始菌量为104个·mL-1和106个·mL-1的菌剂PG在实验7 d内对实验水体中氮磷营养盐有一定的降解作用,实验组水体的细菌数量和微生物群落结构也均发生了变化。其中,在低氮弱光条件下,菌剂PG对实验水体中磷酸盐(PO43--P)、硝氮（NO3--N）、亚硝氮（NO2--N）的最大降解率分别为40.98%、28.28%、20.12%,总菌量增长至108个·mL-1,优势菌转变为假单胞菌属;在高氮弱光条件下对氨氮（NH4+-N）、NO2--N、NO3--N、PO43--P的最大降解率分别为33.18%、26.77%、24.16%和45.24%,总菌量增长至108个·mL-1,优势菌转变为副球菌属（Paracoccus）;在高氮强光条件下对NH4+-N、NO2--N、NO3--N、PO43--P的最大降解率分别为18.13%、48.07%、62.97%和8.78%,总菌量增长至108个·mL-1,优势菌转变为副球菌属。以上研究结果表明,菌剂PG为包含多菌种的复合菌剂,其优势菌为红假单胞菌属,其总菌量为3.25×108个·mL-1,与菌剂标签标注有效活菌数相近(5×108CFU·mL-1)。菌剂PG具有降解氨氮和亚硝氮的功能,且在高氮强光条件下（NH4+-N、NO2--N、NO3--N初始浓度在8-13 mg/L之间,光照强度为3000 Lx左右）对亚硝氮、硝氮的降解效果良好;实验水体中氮素的初始浓度在一定程度上会对水体微生物群落结构产生影响,其中高氮条件（NH4+-N、NO2--N、NO3--N初始浓度在8-13 mg/L）下优势菌变为副球菌属,低氮条件下（NH4+-N、NO2--N初始浓度在1-3 mg/L、NO3--N初始浓度在0.5-1.5 mg/L）变为假单胞菌属。从最大降解率来看,除低氮弱光条件下的磷酸盐、高氮弱光条件下的硝氮、高氮强光条件下的氨氮以外,不同初始菌量的菌剂PG对水体无机氮磷的降解效果差异不显着;不同初始菌量的菌剂PG组实验结束时水体微生物群落主要优势菌组成一致。
于奭[8]（2019）在《西江流域河流化学风化及其碳汇效应研究》文中指出河流化学风化过程中所产生的“碳汇效应”是全球大气遗漏汇的主要组成之一,也是全球碳循环研究的重要内容。对西江流域主要支流、干流及两个子流域作为研究对象,通过对研究区定期、高频水化学和同位素组成、功能细菌进行取样、测试分析,重点针对水循环（河流风化碳汇主控因子）、惰性有机碳（岩溶碳汇稳定性）等制约碳汇效应因素进行研究。最终结合不同模型估算西江流域化学风化碳汇的来源比例、最终通量。得到了以下主要研究成果:（1）不同降雨-水文过程中河流化学风化过程受控因素不同,但以水循环控制为主,动态变化过程相似。1)在三个不同的监测期内,无机碳来源主要来源于CCW,CSW及SCW,在较大降雨和流量、低水温情况下,水生植物的碳泵效应可以忽略不计。2)通过研究不同来源无机碳动态贡献率发现,大雨-洪水过程中,DIC源自CSW较低,始终维持在2.6%左右,碳酸参与碳酸盐岩风化和外源酸参与的碳酸盐岩风化对总无机碳的贡献率呈明显的负相关,前者平均为后者的三倍。暴雨-极端洪水过程中,三个断面的CSW对DIC贡献率除了洪峰时段有较大幅度上升,其余时段变幅较小,指示碳酸参与的硅酸盐岩风化产生的无机碳相对而言较为稳定;CCW对DIC贡献率变化趋势总体类似,呈现出贡献速率随着流量的增加而变大,并在洪峰前速率达到最大,显示研究区岩溶发育强烈,降雨通过各种形式进入岩溶管道、裂隙中并快速的反应进而达到最大值的阈值。SCW与CCW贡献率变化趋势较为类似。小雨-平水过程中CCW对DIC动态贡献率的变幅明显要大,指示碳酸可能受到水循环、脱气作用、生物光合作用所影响。3)通过质量平衡法计算无机碳通量动态贡献率和无机碳通量。三个不同的降雨-水文过程中,由于水循环的影响,CCW、CSW、SCW所产生的DIC通量的贡献率变化趋势总体类似,特殊时间段呈现不同变化。CSW所产生的DIC通量的贡献率在三个降雨-水文过程中变化规律基本一致,除了在暴雨-极端洪水过程中出现随着流量增大出现小幅上升外,基本上都较为平稳,说明流量增大对于硅酸盐岩化学风化的强度影响不大。CCW、SCW所产生的DIC通量的贡献率在两个洪水过程中变化规律大致和流量保持一致,指示水循环作用是影响碳酸盐岩风化所强度主要因素;当中部分样点与整体变化规律不一致,说明除了水循环导致的稀释和活塞效应外,外源酸来源不一及HCO3-浓度变化也是较为明显的影响因素。大雨-洪水过程和暴雨-极端洪水过程中,三个断面CCW、CSW及SCW所产生的无机碳通量差别不大,监测期内总三个来源产生的无机碳通量占全年的无机碳通量总量占据较大比例（2.68%～6.63%）;小雨-平水过程则侧面证明水循环是影响碳酸盐岩风化的主要因素。（2）首次岩溶区水体惰性有机碳测试方法,并分析功能细菌AAPB特性及对惰性有机碳影响。1)研究区水体的氧化还原电位（Eh）、溶解氧和叶绿素对细菌及AAPB丰度总体趋势起促进作用。此外,研究区细菌丰度不同季节表现出受不同环境因素影响。从垂直方向上看,各季节采样点水体细菌丰度均表现为-5 m处最高。2)建立适用于岩溶区的惰性有机碳测试方法,发现随时间研究区水体在细菌的作用下,有机碳含量不断地波动下降,逐渐趋于平稳,培养后期均趋近于2 mg·L-1。随培养时间增长,降解速率不断降低,第一个月培养期间,计算得到水体有机碳降解速率6月及12月平均约0.05 mg C·day-1,9月约为0.27 mg C·day-1。随着培养时间增长,降解速率逐渐降低。3)研究区水体中惰性有机碳阈值约为2 mg.L-1 左右,当水体中有机碳大于这一阈值,水体细菌通过代谢降解有机碳,直至其含量达到阈值范围;相反,当研究区水体有机碳小于阈值范围时,细菌作用会通过自身的调节使水体的有机碳维持在这个阈值内。有机碳降解与AAPB的相对丰度结果显示,AAPB相对丰度越大,细菌对有机碳的降解就越慢,说明AAPB的存在减慢了细菌对有机碳的降解速率,使更多的有机碳滞留在水体中,增加了岩溶水体有机碳的循环周期。（3）分析西江流域水文地球化学特征并计算化学风化产生的无机碳通量1)为建立西江流域锶及其同位素与各物质来源的空间关系,从空间特征上把握由于物质来源的不同所造成锶及其同位素的差异;进一步探索锶及其同位素与各物质来源的关系,选取半方差模型及路径模型模拟进行对应研究。2)半方差模型及路径模型研究结果显示:丰水期主要受到结构性因素作用,而枯水期Sr元素及其同位素受结构性因素和随机性因素的双重作用。Sr及其同位素在丰水期和枯水期的物质来源有所差异,丰水期结构性因素以硅酸岩的风化溶解起主导作用,而枯水期在结构性因素和随机性因素双重作用下白云岩的风化溶解起主导作用。4)选取改进型反演模型进行通量及端元计算。此方法可以较好避免人类活动影响,并对各组分端元进行细分,适用于复杂的地层岩性区域CO2通量及端元组分计算。5)通过对改进型反演模型降水端灵敏性探讨发现（1）研究区河水虽在一定程度上受到海洋运动的影响,但影响Sr及其同位素空间变化的主要因素为结构性因素,降雨端元单纯考虑海洋因素的影响,则容易忽略当地环境的作用;（2）研究区内具有水热同期的气候特点,丰枯两季物质含量有一定的差异性,采用均值进行计算,容易把差异性忽略。此外灵敏度测试涉及到两种不同硅酸盐岩端元组成成分的情况发现,当反演模型赋予端元组成部分被更大的范围时,所获得的结果越优;如果是过于狭小范围的端元组成成分,可能产生虚假的结果。6)模型运行结果显示,研究区碳酸盐岩在丰水期和枯水期的基本元素比值与Sr同位素值几乎没有差异,而硅酸盐岩的Sr同位素值却有了较大的偏差。西江流域在丰水期与枯水期的阳离子物质来源有一定的差异。（1）丰水期期间,降雨贡献占总溶解阳离子摩尔量约15%（0-62%）,枯水期的为5%;（2）白云岩在丰水期占总溶解阳离子摩尔量仅为5%（0-37%）,而枯水期的为27%（0-54%）;（3）灰岩在丰水期和枯水期对西江河水的阳离子输入分别为66%（22%-95%）和54%（37%-85%）;（4）硅酸盐岩的阳离子输入均为14%（4%-21%和5%-15%）。灰岩是西江河水阳离子的主要物质来源,硅酸盐岩的物质输入相较稳定,降雨端元和白云岩端元在丰水期和枯水期的阳离子输入有了较大的差异。7)最终通过计算得到丰水期 ФCO2 为 5306.21（0.00-54058.12）·103mol/km2/yr,枯 水 期 的 为 1096.61（12.31-10694.45）·103mol/km2/yr,丰水期的 ФCO2约为枯水期的 5 倍。而δ的假定平均值与φCO2值约有15%的差异,这说明西江河水系统主要受到碳酸风化的影响,硫酸则起到了次要作用,即最佳硅酸盐岩的风化率为7.264-35.551·103mol/km2/yr,并确定碳酸是风化的主要因素。8)根据本文实际情况,确定硅酸盐岩和碳酸盐岩通量计算方法、惰性有机碳通量计算,并计算出最终碳汇通量和各端元比例。在研究期内西江流域岩石化学风化所消耗的C02通量为171.21×109mol/yr,其中丰水期与枯水期分别为120.84及50.37×109 mol,分别占总通量的70.58%和29.42%。这种通量上的差距与本研究在漓江流域研究相似,通量之比与流量之比类似（丰水期的月流量均值为9879.47 km3,而枯水期的是2813.62 km3,前者是后者3.51倍）,因此水循环在西江流域碳汇效应中为主控因子。惰性有机碳通量占全部通量的11.99%,指示生物作用在碳汇效应中起到重要组成部分。SCW产生CO2通量为23.23×109 mol CO2/yr,减汇效应明显。与前人对比可知,最终通量、CCW和CSW所产生的碳通量均在一个数量级。论文的主要创新体现在:首次建立适用于岩溶区地表河惰性有机碳监测的方法;岩溶地表河不同降雨-水文过程中无机碳来源确定及对应比例,计算不同来源所产生通量动态变化比例及最终通量。利用西江流域不同子流域水化学指标、Sr及其同位素,结合不同模型综合探讨运用人为活动影响岩石风化的误差并细化河流化学风化各个端元来源,尝试阐明大型流域中碳元素由“无机碳→有机碳→内源有机碳”过程,量化通过Sr同位素校正过的C02通量,甄别源于化学风化的碳通量中不同端元来源比例。
卢佳瑶[9]（2019）在《聚球藻和共栖异养细菌相互作用关系初步研究》文中研究表明海洋浮游植物贡献了全球一半的初级生产力,光合自养生物与异养微生物的相互作用是真光层海洋生态系统的核心,塑造了上层海洋生态系统的结构和多样性。聚球藻是海洋光合自养生物的重要代表类群之一,在全球海洋广泛地分布,因此研究聚球藻和异养细菌的相互作用关系对理解海洋中的种间关系以及生物地球化学循环都至关重要。本研究将聚球藻与其共栖异养细菌作为研究体系,对隶属于聚球藻5.1类群的III子类群的寡营养生态型聚球藻Synechococcus sp.YX04-3和隶属于聚球藻5.2类群的CB5子类群的富营养生态型聚球藻Synechococcus sp.XM24共栖体系中光合自养和异养微生物相互作用展开研究,从生理、生化、基因组和蛋白表达特征来研究它们之间的相互作用关系,主要结论如下:（1）在91天培养中,聚球藻Synechococcus sp.YX04-3丰度从1.43 × 107 cells mL-1 增加到1.60 ×108 cells mL-1,共栖异养细菌丰度从7.78 ×106 cells mL-1增加到6.39 ×108 cells mL-1,主要的异养细菌来自于黄杆菌、浮霉菌、y-和α-变形菌等四个类群,在共栖体系中进行着游离或附着的生活方式。通过宏基因组分箱技术,获得了包括聚球藻在内的6个高质量的细菌基因组。利用宏蛋白质组数据并结合优势细菌的基因组分析表明,聚球藻的代谢过程主要包括无机营养盐吸收、光合作用以及有机物的合成和释放,两株黄杆菌Muricaud 和Winogradskyella以及SM1A02类群的一株浮霉菌偏好降解复杂化合物和生物聚合物,α-变形杆菌Oricola sp.主要通过ABC、TRAP和TTT转运系统代谢吸收低分子量有机物。不同类群的异养细菌协同作用,利用聚球藻产生的高分子量有机物质,将其矿化成无机营养盐供聚球藻利用,实现了共栖体系中营养物质循环。同时,活性氧的去除和维生素的运输在共同维持聚球藻-异养细菌共培养体系的稳定中也起到重要作用。（2）与富营养生态型聚球藻Synechococcus sp.XM24共栖的类群中,玫瑰杆菌和黄杆菌是最优势的类群。通过宏基因组分箱技术,获得了Synechococcus sp.XM24共培养体系中的5个高质量的细菌基因组。Marivita sp.XM-24隶属于玫瑰杆菌,基因组数据表明它具有氧化CO、合成和降解PHA、利用ABC、TRAP和TTT转运系统转运多种有机碳和氮磷等营养物质、氧化无机硫等多种潜能,与玫瑰杆菌生态上“多面手”的特征相一致。Fluviicola sp.XM-24隶属于黄杆菌,具有降解聚球藻产生的聚合物、运输碳酸氢盐、水解藻青素、滑行运动和附着聚集以及降解多种多糖的潜在能力,在生态上这个类群被称为聚合物降解“专家”。同时,这两株黄杆菌和玫瑰杆菌都具有超氧化物歧化酶,能够降低共培养体系中的氧化压力。总而言之,聚球藻与共栖异养细菌的共培养体系反映了一个小型生态系统中的代谢和维持机制。
王煜[10]（2018）在《典型近岸海洋环境微型生物群落种类和功能多样性研究》文中提出海洋微型生物是海洋生态系统中的重要角色,参与海洋生物地球化学循环的各个过程。海洋微型生物的生态作用与其群落结构及多样性之间存在着密切的联系。借助不断发展的分子生物学技术,科学家们发现海洋微生物有着丰富的种类及功能,同时发现它们的群落结构和多样性与其生存的环境紧密相关。因此,研究海洋微型生物群落多样性及其与环境的关系对于认识它们在生态系统中的作用有着重要的意义。我国海岸线绵长,拥有广阔的近岸海域。由于受到河流冲淡水、大洋海水、沿岸流等水流的共同影响,近岸海域有着复杂的水文环境,从而形成了丰富多彩的生物群落。此外,随着经济的快速发展,近岸海域环境受到人类活动的影响日益严重,由此引起的近岸海水物理化学参数变化也对微生物群落造成影响。因此,通过调查这些区域海洋微生物结构及多样性与环境的关系有助于我们评估人类活动对海洋生态系统的影响。然而,目前关于我国近岸海洋环境中微型生物群落的种类及功能多样性的研究仍十分有限。中国东海属于典型的陆架海,位处温带地区,是我国生产力较高的近岸海域。但是目前对于中国东海海域微生物群落的种类和功能结构的研究仍相对较少,且有限的研究多集中于微生物群落组成,对于微生物功能结构的研究则鲜有报道。与东海海域不同,厦门近岸海域属于典型的亚热带气候,且受人类活动影响更加明显。前人的研究表明,人类活动显着影响了该区域浮游植物群落结构与组成。然而,我们对于这一区域海洋微生物群落与生态功能的认识仍不充分,且未有长时间序列上的连续观察研究。因此,本论文通过分子生态学手段对中国东海及厦门近岸海域微生物群落及功能多样性开展了以下几个方面的研究,拓展对于这两个近岸海域中微生物群落结构、功能基因结构及多样性、生态功能以及与环境之间的关系的认识,主要的结果包括:1.借助高通量宏基因组学技术发现,东海微生物群落的种类和功能结构及多样性和东海复杂的水文环境有着密切的联系。变形菌、蓝细菌、拟杆菌等是该海区的主导类群,说明这些类群在东海生态系统中有着重要的作用。本研究发现东海表层微生物群落的多样性较高,但是功能基因多样性较低,而底层海水中则呈现了相反的结果。此外,表层及底层水体中的微生物群落有着不同的功能基因结构和代谢潜能偏好:表层微生物群落偏好利用更容易利用的有机物,而底层微生物群落偏好利用相对惰性的有机物。同时,通过宏基因组学的研究,我们也发现东海表层微生物群落有着一定的功能冗余。这一现象可能和东海表层海水水文环境相对复杂,而底层海水水文环境更加稳定有关。同时,通过dbRDA分析,本研究发现微生物群落的多样性与水平空间上的温度和盐度有着显着的相关性,这一结果表明不同的水流和洋流,如长江冲淡水和黑潮等,对微生物群落也有着明显的影响。2.厦门岛周围海域环境受到季节影响明显,尤其是夏季的环境明显异于其他季节。对厦门近岸海域微生物群落的时空调查结果表明,季节变化所导致的环境因子变化是影响该环境中微生物群落组成的重要因素之一。夏季的微生物群落显着异于其他季节,主要的差异来自α和γ变形菌、芽孢杆菌以及黄杆菌。此外,厦门岛西北侧和东南侧海域中微生物群落结构有着一定的差别,且受九龙江冲淡水影响的站位与其他站位的差异较大,这可能与西北侧受到杏林湾和同安湾人类活动影响明显（如水产养殖）,而东南侧受到来自外海的入侵海水的影响明显有关。同时,我们发现营养盐是影响厦门近岸微生物群落结构的主要环境因子。而网络分析的结果表明,玫瑰杆菌、芽孢杆菌等是与营养盐关系密切的类群。此外,通过计算BBC:A比值,我们的研究发现人类活动对于厦门近岸海域微生物群落组成有着更加明显的影响。因此,在厦门近岸环境中,人类活动所导致的营养盐改变和复杂的水文环境是主要影响环境中微生物群落结构与多样性的因素。
二、好氧不产氧光合异养细菌定量方法研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、好氧不产氧光合异养细菌定量方法研究（论文提纲范文）
（2）水域生境好氧不产氧光合细菌（AAPB）研究进展（论文提纲范文）
| 1 AAPB细胞色素及研究方法 |
| 1.1 AAPB的发现及细胞色素 |
| 1.2 AAPB分子生物学鉴定方法 |
| 2 AAPB栖息环境及多样性 |
| 2.1 AAPB分布特征 |
| 2.2 AAPB丰度、多样性及其影响因素 |
| 2.3 AAPB代谢多样性及其影响因素 |
| 3 AAPB在元素循环中的作用 |
| 3.1 AAPB脱氮特性及其影响因素 |
| 3.2 AAPB在C及其他元素循环中的作用 |
| 4 展望 |
（3）基于绿色荧光蛋白的多硫化物敏感型探针的构建及其在海洋细菌硫代谢研究中的应用（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词 |
| 第一章 绪论 |
| 1 海洋硫循环 |
| 2 海洋生态系统中硫化物的产生 |
| 3 硫氧化细菌的群落结构组成 |
| 3.1 硫氧化细菌的多样性 |
| 3.2 海洋中的异养硫氧化细菌 |
| 4 硫氧化的关键酶和代谢途径 |
| 4.1 硫化物的氧化 |
| 4.2 硫代硫酸盐的氧化 |
| 5 多硫化物的结构特征、活性及生理作用 |
| 5.1 多硫化物的结构特征 |
| 5.2 多硫化物的活性 |
| 5.3 多硫化物的生理作用 |
| 6 现有的多硫化物检测方法 |
| 6.1 基于H_2S_n亲核性的检测方法 |
| 6.1.1 过硫化物介导的亲核芳香取代法 |
| 6.1.2 荧光探针法 |
| 6.2 基于多硫化物中硫烷硫亲电性的检测方法 |
| 6.2.1 氰化物法 |
| 6.2.2 应用荧光探针检测多硫化物 |
| 6.3 改进的生物素开关法 |
| 6.4 标签开关法 |
| 7 本论文主要研究内容 |
| 参考文献 |
| 第二章 基于绿色荧光蛋白的多硫化物敏感型探针的构建 |
| 1 引言 |
| 2 氧化还原敏感型绿色荧光蛋白探针 |
| 2.1 GFP的结构与发光机制 |
| 2.2 氧化还原敏感型绿色荧光蛋白探针的构建 |
| 3 多硫化物敏感型绿色荧光蛋白探针 |
| 4 研究材料与方法 |
| 4.1 菌株和质粒 |
| 4.2 引物 |
| 4.3 主要药品和试剂(盒) |
| 4.4 主要仪器设备 |
| 4.5 试剂配制 |
| 4.5.1 DNA电泳相关试剂 |
| 4.5.2 蛋白纯化相关试剂 |
| 4.6 多硫化物的制备 |
| 4.7 谷胱甘肽过硫化物的制备 |
| 4.8 对活性硫敏感的GFP突变体的理性设计 |
| 4.9 蛋白质表达、纯化及与多硫化物的反应 |
| 4.10 氧化还原中点电位的测定 |
| 4.11 蛋白质串联质谱分析 |
| 4.12 SSP4探针检测E.coli胞内多硫化物 |
| 4.13 胞内多硫化物水平的分析 |
| 4.14 统计学分析 |
| 5 结果与分析 |
| 5.1 基于结构的多硫化物敏感型GFP探针的设计 |
| 5.2 多硫化物敏感型GFP探针的光谱分析 |
| 5.3 psGFPs与HSSH或H_2_O2反应后的蛋白串联质谱分析 |
| 5.4 psGFP1.1/psGFP1.4与HSSH和GSSH的反应 |
| 5.5 氧化还原电位和pH值对psGFP1.1的影响 |
| 5.6 GSH与氧化态psGFP1.1的反应 |
| 5.7 E.coli胞内的多硫化物水平分析 |
| 5.8 S.cerevisiae亚细胞结构中多硫化物的分布 |
| 6 讨论 |
| 6.1 基于GFP的多硫化物敏感型探针的设计 |
| 6.2 多硫化物中硫烷硫的转移与多硫键的形成 |
| 6.3 S.cerevisiae亚细胞结构中多硫化物的产生 |
| 7 小结 |
| 参考文献 |
| 第三章 DUF442/Rd12-psGFP融合蛋白探针的构建 |
| 1 引言 |
| 2 常见的融合蛋白探针 |
| 2.1 roGFP2与谷氧还蛋白的融合 |
| 2.2 roGFP2与过氧化物酶的融合 |
| 2.3 roGFP2融合蛋白探针与其它基因编码氧化还原探针的比较 |
| 3 研究材料与方法 |
| 3.1 菌株和质粒 |
| 3.2 引物 |
| 3.3 主要药品和试剂(盒) |
| 3.4 主要仪器设备 |
| 3.5 试剂配制 |
| 3.5.1 DNA电泳相关试剂 |
| 3.5.2 蛋白纯化相关试剂 |
| 3.6 培养基的配制 |
| 3.7 多硫化物的制备 |
| 3.8 质粒构建 |
| 3.9 TSB化学转化法 |
| 3.10 融合蛋白的表达与纯化 |
| 3.11 融合蛋白的荧光同步扫描和氧化态比例的测定 |
| 3.12 统计学分析 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 DUF442-psGFP融合蛋白的氧化态比例和激发光谱 |
| 4.2 Rd12-psGFP融合蛋白的氧化态比例和激发光谱 |
| 4.3 psGFP蛋白的氧化态比例和激发光谱 |
| 4.4 三种蛋白的特征比较 |
| 5 讨论 |
| 5.1 影响融合蛋白活性的因素分析 |
| 5.1.1 融合蛋白的结构域顺序 |
| 5.1.2 氧化还原酶的活性 |
| 5.1.3 链接肽的设计 |
| 5.1.4 氧化还原酶和荧光蛋白之间的位置关系 |
| 5.2 DUF442和Rd12蛋白具有硫转移酶活性 |
| 5.3 RhoD的催化机制 |
| 5.4 DUF442和Rd12蛋白活性中心的微环境分析 |
| 6 小结 |
| 参考文献 |
| 第四章 psGFP探针在海洋玫瑰杆菌R.pomeroyi DSS-3硫代谢研究中的应用 |
| 1 引言 |
| 2 研究材料与方法 |
| 2.1 菌株和质粒 |
| 2.2 引物 |
| 2.3 主要药品和试剂(盒) |
| 2.4 主要仪器设备 |
| 2.5 试剂配制 |
| 2.5.1 化学感受态制备及转化相关试剂 |
| 2.5.2 DNA电泳相关试剂 |
| 2.6 培养基的配制 |
| 2.7 菌株保存 |
| 2.8 卡那霉素和氯霉素的抗菌实验 |
| 2.9 TSB法化学感受态制备 |
| 2.10 TSB化学转化法 |
| 2.11 质粒构建 |
| 2.12 psGFP检测生长周期中胞内多硫化物水平的变化 |
| 2.13 roGFP检测生长周期中胞内氧化还原状态的变化 |
| 2.14 psGFP检测细菌转化有机/无机硫源生成多硫化物水平的变化 |
| 2.15 roGFP检测细菌转化有机/无机硫源过程中氧化还原状态的变化 |
| 2.16 mBBr衍生法检测亚硫酸盐和硫代硫酸盐的产生 |
| 2.17 统计学分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 R.pomeroyi DSS-3培养条件的优化 |
| 3.2 卡那霉素和氯霉素最低抑菌浓度的确定 |
| 3.3 R.pomeroyi DSS-3生长周期中胞内多硫化物水平的变化 |
| 3.4 R.pomeroyi DSS-3生长周期中胞内氧化还原状态的变化 |
| 3.5 R.pomeroyi DSS-3内源性多硫化物的产生和代谢途径分析 |
| 3.6 R.pomeroyi DSS-3转化有机/无机硫源生成多硫化物水平分析 |
| 3.7 R.pomeroyi DSS-3转化有机/无机硫源过程中氧化还原状态的变化 |
| 3.8 R.pomeroyi DSS-3转化有机/无机硫源生成多硫化物的途径 |
| 3.9 R.pomeroyi DSS-3将多硫化物氧化生成硫代硫酸盐 |
| 3.10 R.pomeroyi DSS-3将多硫化物氧化生成硫代硫酸盐的机制 |
| 4 讨论 |
| 4.1 R.pomeroyi DSS-3内源性多硫化物的产生 |
| 4.2 R.pomeroyi DSS-3中DMSP的代谢机制 |
| 4.3 推测的R.pomeroyi DSS-3中的多硫化物代谢模型 |
| 5 小结 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间获得的学术成果及奖励 |
| 外文论文 |
| 附件 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 |
（4）水源水库好氧不产氧光合细菌种群结构与脱氮特性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 研究背景及意义 |
| 1.2 AAPB研究现状 |
| 1.2.1 AAPB发现及细胞色素 |
| 1.2.2 AAPB分子生物学鉴定方法 |
| 1.3 AAPB栖息环境及多样性 |
| 1.3.1 AAPB分布特征 |
| 1.3.2 AAPB丰度、多样性及其影响因素 |
| 1.3.3 AAPB代谢多样性及其影响因素 |
| 1.4 AAPB在元素循环中的作用 |
| 1.4.1 AAPB脱氮特性及其影响因素 |
| 1.4.2 AAPB在C及其它元素循环中的作用 |
| 1.5 研究内容及技术路线 |
| 1.5.1 研究内容 |
| 1.5.2 技术路线图 |
| 2 金盆水库水体自然混合期AAPB种群结构时空演替特征 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 采样区概况与样品采集 |
| 2.1.2 水质参数测定 |
| 2.1.3 水体微生物DNA提取及检测 |
| 2.1.4 实时荧光定量PCR(q PCR) |
| 2.1.5 AAPB种群结构测定 |
| 2.1.6 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 金盆水库水质参数 |
| 2.2.2 金盆水库水体AAPB丰度分布 |
| 2.2.3 金盆水库水体AAPB群落多样性 |
| 2.2.4 金盆水库水体AAPB群落结构组成 |
| 2.2.5 AAPB种群与水质参数关系 |
| 2.3 小结 |
| 3 热分层对金盆水库水体垂向水质及AAPB种群结构影响 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 采样区概况与样品采集 |
| 3.1.2 水质参数测定 |
| 3.1.3 水体微生物DNA提取及检测 |
| 3.1.4 Illumina Mi Seq高通量测序 |
| 3.1.5 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 热分层形成期及稳定期水质参数 |
| 3.2.2 热分层形成期及稳定期水体AAPB群落多样性分析 |
| 3.2.3 热分层形成期及稳定期水体AAPB群落结构组成 |
| 3.3 小结 |
| 4 李家河水库AAPB群落季节性演替规律及其互作关系研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 采样区概况 |
| 4.1.2 样品采集与处理 |
| 4.1.3 水体光照强度测定 |
| 4.1.4 DNA提取及检测 |
| 4.1.5 AAPB种群结构测定 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 李家河水库光照强度垂向变化 |
| 4.2.2 水库 AAPB 群落多样性分析 |
| 4.2.3 水库AAPB群落结构组成季节性演替规律 |
| 4.2.4 AAPB群落组成间互作关系探究 |
| 4.3 小结 |
| 5 高效AAPB菌群的筛选、脱氮特性及对源水的适应性研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 水样来源及培养基配制 |
| 5.1.2 高效AAPB混合菌群的筛分 |
| 5.1.3 高效AAPB混合菌群的生长与脱氮特性测定 |
| 5.1.4 AAPB混合菌群群落组成及互作关系解析 |
| 5.1.5 菌群对源水TDN、NO_3~--N和 DOC的去除 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 高效AAPB混合菌群的筛分 |
| 5.2.2 高效AAPB混合菌群的生长与脱氮特性测定 |
| 5.2.3 高效AAPB混合菌群群落组成及互作关系 |
| 5.2.4 菌群对源水TDN、NO_3~--N和 DOC的去除特性 |
| 5.3 小结 |
| 6 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间的主要科研成果 |
（5）分层型水库水体好氧不产氧光合细菌时空演替特征（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 研究区域概况与水样采集 |
| 1.2 水质参数测定 |
| 1.3 水体微生物DNA提取及检测 |
| 1.4 实时荧光定量PCR(qPCR) |
| 1.5 AAPB种群结构高通量测序 |
| 1.6 数据分析 |
| 2 结果与讨论 |
| 2.1 金盆水库水质参数 |
| 2.2 金盆水库水体AAPB丰度分布 |
| 2.3 金盆水库水体AAPB群落多样性 |
| 2.4 金盆水库水体AAPB群落结构组成 |
| 2.5 AAPB种群与水质参数关系 |
| 3 结论 |
（6）生物土壤结皮中好氧不产氧光营养细菌群落结构及其功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 第一章 绪论 |
| 1 生物土壤结皮 |
| 1.1 生物土壤结皮的含义及演替 |
| 1.2 生物土壤结皮的生态功能 |
| 2 好氧不产氧光营养细菌 |
| 2.1 好氧不产氧光营养细菌的发现、分布及影响因素 |
| 2.2 好氧不产氧光营养细菌的细胞形态多样性 |
| 2.3 好氧不产氧光营养细菌的物种多样性 |
| 2.4 好氧不产氧光营养细菌的生态功能 |
| 3 研究的目的及意义 |
| 4 技术路线 |
| 第二章 生物上壤结皮中细菌和好氧不产氧光营养细菌的分离培养与鉴定 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 样品采集 |
| 2.1.2 试验试剂 |
| 2.1.3 仪器设备 |
| 2.1.4 培养基 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 样品采集方法 |
| 2.2.2 菌株分离、纯化、鉴定及保藏方法 |
| 2.3.3 菌株鉴定及功能基因检测 |
| 2.2.4 系统发育分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 可培养细菌群落结构 |
| 3.2 可培养好氧不产氧光营养细菌群落结构 |
| 4 讨论 |
| 4.1 生物土壤结皮中的可培养细菌群落结构 |
| 4.2 生物上壤结皮中的可培养好氧不产氧光营养细菌群落结构 |
| 5 小结 |
| 第三章 生物土壤结皮中细菌和好氧不产氧光营养细菌群落结构和多样性 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 样品来源 |
| 2.1.2 试验试剂及采用的试剂盒 |
| 2.1.3 仪器设备 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 生物土壤结皮样品理化指标检测方法 |
| 2.2.2 生物土壤结皮采集地点气象数据 |
| 2.2.3 高通量测序及生物信息学分析 |
| 2.2.3.1 测序实验流程 |
| 2.2.3.2 生物信息分析流程 |
| 2.2.4 q-PCR测定生物土壤结皮中细菌和好氧不产氧光营养细菌的丰度 |
| 2.2.5 核心好氧不产氧光营养细菌促进生物土壤结皮形成和发育的接种验证试验 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 土壤理化性质 |
| 3.2 细菌及好氧不产氧光营养细菌的丰度 |
| 3.3 群落结构和多样性 |
| 3.3.1 测序数据深度及测序量 |
| 3.3.2 群落多样性 |
| 3.3.3 群落结构差异分析 |
| 3.3.4 群落结构 |
| 3.3.4.1 细菌群落结构 |
| 3.3.4.2 好氧不产氧光营养细菌群落结构 |
| 3.3.5 影响细菌和好氧不产氧光营养细菌群落的环境因子分析 |
| 3.4 基于16S rRNA基因的功能预测 |
| 3.4.1 COG功能分类统计 |
| 3.4.2 KEGG代谢通路分析 |
| 3.5 核心微生物组预测及分析 |
| 3.5.1 核心微生物组CoNet预测 |
| 3.5.2 核心微生物组群落与土壤理化因子的关系 |
| 3.6 核心好氧不产氧光营养细菌接种验证 |
| 3.6.1 核心好氧不产氧光营养细菌菌株选择 |
| 3.6.2 核心好氧不产氧光营养细菌菌株接种验证 |
| 4 讨论 |
| 4.1 生物土壤结皮中细菌和好氧不产氧光营养细菌的数量多、种类丰富 |
| 4.2 生物土壤结皮中细菌和好氧不产氧光营养细菌群落结构受降水量和pH影响 |
| 4.3 核心好氧不产氧光营养细菌显着促进生物土壤结皮的的形成和发育 |
| 5 小结 |
| 第四章 基于微宇宙模拟实验分析好氧不产氧光营养细菌对生物土壤结皮形成和发育的影响 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 表层土壤表观和理化性质变化 |
| 3.2 三种波段光照对Microcoleus vaginatus生长的影响 |
| 3.3 主要微生物类群的丰度变化 |
| 3.4 表层土壤中好氧不产氧光营养细菌的多样性及群落结构变化 |
| 3.5 CoNet网络分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 近红外光波段促进生物土壤结皮中好氧不产氧光营养细菌的生长 |
| 4.2 生物土壤结皮中好氧不产氧光营养细菌的生态意义 |
| 5 小结 |
| 第五章 好氧不产氧光营养细菌菌株B3分类鉴定和CO_2固定代谢相关分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料方法 |
| 2.1 菌株B3 |
| 2.2 试验试剂、试剂条(盒)及设备 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 B3的分类鉴定 |
| 2.3.2 细菌基因组绘制和分析 |
| 2.3.3 细菌叶绿素a检测 |
| 2.3.4 转录组测定及分析 |
| 2.3.5 RubisCo酶活检测 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 分类鉴定 |
| 3.1.1 形态观察 |
| 3.1.2 基于16S rRNA基因的系统发育进化分析 |
| 3.1.3 最适生长条件 |
| 3.1.4 生长曲线 |
| 3.1.5 酶活力分析 |
| 3.1.6 碳源利用能力检测 |
| 3.1.7 药敏实验 |
| 3.1.8 脂肪酸组成 |
| 3.1.9 细菌叶绿素分析 |
| 3.2 光照和营养水平对B3生长的影响 |
| 3.3 基因组测序和分析 |
| 3.3.1 测序和组装 |
| 3.3.2 基因组图谱 |
| 3.3.3 基因预测及功能注释 |
| 3.3.4 基因组COG和KEGG分析 |
| 3.3.5 碳水化合物活性酶注释 |
| 3.4 B3转录组分析 |
| 3.4.1 RNA提取及质量检测 |
| 3.4.2 RNA测序、质控及相关基因表达分析 |
| 3.5 RubisCo酶活力检测 |
| 4 讨论 |
| 5 小结 |
| 第六章 讨论与结论 |
| 6.1 讨论 |
| 6.2 结论 |
| 6.3 不足与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（7）渔用光合细菌菌剂对水体氮磷营养盐和微生物群落的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 1.1 光合细菌的生物学特性及功能 |
| 1.1.1 光合细菌的生物学特性 |
| 1.1.2 光合细菌的功能 |
| 1.1.2.1 净化水体 |
| 1.1.2.2 营养功能 |
| 1.1.2.3 增强动植物抗病力和抵抗力 |
| 1.1.2.4 产氢功能 |
| 1.1.2.5 在食品工业中的应用 |
| 1.2 养殖池塘环境营养特征及养殖生产对环境的影响 |
| 1.2.1 养殖池塘环境营养特征 |
| 1.2.2 养殖生产对养殖环境的影响 |
| 1.3 光合细菌在水产养殖中的应用 |
| 1.3.1 光合细菌在水产养殖中的作用 |
| 1.3.1.1 净化养殖水体环境 |
| 1.3.1.2 提高养殖生物的抗病能力 |
| 1.3.1.3 促进养殖生物健康生长 |
| 1.3.2 光合细菌净化水质的作用机理 |
| 1.3.3 常用渔用光合细菌的种类 |
| 1.3.4 光合细菌菌剂的国内现状 |
| 1.4 光合细菌对养殖环境的影响 |
| 1.4.1 光合细菌对养殖水体氮磷营养盐的影响 |
| 1.4.2 光合细菌对养殖水体微生物群落的影响 |
| 1.5 本研究的目的及意义 |
| 1.6 本研究的技术路线 |
| 第二章 光合细菌菌剂PG的优势菌组成及氮循环相关功能基因分析 |
| 2.1 菌剂PG的优势菌组成分析 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.1.1 菌剂来源 |
| 2.1.1.2 培养基 |
| 2.1.1.3 实验器材及设备 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.1.2.1 菌剂PG的总菌数量分析 |
| 2.1.2.2 双层平板培养法 |
| 2.1.2.3 菌剂PG优势菌组成分析 |
| 2.1.2.4 菌剂PG中的光合细菌数量分析 |
| 2.1.3 数据分析 |
| 2.1.4 实验结果 |
| 2.1.4.1 菌剂PG总菌量分析 |
| 2.1.4.2 菌剂PG活菌与否分析 |
| 2.1.4.3 菌剂PG优势菌组成分析 |
| 2.1.4.4 菌剂PG中的光合细菌数量分析 |
| 2.1.5 讨论与小结 |
| 2.1.5.1 讨论 |
| 2.1.5.2 小结 |
| 2.2 菌剂PG氮循环相关微生物功能基因含量及携带该基因微生物群落结构分析 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.1.1 菌剂来源 |
| 2.2.1.2 实验器材及设备 |
| 2.2.2 实验方法 |
| 2.2.2.1 基因组DNA的提取 |
| 2.2.2.2 功能基因含量检测 |
| 2.2.2.3 携带功能基因的微生物群落结构分析 |
| 2.2.3 数据分析 |
| 2.2.4 实验结果 |
| 2.2.4.1 菌剂PG中氮循环相关功能基因定量分析 |
| 2.2.4.2 菌剂PG中携带功能基因的微生物群落分析 |
| 2.2.5 讨论与小结 |
| 2.2.5.1 讨论 |
| 2.2.5.2 小结 |
| 第三章 不同条件下菌剂PG对实验水体氮磷营养盐和微生物群落的影响 |
| 3.1 低氮弱光条件下菌剂PG对实验水体的影响 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.1.1 菌剂来源 |
| 3.1.1.2 实验体系的构建 |
| 3.1.1.3 实验器材及设备 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.1.2.1 菌剂PG对实验水体氮磷营养盐的作用 |
| 3.1.2.2 菌剂PG对实验水体微生物群落的影响 |
| 3.1.3 数据分析 |
| 3.1.4 实验结果 |
| 3.1.4.1 菌剂PG对实验水体氮磷营养盐的作用分析 |
| 3.1.4.2 实验结束时水体细菌数量和微生物群落结构分析 |
| 3.1.5 讨论与小结 |
| 3.1.5.1 讨论 |
| 3.1.5.2 小结 |
| 3.2 高氮弱光条件下菌剂PG对实验水体的影响 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.1.1 菌剂来源 |
| 3.2.1.2 实验体系的构建 |
| 3.2.1.3 实验器材及设备 |
| 3.2.2 实验方法 |
| 3.2.2.1 菌剂PG对实验水体氮磷营养盐的作用 |
| 3.2.2.2 菌剂PG对实验水体微生物群落的影响 |
| 3.2.3 数据分析 |
| 3.2.4 实验结果 |
| 3.2.4.1 菌剂PG对实验水体氮磷营养盐的作用分析 |
| 3.2.4.2 水体细菌数量和微生物群落结构分析 |
| 3.2.5 讨论与小结 |
| 3.2.5.1 讨论 |
| 3.2.5.2 小结 |
| 3.3 高氮强光条件下菌剂PG对实验水体的影响 |
| 3.3.1 实验材料 |
| 3.3.1.1 菌剂来源 |
| 3.3.1.2 实验体系的构建 |
| 3.3.1.3 实验器材及设备 |
| 3.3.2 实验方法 |
| 3.3.2.1 菌剂PG对实验水体氮磷营养盐的作用 |
| 3.3.2.2 菌剂PG对实验水体微生物群落的影响 |
| 3.3.3 数据分析 |
| 3.3.4 实验结果 |
| 3.3.4.1 菌剂PG对实验水体氮磷营养盐的作用分析 |
| 3.3.4.2 水体细菌数量和微生物群落结构分析 |
| 3.3.5 讨论与小结 |
| 3.3.5.1 讨论 |
| 3.3.5.2 小结 |
| 第四章 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读硕士期间发表论文及参加会议情况 |
| 致谢 |
（8）西江流域河流化学风化及其碳汇效应研究（论文提纲范文）
| 作者简介 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| §1.1 选题背景及研究意义 |
| 1.1.1 应对全球气候变化最新国际形势 |
| 1.1.2 中国二氧化碳减排增汇压力大 |
| 1.1.3 河流化学风化形成的地质碳汇效应 |
| §1.2 化学风化国内外研究现状 |
| 1.2.1 地质碳汇与全球碳循环和遗失汇 |
| 1.2.2 硅酸盐岩风化地质碳汇 |
| 1.2.3 碳酸盐岩风化地质碳汇 |
| 1.2.4 硫酸参与的化学风化 |
| §1.3 河流化学风化过程中常用指标特征及风化指示 |
| 1.3.1 溶解碳同位素地球化学特征 |
| 1.3.2 锶同位素比值地球化学特征 |
| 1.3.3 微型生物 |
| §1.4 发展趋势及存在问题 |
| §1.5 研究内容及创新点 |
| 1.5.1 研究主要内容 |
| 1.5.2 创新点 |
| §1.6 技术路线 |
| 第二章 研究区概况和研究方法 |
| §2.1 研究区概况 |
| 2.1.1 研究区选取 |
| 2.1.2 西江流域概况 |
| 2.1.3 工作量设及取样原则 |
| §2.2 实验方法 |
| 2.2.1 采样指标 |
| 2.2.2 样品测试 |
| 2.2.3 数据分析与整理 |
| 第三章 不同降雨-水文过程中河流化学风化过程 |
| §3.1 现场监测及样品采集 |
| §3.2 各端元对无机碳的影响 |
| §3.3 无机碳来源动态贡献率 |
| §3.4 无机碳通量动态贡献率 |
| §3.5 无机碳通量计算 |
| §3.6 本章小结 |
| 第四章 水体细菌对岩溶无机碳稳定性研究影响 |
| §4.1 现场监测及样品采集 |
| §4.2 研究区水体细菌固碳作用 |
| 4.2.1 细菌丰度分析 |
| 4.2.2 影响细菌丰度环境因子 |
| §4.3 研究区有机碳向惰性有机碳转变特征及影响因素分析 |
| 4.3.1 惰性有机碳测试方法建立及固碳作用 |
| 4.3.2 有机碳向惰性有机碳转变特征及影响因素分析 |
| §4.4 本章小结 |
| 第五章 水文地球化学特征对河流化学风化控制因素的指示意义 |
| §5.1 现场监测及样品采集 |
| §5.2 分析方法 |
| 5.2.1 半方差模型(Semivariance analysis)简介 |
| 5.2.2 路径模型(Path Modeling)简介 |
| §5.3 水化学测试结果 |
| §5.4 SR稳定同位素水文地球化学特征 |
| 5.4.1 结构性因素及随机性因素划分 |
| 5.4.2 Sr元素及其同位素空间结构特征 |
| 5.4.3 Sr元素及其同位素空间结构影响因素 |
| §5.5 路径模型分析 |
| §5.6 本章小结 |
| 第六章 西江流域化学风化计算 |
| §6.1 碳通量计算方法、模型比较与选择 |
| §6.2 改进型反演模型 |
| 6.2.1 改进型反演模型计算方法及参数选取 |
| 6.2.2 改进型反演模型灵敏性探讨 |
| §6.3 改进型反演模型结果及验证 |
| §6.4 本章小结 |
| 第七章 西江流域碳汇效应综合估算 |
| §7.1 碳汇通量综合计算方法 |
| 7.1.1 各端元风化速率及碳通量计算 |
| 7.1.2 惰性有机碳通量计算 |
| 7.1.3 最终估算计算结果 |
| 7.1.4 未来与展望 |
| §7.2 计算不足 |
| §7.3 小结 |
| 第八章 结论及建议 |
| §8.1 结论 |
| §8.2 存在的不足 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
（9）聚球藻和共栖异养细菌相互作用关系初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 海洋微型生物及其生态意义 |
| 1.2 浮游植物与海洋细菌的相互作用研究 |
| 1.2.1 浮游植物与海洋细菌的相互作用关系类型 |
| 1.2.2 藻际环境中的主要海洋细菌类群 |
| 1.3 蓝细菌与异养细菌相互作用关系研究进展 |
| 1.3.1 蓝细菌与异养细菌相互作用关系的研究方法 |
| 1.3.2 原绿球藻与异养细菌相互作用关系的研究现状 |
| 1.3.3 聚球藻与异养细菌相互作用关系的研究现状 |
| 1.3.4 束毛藻与异养细菌相互作用关系的研究现状 |
| 1.4 本论文的设计与研究意义 |
| 第二章 寡营养聚球藻Synechococcus sp.YX04-3与其共栖异养细菌相互作用关系研究 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验对象 |
| 2.2.2 微生物丰度检测 |
| 2.2.3 微生物群落结构多样性 |
| 2.2.4 微生物宏基因组 |
| 2.2.5 微生物胞外蛋白质组 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 种群动力学变化 |
| 2.3.2 群落结构组成及多样性 |
| 2.3.3 宏基因组拼接与分箱结果 |
| 2.3.4 胞外蛋白质组数据结果 |
| 2.3.5 共栖体系中的营养物质循环 |
| 2.3.6 共栖体系中的氧化压力 |
| 2.3.7 共栖体系中的维生素B12的合成 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 基于宏基因组数据分析富营养聚球藻Synechococcus sp.XM24共栖玫瑰杆菌和黄杆菌的基因组和代谢潜能 |
| 3.1 研究背景 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 实验对象 |
| 3.2.2 微生物宏基因组 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 共栖体系微生物群落结构多样性 |
| 3.3.2 宏基因组基本信息 |
| 3.3.3 代谢“多面手”Marivita sp. XM-24的基因组特征和代谢潜能 |
| 3.3.4 聚合物降解“专家”Fluviicola sp. XM-24的基因组特征和代谢潜能 |
| 3.3.5 氧化压力和超氧化物歧化酶 |
| 3.3.6 维生素B_(12)的合成 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 本研究的主要结论、创新性与展望 |
| 4.1 主要结论 |
| 4.2 创新性 |
| 4.3 展望 |
| 参考文献 |
| 发表文章 |
| 致谢 |
（10）典型近岸海洋环境微型生物群落种类和功能多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 海洋微型生物在地球化学循环中的作用 |
| 1.2 海洋超微型浮游生物重要代表类群 |
| 1.2.1 蓝细菌 |
| 1.2.2 异养细菌 |
| 1.3 影响海洋细菌群落结构的因素 |
| 1.3.1 生物因素 |
| 1.3.2 非生物因素 |
| 1.4 海洋微型生物多样性研究进展 |
| 1.4.1 基于测序的高通量宏基因组方法 |
| 1.4.2 基于微阵列的高通量宏基因组学技术 |
| 1.5 本论文主要研究内容、目的和意义 |
| 第二章 东海微型生物类群结构及多样性研究东海微型生物类群结构及多样性研究 |
| 摘要 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 采样及DNA提取方法 |
| 2.2.2 454平台测序 |
| 2.2.3 序列处理 |
| 2.2.4 统计分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 环境参数 |
| 2.3.2 序列结果 |
| 2.3.3 基于16S rRNA基因的微生物群落多样性 |
| 2.3.4 东海微生物类群组成 |
| 2.3.5 东海微生物群落功能组成 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 微生物群落多样性的分布 |
| 2.4.2 微生物群落主要类群的分布 |
| 2.4.3 功能冗余 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 东海微型生物群落功能基因结构及多样性研究 |
| 摘要 |
| 3.1 研究背景 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 采样及DNA提取 |
| 3.2.2 GeoChip杂交 |
| 3.2.3 GeoChip数据预处理 |
| 3.2.4 数据统计 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 东海环境参数及水团分布 |
| 3.3.2 东海微生物类群功能基因结构及多样性 |
| 3.3.3 与生物地球化学循环有关的功能基因 |
| 3.3.4 微生物群落功能多样性与水团的关系 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 厦门近岸微生物群落的时空变化研究 |
| 摘要 |
| 4.1 研究背景 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 采样站位及站位信息 |
| 4.2.2 超微型浮游生物丰度测量 |
| 4.2.3 DNA提取及测序 |
| 4.2.4 数据统计分析 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 厦门近岸海域的物理化学因子时空变化 |
| 4.3.2 微生物群落结构及多样性的时空变化 |
| 4.3.3 微生物群落多样性与环境因子的关系 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 总结、创新和展望 |
| 5.1 总结 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 不足之处 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间完成的论文 |
| 附录 |
| 致谢 |
四、好氧不产氧光合异养细菌定量方法研究（论文参考文献）
- [1]台湾海峡南部海域好氧不产氧光合异养细菌对上升流的响应[J]. 陈瑶,张瑶,焦念志. 海洋学报, 2021(06)
- [2]水域生境好氧不产氧光合细菌（AAPB）研究进展[J]. 张海涵,王燕,刘凯文,黄廷林,李楠,杨尚业,司凡,苗雨甜,黄鑫,张梦瑶. 湖泊科学, 2020(06)
- [3]基于绿色荧光蛋白的多硫化物敏感型探针的构建及其在海洋细菌硫代谢研究中的应用[D]. 胡欣. 山东大学, 2020
- [4]水源水库好氧不产氧光合细菌种群结构与脱氮特性研究[D]. 王燕. 西安建筑科技大学, 2020
- [5]分层型水库水体好氧不产氧光合细菌时空演替特征[J]. 张海涵,王燕,黄廷林,王晨旭,路林超,司凡,李楠,刘凯文,闫苗苗,苗雨甜. 环境科学, 2020(05)
- [6]生物土壤结皮中好氧不产氧光营养细菌群落结构及其功能研究[D]. 唐凯. 内蒙古农业大学, 2019
- [7]渔用光合细菌菌剂对水体氮磷营养盐和微生物群落的影响[D]. 信艳杰. 上海海洋大学, 2019(03)
- [8]西江流域河流化学风化及其碳汇效应研究[D]. 于奭. 中国地质大学, 2019(01)
- [9]聚球藻和共栖异养细菌相互作用关系初步研究[D]. 卢佳瑶. 厦门大学, 2019(09)
- [10]典型近岸海洋环境微型生物群落种类和功能多样性研究[D]. 王煜. 厦门大学, 2018(12)